DreINT0099808 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000100972 | myh11b
Description
myosin, heavy chain 11b, smooth muscle [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-101124-2]
Coordinates
chr3:36561656-36565082:-
Coord C1 exon
chr3:36564926-36565082
Coord A exon
chr3:36561739-36564925
Coord C2 exon
chr3:36561656-36561738
Length
3187 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGACT
5' ss Score
6.64
3' ss Seq
TAGCGGTGAGTCTGGTGCAGGCA
3' ss Score
-1.23
Exon sequences
Seq C1 exon
ACATATTCAGGCCTCTTCTGTGTGGTGATCAACCCTTATAAGATGCTGCCCATCTACTCTGAGAAGATCATTGAGATGTACAAGGGGAAGAAGCGTCATGAGGTTCCTCCACACATCTACTCTGTCACTGATAATGCCTACAGGAACATGCTGCAAG
Seq A exon
GTGACTGTCAGCTTTCACTCACTGAATGCACACTTTTACACACAAAATAAGTTTTGCTCCTTGTTCAAACTGCTTATTTAAAATGAGTTGAAACAACACAAAATTTTAATTGTTGTGGGGACAAGTTCATTGTTTTGTCACGCTCCACTTAAATGAGTAAAAACGATTAAGGTAACTTAATCTGTTTTTGTTTGGATAACATGAAGGAATCGTGTGGAACCCAACATATTCTACAGTTTAGTAAATGAATGGGCTAAATTAAATTGTTCTATGGAAAAAAAATGATCTTACAAAATAGAAAGCTGTGCACTGAAAAAAGATGAAAATTGTAAGATTTTGTCGTTTTGACTAATTATGTTTTGTAGACAAAATTAGTTTTTAGAAGTTGTCCAGTAGATACAAAGATTTTTGTTCACTGGCCTTCCAACTATAACTTGAATTAACTACTAAAATTGGACTAAAATGCATGTTGAAATTGCAAAAGTAATGTAAAATGCAACTTATATTTCATTATCATTTAGTCAGCTTATTAACGAAAGAAATCATAAACATATTTTACTTAATTGTCTTTATTTTATTAGATGTTAACATTAGTTTAATCAAAATATGAAGTAATTCCTGCTATTGACTGCACCGTGAAAAATCCTGGTTGCCTTAAATTATTAAACTGAATCAAATTAACCTTACTGAGTCCAAAGAACTTATATTATGTTAAACTGACTTAAAACAGCTTACGTGAATTATTATATTAATAGAACATGAATAACATGATGCCAGGACTATTATATAATTTTTTTACAGTGTGTTATTAGTAGTTTATTTTTAGTTTTGTCTTTCCAAAAATGTCTTTTTTATTGTGGCTGTTTGTGCACTGCATATATTGAATGACAAAATTGTAAAAATGATCCATGTTAGGATAGTGATTCAGTCCAGTTATGTACTGGAGCATGGGCACTGCACATCGCACCAGAACAGCCATCAGAATCACCATACATGGGGTCTTACTAAAACTTTTAACAGCTATTTTTGGAAAGATGAACTGAAGTTAATCTCACCCTGCAATCTGTTAAGCATACGTACAATTTAGGAGGCAGGGAGCTCCAGTGAACAATAGTGGAGTTTGTGTTAGGACAGGCTGGCCCCTTGTTAATCTTCTTCAGGTTCTTAACTGTGACAATTCAAGCATTTCTTGCCCTGTTCATGTACTGTACTAGTTCAGAAGTTACAGGGTTTTGTTTTTCTTTCTCCACAGAGCGTGAGGACCAGTCTATTCTCTGCACGTGAGTTTTAAAATACATGTTATTTGCTCCATATACACTGTAAATAAAAAAAATTAAAAACTGCCTTATTTTTTTAGCTGAATCACATGATCTTTTCTAGTCATCTCAACTTACATCAGTCAAACTGACTAAAGATATTAGGTTAAATATTAGGCTTTGTATACCTTTAAAAAATGTGTTCAAACCTGATGAACATATTAAAATAAGTTAAAGTAACATAAAAGCTTTTTTTGTGATGGCTTTTTTTGTAATATTATTTTTTTACATTAAACTGTGATCTATTACTTGTATTGTTTTTTATTTTTATCTCTAAAAAATTTTCAAGGAATAGTAAGACTTTCTGTGAAGCATGTACACTAAAAAAAGCTGGTTGTCTTAAATTTTTAAGCTGAATAAAATTAGCCTTAAGAGTCCATTGAACTTCTGTTATGTTAAACGGACTTAAAACAGCTCGTGTAACTTATAAAATTAAGTTAGAACATAAATATCTTAGTTTAACAAGTTACAATGACCTAAAAACATATGATGTCATGACTAATTGTTCACATACAGTTGAAATCAGAATTATTAGCCCCCTTTTGAATTTGTTTTCTTTTTAAATATTTCCCAAATGATGTTTAACAGAGCAAGGAAATGTTCACTGTATGCCTTATAATTTTTTTTTCTTCTTTTGTTTTATTTCGACTAGAATAAAAGCAGCATTAAATTTTTTAAACACCATTTTAAGGACAAAATTGTTAGCCCCTTTAAGCTATATATATTTTTCTGATAGTCTACAAGACAAACCATCATTATACAATAATTGTCTAATTACTCTAACCTGCCTAGTTAACCTAATTAACCTAGTTAAACCTTTAAATGTCACTTTAAGTTTGAAATATATCAAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCATTTTTATTAGAAACGAGTTATTAAAACTATTATGTTTAGAAATGTGTTGAAAAATTGTTTTTCTCTGTTAAACAGAAATCGAGGGGAAAAATAAACAGGGGGGTAATAATTCAGGGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTACATTTTTACAGTGTATGCATAATGCAGTATTCCTAAAGTAATAGTTCAACTTTAAAAAGCTATAATAATATAGCTTTTACTATAAGACATTATGTATACTCGATTTATTAAAAAGTTTAATGCTTTAATTGCTGAATTGTAGAAATTATTAAGACTTTTAGCTCAAACTTGGGTGCTTATTAATAGTATAGGTAGTAGTTAGGTATTGGGTAGGATTAGGGGTGTAGAATAAGACCATACTATTTTCAACTAACAACCGATATCAAAATATAAATATATATTCATTCATTTATTTTCTTTTGGGCTTAGTCGCTTTATTAATCTGGGGTCGCCAGAGCGGAAAGAACACCCAACTTATCCAGCATGTTTTACGTAGCAGACGCCCTTCCAGCTGCAACCCAACACTGGGAAAATATATATTTATATTAAATATAAATTTATTTATATAGGCCCATAATAAGCCAGTAATTAACAGTTGGAAGTTGGGAACAGTACTTAAACTAAAGTGTCACCATTCACTTATAGTGCATTATAAACACAGGCTTTATTGAAAGTTTTACAAACTCCTCTTTCAGTGGTAAAGCGTTTAAACTCATTTTACACAAGTGTTCATTGTGCCTTTGAAGTGCCATTCAGTAACGATGTAATCAGCAGAACAATTTGCAAGAGTTTTTGCAAGAGATTTTGCCTGGTCAAACATTACGCAGGCCATAAAATTATACTCATTTATGTCATACTGTATGTGCAAAGCAGCCTTCAATGTAAATTATTATCACTTACTATGCAAATCATCATGTGATCCTGTGTGTTTAATAGCGGTGAGTCTGGTGCAG
Seq C2 exon
GCAAAACTGAAAATACCAAAAAAGTCATCCAGTACCTGGCGGTTGTGGCATCATCACATAAAGGAAAGAAAGAGGCCACTTCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000100972:ENSDART00000166896:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.034
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(7.7=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(4.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]