DreINT0089797 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000068365 | lmx1bb
Description
LIM homeobox transcription factor 1, beta b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050114-2]
Coordinates
chr8:33251443-33257962:-
Coord C1 exon
chr8:33257804-33257962
Coord A exon
chr8:33252144-33257803
Coord C2 exon
chr8:33251443-33252143
Length
5660 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGC
5' ss Score
8.27
3' ss Seq
TCTCTTGTCTCTTCCCTCAGGAA
3' ss Score
11.93
Exon sequences
Seq C1 exon
AGGTAATGTCCAATCGGATGGAGGGTATGATGAACTCCTACACACCATTGGCTCCAGCCCAGCAGCAAATGGTTGCACTGGAGAACGGCTACAGCACCGACCCCTTCCAGCAGGGCCTCACCCCTCCTCAGATGCCCGGTGACCACATGAACCCATATG
Seq A exon
GTGAGCATCAACCATTGAGTTGTGTCATGTTAGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGGACCACAGGCTTCACTGAATGAAAGCGTACCACCCTTCTTTCCTCATGAGATTACACAAACGCACCACTTTATTTTGAAGTTTGCCTTCCAAATGAATCCAGCGTGTTTTAAAACCATACTGGCCACGTCCCACGTTCCCAGAGCTGCCCGTTGGGTTTATTCTCAGGGATTAATGGTGTAGTCTGTTATGCTGTGTGACACCATCTATTGGATGTTTCATAAAGAGCCGAACGATGATCTGCGGTGCACCATGTAACAACAACAATGGTTAACCATGATGGCTGACGCTCAGAGTATCATGGGAAAGCATCCACTGGTCTGCCAGCAAAACAACACAATGAGCTAAAACCATTGAGGGTTGGCCACATGTGAATTTGTCAACAGTTTTTTTTTTTTTTTTATTATTTGTAAAATGTACCTGATAACAATATAATTGTAGGATATATAATATGAATTAGTTTGTTTGTAATTAGAGACTTTTTAGGTTAACAATACACTACTGTGTGGAGTTGATATAAATACATACTATTCATTACTTAACCCATACTGTTGGGGATGTTTTCTTCCACTTTGGGCAAATTTATTGCCCTTTTGTTATGTTAGCGGTGTAAAAATGCACCAGATAAATATGCAGAAATGTATAACTCTGTTAATCAACCTCATTACTAATTAAAACTACTAAATTGTTTAGAAAATTACAGTATTCAAACTCTTTAATTGCGAAAATCATAAATTATTTCACTGATTTGGTGAAAAAACACATAAAATGACGTATTTTCAATATAAAAAGTAATTGTGGACTGTTTTTTTACCTTTTATCAAAGTCTTGGACATGTGAAACAATATTTTTTTGCATTGTTTTTGATTTATTTACATTTTTTTATCCCTAATTTACTGTTGGTGGCTGTTTTTGCCCCATTGAAGTTTTGAAGATTGAAGATTGAAGGTTTTCCCTGTTGGTAAGAGGTCAAATTTGTACAGTTGATCATCAATTGGCACCATTAACCCTTTAGATAGGCCTGTGCAAAAAAAAAGTAAAACTGCAAATTAAAGTGTGGATGTGTGTTTGTGATTATGTGATAGTGATGTTTACCAGGGTGTTTACAAAGACTTAAAAAAGTCTTAAAATGTCTTAAATTTAAAAATAAAAATTTGTCAAACCATTTTAAACGGGTCCTAATTTTTTGTGTGTCCAAGTAAAGCTACCCTATTAGGCTGATACCCAATCACCAATAATCAATCTTAAAACTTTTTTATTTATATTTACATTTTTTTCTTTTTTTTATTGGAAAAAGATACAATTCACAACAGCAGACATTTTTAAAGCAAAATCTTAAAATTAAATTCCCCAATCATAGAAAGAAAACTAAAGCAACACATCCCATTAGATGACCTTCCATTAACACAAAAAAACATTTACAGTTGTATCCGGTTCATTAGAAAAAAATCCTTGATGTTTACCCTTGTATAAGTCAAGAAATTTAATTCATATATATTGATCTTAAAAGGGTTTTAAAAAGTCCTAAATTTGACTTGGAAAAAACCTGCAAAAACCCTGTTGATGCACTTACTGTACCTTGATGTGTCTGAGAAAATCTAAATATGCATCTCAGCTCTTAGAACTACATGGAGTAAACAAAAACAATGACTATTTATGCACCATCAAATGTGGTTATAATGGAGGTCAATGAGGCAAAAACAGCCACCAACAGTAAATTAGGGAGAATTTTTTTAAAATCTATCTATATAATGTTGTTACTAATTGTTCACATGTCCAAGACTGACAATAGGTTTTTAAAAAATGCAGCCCACAATTACTTTTTATATTAAAAAATACATCATTTTGTGTTTCTTTCATCAAATCAGTGACATCATTTGTGATTTTGGCAATTAAAAAGTGAAAAATCCTGCAATTTTCTAAACAATTTAGTAGTTTTGATCAGGACTGAGGTTAATTGACAAATTTATGCCAAAATAAATTAAAATAAATTAATCTGATGCAGTTTTACAGCAGTTTAATTTAGTAGATGTTTTCATCCCGAACATAACAAAAGAGTAGTAAATTTGAACAGTCCACAAGAGTTAAAAAGATTTATAAGATAATATTTATATGAATAATTTTAATAAGTGTATTGAATTTTTTTAGAATTAATTTAATATGTATTTTATTGCATGTATAATTCATTTAATCATTATTTATTAATTGTATAAATTATGTAAATACACTATAATAAATTAAGTATAGTAATGCCTTTTTTTTAAATAATAATGAATTGTCAAAAAATGCCAAAACAAACTCCTAATTATTATTATTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATAAACAGAAGATGTTACATTATTTGATATGCTTTTCTTTTCATTCTTTATTATTGTTCATAGTGTCCTTCAGTTATTTCACCCAGCACTAAGTATCAGGGGAAAGAATTCTCTGGTGTGCTTGCGAAAACAACTCGGCAAAGCAAAACCATTGAGAGTCACATGCACATTTGTCAAAACCGCCTCTAAAGTTTTAGTAAGAAGCGAACAATGATTCCTCCGAGTGCGGCTGTTTCTGCACAACTCCAATTGTTCTCAATATTATTGACATTAACTTCCAGCATTAGCCACATAAATCAGGAGACATCGGTCACAGGCAGCCTAAAAACAGCTCCCAAGTGTCTTGTCATTCATTCTCCTGAACGGCGAAGGCCCAAATCCCTGCTCTCATCATCACACTTTTATGGGAGAACAGCAGGGACAGACAACATTGCCAGCTCATTAAAAAAGCATAGCCCATCAACCTGTCACTGTCTGCTGGAATGGTGTCATTAAGAGCCGGAGAGCATTACTGCTAACTGTGCCCACAAGGAAGATGAGCGAGTCGAGTAAACATTCGCTATTAGATCGGTTGTTAGAGAGAAACCCTTTCCTTTAGTAATATCCGAATGCAATATGCGATTGGAATGTGGGATCTGTTATAAACGCACCACTGAACAGTGGGAAGTTTTTTGTTTGTTATGAGATAAGCGATTTTTGATGGACGGCTCTATGATGCTGTTAATCTGTTTGTTTATTTGTTTTGTAAAAATTTATTAAACTTCAGTCATATTATAGAAATTAACAGTATATTAAAATATAACAATTCTGATAATAATGTTTAATATTGATGATGATGAAGAGGATGATAATAATTTCATTCATTTTCTTTTCGGCTTAGTTCTTTTATTAATCCTGGGTCACCACAGCGGAATTAACCGCTAACTGATCCAGCACGTTTTTACGTAGCGTATGCCCTTCCAGCCGCAACCCATCTCTGGGAAACATCCACACACACTTATTCATACATACACTATGGACAATTTAGCCTACCCAATTCACCTGTACCGCATGTCTTTGGACTGTGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCACGCGAACACAGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAACGCCAACTGAGCCAAGCCGAGCAGAGGTTCGAATAAGCGACCTTCTTGCTTTGAGGCAACAGCACTACCTACCGCGCCACTGCGTCACTGAGGATATTAATAGTGTTAAAATAGTGTTTATAGTAGTTGCAGTAATAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGAAGCAGTAGTAGCAGTAGTACTATTAGTAGCAGCGGTATTAGTAGTAGTAGTAGTAGCAGTAGTAACAGTAGTAGTAGCAGTAGTAGTAGCAGTAATAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGCAGCAGTAGTAGTAGCAGCGGTATTAGTAGTAGTAGTAGTAGCAGTAGTAGTAGCAGTAGTAGCAGCAGTAGTAGCAGTAGTAGTAATAGTAGTATTAGTTGTATCATCTATCTGTCTTCTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTCTTTTTACATTGACAATTTACTTATTTTTGCAACAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAAACACATTCAGTACCTTTATGAATTTTAATTGGAGCACAGTTATAAGCTTACAAAAAAGATATTTTAGGGTGACGACTTTAAAAATATGACGACATGCAAAGCTTCCTCATAGACAATTCATCTTATGAACACTTTATGATAGTAATTGTGATACAAACATTTACTTTTTATACACATATACACTTATTTATTTAACAACATACTTTACATGCCAGTTTGCACATAACAGCTGCACACATATTGTTGTATATACTTGTACAAGCACATGTCAGTTTGCATATTTGCATTCACTATTTACTTCTATTTTTAAGTTATTTTTATTATCAGTTCTTTGTCCTGTCTCTATAATGCTGTTGCACTGTTGAAGCTCTGTCACGAAAACAAATTCCTCGTATATGCAAACATACGGTACCTGGCAATAAAGCTCATTCTTATTCTGAATCAGATTCTAATTGAGAAATATCATATATGTGGGCTAATTGCTCATCTTTTTGCACAAAAACACTCATGAATGAAATAACTATTGCCTAGTAATTCAAACTAAATTATAAGATTTACTTAAAAATAGTTCATATTTTTTAGATGATGAGTTCATAAAATATGACAACCGATGTTCAAAGCTTAATATTTAAATCTCAATATTATCTTCAAATGTAAATATCAGATATGTAGCCTAATTACTCATCTCTCTTCACAAAAACACATTCAGTACTCTTATGAATAAAATAAATAATAATGTCTAGTGATACAAACTAAGTGAAGTTTATTTATAAACTAATTTCCAGAGAATTACGTGCTTATGATTGACCACAGCTGGTCCAGCATTAGCTAACACATTATTCATCAATTAAATGATAGTTAACTCACCATAAATAACCAGAGTTTCTTACCTCAGTTATAATT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Seq C2 exon
GAAATGACTCGATATTCCACGACATTGACAGCGACACTTCTCTGACCAGCCTCAGTGACTGCTTTATGGCCTCGTCTGACGCGGGATCCATGCAGGCCCGAGTGGGAAACCCCATCGACCGACTCTACTCCATGCAGAGCTCCTATTTCGCCTCATGAAAGCACACTCGCTGCAGCTCACACCAGTCACTCGCCGCCTATCAAGGGAACACGCGCTCGCTCGACAAAAAAGACGAGACACCAGAAACAAGACAAGTGAACTTCCCTACCCTACAATGGACGTCCAGAAGCTGACATTTCTTCCTTTTCTAGTTACATGTAGATCGTTTGTACATGACTTTCTGAGAAGTAGCATTTCACTTAATCCTCATGGACTTGTGGAGAGGGAGAAAAAACACACTAAAAGGGTATCGGTGTACAGTTTGATGTAACTGAAGCATCAAGACTCGTGACTTTCCAGAAGATCAACACATAAAGCTCATAATGCATGAATCCATATCTTTGTGATTGTTACGTTTAAAAGAAGAAAAAAATAGATTAGAAAAAAAATCTTGTGTTGTTCAGATGTTGAAATGTGATGTTCGGACTCATAATTTGCTCTTTTCGTTATGTTCAGCATTGCATTTTTTTCCTCACTTTAATAGTTTAGCCCTTCTGAAAGACGATGTAGAAAAAGCTTAGAGGGGGAGATTATGTATAGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000068365:ENSDART00000076420:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.944 A=NA C2=0.462
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]