DreINT0090061 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000025089 | loxl4
Description
lysyl oxidase-like 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080722-19]
Coordinates
chr13:40094889-40104380:-
Coord C1 exon
chr13:40104166-40104380
Coord A exon
chr13:40094928-40104165
Coord C2 exon
chr13:40094889-40094927
Length
9238 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTGAGT
5' ss Score
9.1
3' ss Seq
GAATTTATTTCTGTTTACAGGAA
3' ss Score
8.9
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAAATATGGGATAAAAAAGTCAAGGATTCAACAACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000025089:ENSDART00000044963:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.083 A=NA C2=0.500
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0053013=SRCR=PU(43.5=69.4)
A:
NA
C2:
PF0053013=SRCR=FE(11.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]