DreINT0089793 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000068365 | lmx1bb
Description
LIM homeobox transcription factor 1, beta b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050114-2]
Coordinates
chr8:33271745-33276458:-
Coord C1 exon
chr8:33276226-33276458
Coord A exon
chr8:33271921-33276225
Coord C2 exon
chr8:33271745-33271920
Length
4305 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
AATGATGGATTCCTTTTCAGAGA
3' ss Score
7
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTATTTGCGACCAAATGCAGCGGATGCCTGGAGAAAATTGCACCTACAGAATTTGTGATGCGGGCGCTGGAGTGTGTTTACCATCTCAACTGCTTCTGCTGCTGTGTATGTGACCGACAGCTGAGGAAAGGAGATGAGTTTGTGCTGAAGGACGGACAGTTGCTGTGCAAGAGCGATTATGAGAGGGAAAAAGACCTGCTCGGCTCTGTCAGCCCAGATGACTCAGATTCAG
Seq A exon
GTATGAAAACATTTACTGTCAATGTGTCTGGGAATGTATGATACAGAGCCAGTGGGTTACTTTAACCTCATTGGTTTTCATTGGACGGACAATATAGAAAATTACATAACACTACTAATTGTCTTTATTCAAACTCTTCTTTGATAATCAGTTACCTAATTTCAGGTATGTATATATAATAATGAAGTACTAAAGGTGATGTTTTTCCCATAGTTTTTATTTTTTTTAAGGTTTGCATATCAAAAATAACACTGACTACGTTTACATAGACAACAGTAATCAAATTATTTGCCTTAATCTGAATAAGACAATAATATGATTAAGGTGTTTACATGAGTTGCTTTTTCAATGTTCTTTTTATTATCCCGTTTAAGCACATAATTCAATTAAAATCATTGCATTACCACGCAATCCGCATTTCCTCTGGAGTTTTATGTAATTTTAGGTGTTTAATTTTTTATTTTTTGACTTTAACTGCACTTTCACTTTTATTCAGGAACATTTCATGCATGCTCCCGTGATAAACAAGATATTGAATGTGATTATGAACTGCTGGAAGAGTTTTAATGTGTTGTTTTAACGGAATTTGAAACGACATGATGTTCGGGGGAAAAAACTCTGCATTTTGCGATGCAGGTGTTTGTGGTTCTTTACTGACTCAGTAGGTGCAGAGAATAGTGTCAAACAGCTGTGTGTGCATGGAATATCCTGTTGCAAAACACAACGTAAATCCTACACAGCAGTAATAGTTTGATTAAGGTGTTTACATGTCTGTACTATATTTCAGTAATGCGACTAAAATAGCATACTCCACATGTCTTAATCTGAATTCTGTTTAGATCGATTATGTCTTTAGTCGGATTAAAGCAATCAAAAATCGCTGTTTACATGGTAGACTCTAAAGGTGCTTTCACACCTACACTTTTGTATCGGAACCTGTCTCGTTTGCCTAGTTAGCTCGGTTTGCTAACCAAAACAATCGCTCCGAGATCGCCTGAATGAGGTGGTCTCGGCTCGATTGAAACAAAGTCTGAAGCGGATCGATTGTAGTGAGAAAGCGATACGATTCGAGGCCGCCTACATCACAGTGTTTTATGGATATGTAATAGGCATGCGGCTATATGAAGATAGAATTATGAGTAGGGCAGGAGATCATACAGACGTCTCAAGTCTCACGGAAGTTCCGTGAGTCTTCCCCAAATGAAATGCACAGAGACCCCCCGGATCCCCGCAAACGAGTGATAATCTCCTGAAAATCGCGCATCTCCCTCCCGATCCTCAAATAGGCTACATTGCACACCCTTCTTACGCCTGCCCACAGCATCCCTCCTCGCTCTTCAGACATGTCTCACGCACCCTGTCAAACACCACCAAACCACCACCCCCTTGACAGCTGAGCGGGACTCTGCAAAATGAACCGTGTTACTCTGACCAATGTGAGGAGAGTTTACTTACACGTGACTTGTTTTAGCTCTTTTGGTCCGTTTAGAAACTATGCCGTGTGAAATCGAACCGCACCAAGAGCAAAGAGCAACAATGTAACAATTTTAATCCCTGTTTCAGAAAAAATGAATCGATTCACAGGTGTGAAAGCACCTTCAATCAGTGTATTGTCTTAATTGTTTAATAAAATCAGATTATTGGTACGTGTAAACGTACTCATTATCAAAATGTCTCACTGTGTAAAGAATGATTGTTTCTTTTAGTTCTGCCACTGCTGTTTTAACTGTCAAGTTTACAAAGTGCTACTCAAACTGAACAATGCACATGATAGCATGGTTTTCACAAAATTACTTTGTGGTGATTACAAAGTACATTGAGTGATGGTTACACTTTTTTTCCAAAAAACTTGCGCTTTAAAACTCACTTTAAAAAGTTTTTATTTTCAGGCCATTTCAGTGTCATATGTCCTGTAAATAAACAGCCACAACTGATCTACAATTGTTTGTATATAAATTAGTCAACATTCGAAGTGGATCAAAAAAGATTTTCAAAATTGTTATCCTGTAAGACAAGAATGGGTGTTGTTCCATAGTTTTAAAATGACTTTTATGAAAAGTTTTAGTCCACTTCAAATGTTGACTACTGTATGTATAACTTTGACGGAAACACTAAATTAGACCAACCTTAAATACAACTTTCACAGACTTGCCTAGTAGCCTAAATGATAAGTGCGGTTTATTCATAAACTAATTTCAAGAGGATCACATGTTTATGATTGATCATGGCTAGTCCCACATCAGCTTCACATAGTGCGCCAATCAGATTAATACTAACTCACTATAAATAACCAGAAAAAAGAGTTTTTCACAGTCATCTTCATCTTGAAGAATTCCCCTTTCCACCCCTACTCATTTCCTTCTGATAGGCAGCATGGCAGCCCAGTGGTTAGCACTGTTGCCTCACAGCAAGAACGCCACTGGTTCGAGCCCTTACTGGGCCAGTCTGCGTTTCTGTGCAAAGCTGCATGTTCTCCCCGTGCTCGCATGGGTTTTCCCCGGGTTCCCAGGTTTCCTCCTACTGTAAAAAGACATACAATATAAGTAAATTGACTAATCTAAAATGGCATTATATGGATATTCTGAGCTCAGGGCTCAGAAACACACTTTATTACCAATCATCAGCTAAGTGTAAACTCTTGAATAAAATGTGAATATTTGATTGATTCAGAGAGATTTGGTTGAACCAGAAACTGATTCTCAAGAGCAAATGCAACATGTTGTTAGCATGTTTGCATTATTAACTCAGACAGCTACTTTAAACAAATCCACATCTGCAGCTAGAAACACATTGAATGTCTTTAAAAGTCAGAGATAATGATTCGAAACACCACAACTCTATTGGTTGAATCATGTTTTTCAGCCTATCTTTGATGTGCTGTAGTTTTATTGTGAAAAGGCTCAGCAATGGCGATTGTTACATGGGTGCTGGAAAGAAGAAGGGGTTGAACCTTTGTGAGTGACAACAGAAGAGTCAGTTCATGCTCATTAAGCATCTCAAACTTTACTTTTAGCATTCCCATATGGGTCTCATTTAAATGCAGCACACACTCTCAACTGCAGAGACATTTGTCCAATGCCTAATCAAGACTGCATCAACTCTTTTTTGGATGGTTGTTTCTTTTCTCTTCTTCATTTATAATGTTTGAAAGTTTTTTTGTAAATGTGTGTTTGAGGTTTCCAATTTGGCCTAACACAAGATGTGAAGTATAATGGCAAAGCATCCATTTGGTTTGCAGCACGCCACACTACTGGCAGAAAAAGAGATCAGAAACAGATGAAAAAGAAAAACGAAGACCAAATCAGCCTGTCATGTTTGTATCTCCCACTGATGATCACTAAAAAAGGGTCAAACCATTTGCTGGGCCTAATCGCCAGAGATGTTAACTGCTGATGCCACGAAAGCCACTTGTGCCAAATTGCAGAAGCCCTTAATCTAGAAAACAGTCACGCTGGGAACGTGCCCATTTGGATTTTTAACTTTTGAACTGGGCCACGTTATACAGTTTGGCACCTTTTTTTTTTTAATTACTATTATTATTCTATTAAACACAAGCTGATGTGGCTTATTGGATGAAACCTCCACCCACTGAACAATAAAGCCAATCCCCTGCTTGACTATAATAATTACAGTAGGAAAGCCAGGAGCCATTTTGTGAATATGGCACATTAGCTGGACCTACTGAGAGAGATTATCACGACACAGGGCAGGCTTGATTAACCCGCCCGAGGATCACCTTAGACTAATTGAGACACTTTGATTAGTTCGTATGAACACATTTCGTGATATGAGGCCAGATATTGAATTGAACTTTATGGATTGGTGAGCTTAAAATGTGCTTGTGCAGTTTGATATGTCGAGTCTTTCTGTGAGCATGTTCGCTGTTTGAATTTGCGGTTTCGCTATCTGTTTCACTTCCCCTGGATATTAGAACTCATTTCCCATATGTACTCTGCCTTCATACCTTCCCAAAACGTCGCATTTGCTGTGTGTTGGATTCTTATCAAAGATTTATATAGTGCAAAACAGCCAAAGCCGTGCGCTATTAATTTTAAATGACACAACGTCCAGTCCAATGACAAATTCACATACTTCACAGTCAGGGTTGCAGTGGATGTGGCCCACTCGTGCACTAATAAATTGATAACAAAAGTATTAAAACCACATGTGTCTCCTTTCGTTATGGATGCGCTGAGACTGAATACCCTAAAATTGAAAAGAACAAAAACACCTATTTATCAGTGTCTAAAAACTTTGCAGATTTTTTTTTTTACTGATTTTGATGAATGATGGATTCCTTTTCAG
Seq C2 exon
AGAAAAGCGAAGATGAGGAGCTGGATATCAAGCCGGAGAAAGGCTCGGGAGGCACCGGGAAGGGAGATGATGGGAAAGACCCTAGAAGACCCAAGAGACCACGTACCATCCTCACCACACAGCAGAGACGAGCCTTCAAGGCGTCGTTCGAGGTGTCTTCCAAACCCTGCCGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000068365:ENSDART00000076420:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.152 A=NA C2=0.712
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0041217=LIM=PD(3.6=2.5),PF0041217=LIM=WD(100=74.7)
A:
NA
C2:
PF0004624=Homeobox=PU(47.4=45.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]