DreINT0099725 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000000103 | myh10
Description
myosin, heavy chain 10, non-muscle [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030616-162]
Coordinates
chr6:7457336-7466984:+
Coord C1 exon
chr6:7457336-7457450
Coord A exon
chr6:7457451-7466790
Coord C2 exon
chr6:7466791-7466984
Length
9340 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGC
5' ss Score
9.89
3' ss Seq
CTTCTCACTCTTCATGGCAGTGG
3' ss Score
6.01
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTGATTATAAGGCTGATGAGTGGTTAATGAAAAACATGGACCCTCTGAATGACAATGTGGCTACGCTTCTGCATCAGTCCACGGATAAGTTTGTGGCTGAGCTGTGGAAGGACG
Seq A exon
GTAAGCAGTTTCTTCTCAACATGTGAAATATTAAACGACCCATTTTTATTGCTCTCGCCCTCCCACTCTGTGAAGAAAGAGACTGTTGTTTTCAATCCTCAGTTTCATGTATTTAAGAAAAAAGAGCTTGTCATGCATTTCAATGGCTTGTGCGAATATCTTAACATAGCAGGAGAGAACTATTAATCCAAGAGGAGAAATGTCAAACAAGAGATTTTGCAATGTATATACCACAGCTGATGTTTTTATATGCTATAAGTGAGAAAGACTGCTTTACATTTGGAATATGTAAATACAAGTGAGAGCAGGGAAGACATATTTAATAGTGTTAAAATACAGAGTGGGACGTGCATGTTTGGTGGCTTTATTTTATGACAGCTTTTTCACTGCGATTCTAGAAAAAATAACACTGTATGTGTGTCAAAGACAAGGCAAATATTTTACAATTAATTTAACATGTAATGAATTTATTTAAAAGTGATTTTATATAGAAGGAAAACATAATAATGCGAGTGCAGTGTCTTTTTTAAATATTTCAAAAGTCTTTTGTGTACATAAATTGCAAAAAAAATGATATTGTATTATTATATTATCATTCAGTAGCTGTGTTCTAAATCACATTCTGCATCTTCTGAAAGTTGAAACTGATTGAGTCACCAAATGTCAGCAGAGAAATACCGAATTACACTTTAAAATGCACCATAAGTATATTGTTTCAAACAGTACTTCAAAAATTCCTTTTCTTATATTTTTTTGTCTTGTTTCTAATCCAAATGTCTAAAAATACTTAAAGGTGCAGTAGGTGATCTGCCAAAATGCTAACCGCTTAGCATATTATCTTTGGATGGCGGGGAGGGACTGGGATTTCAAAGCCACACCTCCTGAAATTGTGAGCGCGCACCGCGTCACAACAGCAGACAGACAACCCACTAGTTCATGTCATTCGGCAGTTAGTTAGTGTTAAGCCAGCGCCGTGCAGAAATTACATTTATAACTTAGCCACACTTACATGCTTTTTCAGAGCGAATATTCAGAGTAGCATGGTAAACAGTATTGGAAGGCTGTCATTGTTCAAAATTGACCCAATGTGAATAAAAAAGCAACTTCAGCTCAATAAAGCAGGTTAGGCGAAATAGCACTATTTTCTGATGTTTTGTTGTTAAACTAAATATAAATCTACATTATCGATGCTGTCAAAGGACCTTATGAAACTGAAAATAATCCCATCAATCTTTCACCGGGAGATTTCAGTGGCTTAACAACACGTCTGTGCATATAAGTCATTCATAACAGAACGCAATCTAACATAAGCTAAGTCCGACTAAAACAGTTTTAAAACAGAACATTACCTGTCTAACTGTAATACTTCAGCCATGGTTTCGTCTTTCCTCCAGTGTGCTAAAGTAACTCGGATATTGATTCAGGTTTTTAAAAGTTTCAATTCAGCATTTGATTTCTCCCGGTCTGTCTCGTGACCGCGCGGCGCTTCTGCAGACAGGCACGTGCGAATGGCGGATCTGCTTGAACAGTTGCGCAGAAGTCCAAATCGACATTTGCTGACGGACAGTCTGAGCTGCTTATCGGAATTGTGGGAGATGTCGGTCCGACAATATTTAATGGATGAACATTTTTTAGTTTTATGCTTTACCCAGAATATAGAAATACATATAAACACATTTAGATCATTTACTGTAATCATTACTATTGGACTGTGTGGAGACTTTCAACCAGCACAACAACAAATGTTTCTGAAGACAAAAACCTACTGCACCTTTAAATCAAAAAGCATTTTCTAGGCAAGCAAAAAATCTTTGAATTATTTTAAGAAATAATAAGTCAAAATTAAGTGAGTTATAAATGCGGTTGGCAGTATAATCTTAAATCAAAAGGAAAAACAAGATTCTGTTGGTTACCTCATTGGTAGGTTATTTTGAAAAAAATGTTTTTTCTTAAAACATGCAATATTTTTTGCTGCTGGGTTTAAGAAGTTTTAGGACTAGACACAAGACAAAAAGGTTTCAAGTCAGAAAAGCATTTTTTTGCTCTGTAAAATGTTCAAAAACCACTGAATATGCAGTTTGTTAGCAGTATTTCAGTGTAACAATTCATTTTAAAGAGCCCCTTATTATGCATTATAAAATGTCATATTTTGGTTTGGGGTGTCTCCAACAACAGGCTGATAAACATGCAAGGTCAAAAAACACTTTCATTGTCTTAGAAAATGCATTTATTTGACTTAATTATCCCAACGACTCCCATATACTTGTACAGAGATTCATTTATTCCCAAACCCCTCTTTTGCATGATGCTAATCGTCAGTGTTTGGTCTGAGTCTAGTGTGATTGGTTGACTAGGTTCAGCATGAGATGGAGAGAAACGGCCAGCACCGTTATAAAGTAACACAGAGTATATATGTGAACTCGATGCATGCAGGCAAAAGATCAGAACAAAAGACAAATCATTAATTTGACTCTATAGAATTAATAGATTTAAACACAATGCAAGGTACACTTTTAAGATTTAAACCTCAGCTGGATGTTTCCCTTCGCTTACAGCTGTGTTACACACTGCATGGATGGTTATTTTCAAAAACCCATAATAGGGGCTCTTTAAAATCATACATATAAAAACCCTTATAGTTATTTAACAATCTGTGACATCATCCAAATGACAGCTGCAACTCTGATTTTGCTTCAAAAGTAATTGATTATTTTTAAATATGTTAATTTCACAATTTCATGGTCTGGCAATCTAAATGACAAAAAACACATCATCAATCAGTGAAATGCCCCTAAAAAAGCTATTTATTGTTCAGTTGATTTTGAAATAAGTAGATGTGATATTTTATATAGGTGTCCAGTTGATAGCCTGCAATATTAAGCTGAATTAGAAGTTTCATCGCTCAGGTTAATGCTTTGTTTAGTGTAATACAGATTCTCTGTTAACCGCAGTGTCATTCATTACACTGAACTACAGTATGCCTGTATGTTTGCAAGCAATACTTTCTTATAAATAAAGCTGCAACAGGAATTTTTTGACTTAACTCATTATCTCAGGAATATTGTTGTAACACATTAAATGATATAGACGTAAAACCTTGGACTATCAGTATTTTCTCCTTTTCTGCAAAACATAATTCAGTATAACAAAAATCGTCTTTTAGCGTTTTGTCTTTGACCCATATACTAATATCCTAATAATGTAGTTGTAAATAAAATGATTAATATATTCGCAACATACACTGGGGGAAATAATTATTCAACAGCTTAAAGATGTCTCTCATCTGGAGAATGAAGTGAAATATACAATTTTTATTTATATTTTTTTTACAGACTTCAACAGAGTATTAAAATCTTGATGGTTCTGTGGGTCTCGTTTAGCCAAATCTGATCTTTATTTTCTATTTTCTATTGGATTCAAGTCAGGTGATTGGCTGGGCCATTCTACAGCTTGATTTTCTTTCTCTTAAAGCATTTGAGAGTTTCCCTGGCTGTGTTTTGGATCATTATCTTGCTGAAATGTCCACCCTGGTTTTATCTTTATCATCCTGATAATGTAGATGTTGTGCTGAAGCAGCCAATATTCATTTACAATGACGAAAGGTAGAGGGTTGCTACTGAACTACTGAGAGATTTCAGCTGCTGTCTGGGCTTTCACTGCCTTTCTGCACCTCCCTTTCTTCATGTGTTCAATACATTTTTTCTATGTCATTTTATTTTATTACACATCATTTGTAAACCAATAAGATTTGTTTTCTTTTCATATATGTGTTTATTTGTTTATAAACATCTGGTGAAAATTTCAAGTCAACAGCACCTCTAGAAATATGTTTTCTGAGAAAAAAAGGTGACATGTTTAATACTTATTTCCCCCCACTGTAATTACCTAAATGAATACAAAATTAAAATTGTGCGTGTGTGAAGATCTTAAAAAGAAAAGCTACCGAAACATTACACTATTGCAAATGGAAATAACTTACTGTTGCTTGTTCTCACCTGTGTTGCAAAGCACTAACCAGTGTGTTTACTACCATTTATGTCTTTATGTTCTAGCTGTGTTTTACTACTTTTTTATTTTGCTTTTTTTTTCTTGTTTATCCCCCCCTTTGCCTCTTCTCTGTCTCTCGACCATAGAGATTCAGAATTTCCAAAGAGCGTCTTTTTATGATGTCTCTAGTCTCCATGAATCGCCAGGTGAAGGTATACGATGCTGTAGGTCTCTGCTTACCAGCGCATTGTGTACTTTCAGACTCTCCCATGGCTTGTAGACCTGGGCCCTGGACCCTTTAGCTGGCTAACTTTAGAGTTAGCTGGATCCATTTGAAGCAAAGCTTGACTTGGCTGATTCATTCAGATGTCCAAATGGCTTGAATGAAGATTGCATGAAAAATGAGTGCATGTGCATAGAATTAATGGAGAGTATTGACGTAAACAAACTATTTGAGTTTCTGGGTAACTCTAGGTGACCTGGCTACAAGGATTAGGGCCCTGCTTGTTCCTTAGTGCCTTTCAGCAATTTTGAGCAGTTCCCATGCCCTGTAACTGTTAATAATTAGTCTAAAAATTGTTAAAGGAATATCAAATATTGCAACTTGTCAGACGATATTAAAAAATGTCTTTTTGATGGGAAGAAAACAAGTCAATCTTTCAATATTTGTCAGGAACATGTAAGCAGCTCTGGAAGATATTAGAAGACCACTTGAATTTTCTCATGGATTTACTTGATTTATTAGTTATGGGTTTGAGTAGATGTGTTGCAATTTATTTCATGATGGTCTGATGACATTTCTTTAAAAAAAAATTATGTAAATAAAAGCTATTTATTCTCAGAAGATTTCAATTATTAAGTAAATATAAAATGGTTAATGAAAAACGGGTTATGCCACCAAATATTGATTTCTGAACTCTTTCTGAACTCACATCACAATCACATTGGGTAATGTTTAAACCGAAGTTAAAAATCACAACAAAAAGATTTAAATTCAAAAATATATAACAGCA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Seq C2 exon
TGGACCGTATTGTTGGTTTGGACCAAGTGGCAGGAATGAATGAGACTGCATTTGGAGCCGCATATAAGACCAAAAAGGGCATGTTTCGCACTGTGGGTCAACTATATAAAGAGTCCCTTACAAAACTCATGGCCACACTCCGAAACACCAACCCCAACTTTGTTCGCTGTATAATCCCCAATCATGAGAAGAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000000103:ENSDART00000151114:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(5.5=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(9.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]