DreINT0089063 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000039458 | lhx4
Description
LIM homeobox 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060728-1]
Coordinates
chr8:14423267-14430006:-
Coord C1 exon
chr8:14429804-14430006
Coord A exon
chr8:14423422-14429803
Coord C2 exon
chr8:14423267-14423421
Length
6382 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGC
5' ss Score
9.44
3' ss Seq
CTATAATTTGTGTGTTTCAGATG
3' ss Score
9.85
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGTTTCGGGACAAAGTGTGCATCGTGCCAGCAGGGGATTCCTCCTACACAGGTGGTCCGGAAAGCTCAGGACTTTGTGTACCATCTTCACTGTTTTGCATGTGTGATGTGCAGCAGACAGTTGGCCACTGGAGATGAGTTCTACCTCATGGAGGACGGCAGACTCGTGTGCAAAGAGGACTACGAAACAGCCAAGCAGAACG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGATTCAGAAACAGGAGCAAAACGTCCACGCACCACCATCACAGCCAAACAGCTGGAAACTCTCAAAAGCGCCTATAAGAACTCGCCAAAACCAGCAAGACACGTGCGAGAGCAACTTTCCTCAGAAACGGGCCTGGACATGAGAGTGGTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000039458:ENSDART00000057644:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.029 A=NA C2=0.692
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0041217=LIM=PD(3.6=2.9),PF0041217=LIM=WD(100=87.0)
A:
NA
C2:
PF0004624=Homeobox=PU(77.2=84.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]