DreINT0090614 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061517 | lrp1bb
Description
low density lipoprotein receptor-related protein 1Bb [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-401]
Coordinates
chr9:36614061-36617109:+
Coord C1 exon
chr9:36614061-36614180
Coord A exon
chr9:36614181-36616992
Coord C2 exon
chr9:36616993-36617109
Length
2812 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CATGTTCAG
5' ss Score
-15.66
3' ss Seq
ATTTATTTATTTTTCTTTAGCTC
3' ss Score
7.83
Exon sequences
Seq C1 exon
CTAACCACAGTTGTCCAATTGACCAGTTCAAGTGTCCCAGTAACCGTTGTATTCCCAAGAGATGGCTTTGTGATGGAGCTGATGACTGTGGAGATAATGAAGATGAGTCCAATAAAACAT
Seq A exon
GTTCAGGTACTGCTCTACGCCCTTATGTAGATTCATACACTAGTATATGGCATTAGAAAAGCTGGGCCCTCACTAATTTATTAATTGTATGACTAATTTAGACTAATTGTATGTATGTATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTCCGTGCGTCCGTCCGTCCGTCCGTCCGTCCGTCCATCCATCCGTCCATCCATCCATCCATTTTAAGATATTGCATTATGGTTAGCAATTTATTCATTTATTTATTTATTTAGTTTATTTAGTTTATTTATTTTATTTGGTTATTCCCTACTCGAGGATAGCAGAAGCAAATGTAACAATAAAAGTAAGTATAACTGCTTGCTGCTTTGCTAAATGTATGAATTTTTAACGTTTAGGTGGATTGTCCAAGGAATACCTTCTTTCCATTCAATCATTTCACATTAAAAATTGTATATTAAGAGTAAAATTCTGATATGAATGTCACGACATATTGTCACAACTTTAGTCACATGACCTGTGTGTTTCAAATCACCCTAATCACGTTTTCTGGGTTTTTTGGATCATGCTTCGGTGCAGGTGTTGTAAAACACTTACGCTTCGTGATCTCAACACTCGGAACATCAGTTTCATGTCAGCCATCCCTTTTAATCAGTAGCTCCCTGTCCTGACATTTTACCTGCCTTGATTTTGTAAACATCCTTTACATACAGTAAACGCTGCACATGTATTCCAACCTCTGTTTTCATGTTTGTCTCATTACAACCAAGAACAATGCTTGCAAGCAACTAGCAACATCACATAATGTACTATACTGGTTCAGAGTGTAAATATGCATTTTATTGGTGTGGAGGAAATCTGGTCTAAAGTGAATCTTAGACTGTGACAGTTTTAAGTCAGATGCTGAGCGACTCTGACTGGCAGGGCTATAAAAGAAAATCAATTTGCCGTTTTTAAAAAGGGGAGGAGCTACTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAGTCAAAATTATGTCATGGAACTAAATTCAGAGCCTTTCAGAGGACAGATATCTTTAGTGAAGTTCATATTATCTGAAGTGAACTTTCTTGCCACAGATTGTCAAGTTATTTTGCCTCCCTTTTACAAATGTGAGTAACACCTGGCCTATTTCCAGGAGTTAGCACTCTTTCGGTAGTTTAAGTGCTGTACGATCAATGGAAGGGAAGAACAGATGTGATAAATGCTGTCAACAGTCTGACGGGCCTCTGATAAAGCTGACCTTTCAGCTGTTGGTCTTTGTTGACTCTACAGACGCTGTTCAAGCAAAGCGATATGGAACACGAGCGATTACACTGAATCAGTGAGGAGCTTAAATCGACAGCAGATGTTAAAGACGTTTAATATTTGATGATTCAAGATGATCTAAAGCTGAGAATTGCTTGAATTGGCTAGAAAACTGTCTCTGGTGCATTAATGTAATTTTGATCAGTAGACACTGAATTAAATGATTGGCTTTTGGTGGAGATCATCAGAGTGAACCAGACCAAAGAAATTAGTTGAAGATTTCGATTACGTTTTTATGTTTGGTTCAGAGTATGGACATTAAAAACTAGTGCAATATTTGATTAGTTTATTATATAGTTGGTTGACTGATATTATTGATTGATTGAATAATTGATTGATATTATGAATTGATTGATTGATTTGATTGATTGATTAATTAATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTAATTGATTGATTGATTGATTGATTGATCATTGCTTTGATTGGTTGGTTAATCGATTGATTGGTATGATAGAATGGTAAATTGATTGGGTGTTAAGTAGAGATGATTGGTTGGTTGGATGATATGGTTGGTTGGTTGGTTGATATGATTGGTTGGTTGGTGGGTTGATATGATTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTAAGTGATATGTTTAATTGGTTGATATGTTTGATTAGTCAGTTGTTTGGGTGTTTGGTTTATATGATTGATTGGTTTGTTGATATGATTGGTTGGTTGGTGGTTGGATGGTTGATATAATTGGTTGGTTGGTTAATATAATTGGTTAGTTTGTTTGTTGGTTGGTTGAATTGTTATGATATGATATGATATGATATGATATGATATGATATGATATGATATGATATGATATGATATGATATGATATGATATGATATGAATGGATATTTTTCTCAAATTTGAATAATTTATGTAATAAAATTGCTCGTAAAATGTAATATTTTATTATTCTGTAAGTGTACTGTAATACATTTTAATGTAGTTTTTAGTATTTTATTATGGTTTTTAAATATTCTGTTGAATTTGTTGTATTATTTTAGCAATGTAACACTATTACATAAGTACAGATTTTCAGTGCTCATTCCACCTCTGCTATTTACTATGTATTCTTTAATATATTATGTACTCTAAAACCTTTTTCATACTCAGAATTTTGCCATTAGAATTAAATGTTTGTTTGTTGTTTTATTTATTCATTTATTAAAACACTAAAATAAAAAAAAACAAACTTAAAATCTAAACAATTGTCCGTTCATTAATTCATTCATTCATTTAAATACATTTATTTGTTTATTTATTTATTTTTCTTTAG
Seq C2 exon
CTCAGCCATGTCGGGCTGGTCAGTTTACCTGTGGTAATGGACGCTGTGTCCCAGAAGCCTGGCGCTGCGATCAGGATGATGATTGTGGAGACATGTCAGACGAGTCTACGTCCTGCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061517:ENSDART00000139033:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005713=Ldl_recept_a=WD(100=92.5)
A:
NA
C2:
PF0005713=Ldl_recept_a=WD(100=97.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]