DreINT0090057 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000025089 | loxl4
Description
lysyl oxidase-like 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080722-19]
Coordinates
chr13:40060368-40063971:-
Coord C1 exon
chr13:40063835-40063971
Coord A exon
chr13:40060480-40063834
Coord C2 exon
chr13:40060368-40060479
Length
3355 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAAA
5' ss Score
5.07
3' ss Seq
TTCTTGTGTGTGCTTGTCAGGTT
3' ss Score
9.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTTCATAAACGCTTTTCATGTTACAATTATGGCGATCAAGGCATTTCAGTAGGCTGCTGGGACACGTACAGACACGATATCGACTGCCAGTGGATAGACATCACTGACGTGAGGCCCGGAGACTACATCATGCAG
Seq A exon
GTGAAAACGATTCAGAACATCTCAACCCTTTAAAACAGCAGTCAATGGCACAGACCGTTTTTCACCATTCCTTCAAGAGCAGATTCTCTTTCCAGGATGCAGTGCAGCCACTTTTCCTCTGTCATTAACTCTGGAACGTGTTAATCATCTAAATCACTGCGGGCACAGAGAGCACTTCAGCAGCTGAGCTTCACATGCAGAGCCGACCAATCACAGAGCTGCTTTAGGGACCGGTCAGGAGGCCCCGGTCGTAAAATATAGGTTGATGCGAAGCTTTGTTTTAATTACAGTGTACCTTCGTGCTTTGACCATTTTGAAGATTTATTTGCTCGAAATGTTGCCATGATAGATTTACATGTATTTTAAGCACGTTTGGCAGATGTTAATTACAAACCGGCAATCAGGACTGCTTCTATGTATGGCACGGCAAGTGCTCGTGGTGATACTTAAAGGTCAGAGTTCCCATCTCTATGCTGAATAACGCCAGCTATCCAATACAAGCGTAAGAAACGTGGCGTAAATGAAGCAGCTGTACTTGATGACCCCGGCAAACCTGTTGATCTTTCTTCGAGTCGCTTGTCTTTAATTCGAAACCCAAAATAACCCAGCGCTAAGCATTCCCTGCTGGAGGAGAAAAGCGTGCTGTATCCCCCTCTATTAGACATGCTCAATTAGGCTGAGAGGGATTTACGCCCGTCTGTTTTACAGGCACTTTCTCGCTGTAACATATGCTCACACAGTCCCAGATCTTCACAGAGCAGAGTTATAGTTGCACACAAACAAAAATAAAATAAAGCTTAAGTGAAACTCGTATTAGAATGTGCTATTAAAATAATTACCATGGGCTGCTTGAGCGTTATGACAAGAAGATAAAATAAAAGAACTGTTGTTTCAGCGTTAGTAAAGTTTTTAAACCTTGAAGCCATAGTTATGTTAAATGTCTGCAGACTAATGCAACTCGAGGATGATCTTTTGACCCCTAACTAGGCCTGTCACGATATCTATTTTTTGTTGTCTGATATATTTCACCGAAATGTATTATGATAAACGACATTATTTTCATTTTTAGACCATTTTTTGCCACTCATTATATAATGCCAGAATGACAATATAATATTATCACAATGCAAGTACACTCTTACAAAAAAACACATAATATTTTATTCTTAAGAACATTTAATTTTAGTATAGGCTTTTAAACAGTTTAGTAATTAGGCATTGGAATCAGAATGTGATATCACATATCCTAAATAAATAATAATAATTGTTAACAAAAAAGTGCAAGGTATAAAGTAAGCTGCGATATCTGCTACCAGATCTACTTTCAGTTGTCAGGCACCCACATGAAAATATACTATAGTAATCAGTGTTGAAAAGAGTACTGAAAAATCATACTGAAGTTAAAGTACCATTACTTGCCTAAAAATGTAGTGCAAGTAGAGTAAAAGTGTCTGTTGTAAATATTACTCAGTATATAAGTAAAAGTAGTGAGTAGTAAGTATTATGCTGTAAAAAGCTAATGCATTTACATGTAATTTGTGGATGTGTGTAACATTCTGTAGTGCTTTTAGTGATTGCCCAGCAGGCACACAATGTCATTAATATTAGGTTAGATATAGGATGTGATGTCAAGTGACCAAAATTCAATGTCTTGTCAGAGTCTAAGGAAAACGTTATTTTGACATCAAATATTGACATTTATTCATTAGATTTGGAAACCAAAATCCAACCTCTGATAGAGGTCATAGTGTTAATGTCCATACAACGTCAAGCTGTAAAATCATTAGACAATTATAAATCCCCCATGTCTTGATGTAGTTCAATATTATGCGATTTACTTTCTATGTGTGATTTGATCGGACAGGAATCACAGGACTGAATTTTCTAATCCCCATAGACAAGAAAAAATAAAGTAGTGTCTGCAGGTTGAAACACAGTAGTGGAGTAAAAGTACCAATACTGCACTAAAAATATACTCAAGGGAAAGTAAAAGTACACATTTATAAAACTGCTTAGTAAATTAAATTAAATTCTGAGTTAAAATTAGTAAATACTGAGAAAAACTACTCAATTACAGCAGTTTGAGTGTTTGTAATTAGTTACTTTACACCACTGATAGTAGTTTATAGTAAACACTATAGTGTGTGTGTGTTTAAGTCATACTGACACTGACACCTCCAAGAGGAGAAAGAGATGTTGCGCAATCAGCTAAAATGTTGCTAGAATTGGTTTTTATGTATGGGAGAAATACAGTATATTGCATCACCAAAATGATTGAGGTCATGTTCATGTGTTACACTGATATATTGATATATTGATTATTGTGACAGGCCTGCCCCTAACTGTGCTTAAACAGCATGTTTAAACCATTATATTGTGATATTAAGTTACAGTAGTTGAAGAGACCGCTTTGTTGAACCCAATTTGTGAAGCGGTTTAATGATTGGATTGCATAATATTTCCTTACAAGCTTTAAATCTTTGTGGGTTTTGCATGTGTGCTATGAAACCTCACTAAATAAATTACACAACTTGTATTACTTCAGGCTAGCACAGTAAAATGCCTAAATTTGACACTTGTTCACCCTTATGGTTTTTAAATATTTATATATAAGATTATATTTAGTTATTTCTTTAATATAATTGTACATAATGGTCATTATACTCCTAGGTTAAATAATTTCCCTTTTGAGGTATAACTCAAATATAATTTGTGAAATTTCTTTTAAACATGTTCAAAAACCTAGTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAACTAGGTTTTTAAGGCTTAAATAGGTTAATAAGGTGAACTAGGCAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTATTTGATAACGATGGTTTGTTCTGTAGACTATTGAAAAAAAATTAGCTTAAAGAGGCTAATAATTTTGTCCCAAAAATAGTTTTAAAAAAATTCAAAACTGCTTTTATTCTAGCCGAAAATAAGACTTTTTCCAGAAGAAAAAATATCAGACATACTGTGAAAATTTCCTTGCTCTTTCAAACATTATTTGGGAAATATTTAAAAAAGAAATAAAAATAAATCAAAAGGGGGCTATCAACTGTGTATATATATAGTTATGAATTATAACTATACTGCATTATTATTTATATAAACTTGTAAAAATAATTAATAATAATATTGCCATGAGAAAAAGGGAAATTCTCAGTAATGTTAACCAGAGGACCATATTTAGGAAAAAAAAATCTCTAAAAAAACTCTTAAATCCTGAGGGAGCCCATGTCAATTATCCTTCTAGGTTGCCCTACAAATTGAGCTCATTACTGAACAGCTCTGTTCATTCTTGTGTGTGCTTGTCAG
Seq C2 exon
GTTGAGGTAAATCCATCGCTGGACATGGCTGAGTCAGACTTCATGAACAACGTCATGCGCTGTCGATGTAAATATGATGGACACAGAGTGTTTATGTATGGCTGCCATGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000025089:ENSDART00000044963:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0118612=Lysyl_oxidase=FE(22.1=100)
A:
NA
C2:
PF0118612=Lysyl_oxidase=FE(18.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]