DreINT0109574 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000059259 | pabpc4
Description
poly(A) binding protein, cytoplasmic 4 (inducible form) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-9663]
Coordinates
chr17:25290041-25292802:-
Coord C1 exon
chr17:25292669-25292802
Coord A exon
chr17:25290132-25292668
Coord C2 exon
chr17:25290041-25290131
Length
2537 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATA
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
TTTTTTTTTTCTCTGCTTAGGCT
3' ss Score
10.41
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGGGACTGGCCAACCGATGGGTCCCCGTCCTGCCATGGGGATGACGACCCCACGTGCCATGCCACCATACAAATATGCCTCCACCATCCGAAACACTCAGCCTCAGGTAGTGCAGCCCATCGCTCTGCAGCAG
Seq A exon
GTAATATATGCTGATATACTGCACGTACATAAAAACTGACAAAGATTCACAGTTAATTCAGTAATTATATCAACCAGATTCAACGGTTTCTTTCTGATGTCATGGATTACAAATTGAATCCTCTCATGCATGTTTAAACTCAAAAGGTAAAACATGTACTAATGTGTGTTTTTAAATTAGAAACAGGTATAATAATATGTTATTATTTTATAAATTTTAATATTAGGGTGCGAATTATACATTGGCGATTGGGGGGTCAACTTTTATGGTAAGTTTTTAGTTAATCAAATGTATCTATTTATTTAAATGACATCAAATTTATTAATAAGACGCATTTACGTTTTCAGTGTTTTGAGGGATATTTAATGCATTCTGACATTCAGTAACCTGAATATTTCAGAAGTTACTGTAGCTCAAACTATGCGACTAATTTTACTTTACTTTTAGGCTATATGTTAATACGAACATCTATTTTACAAGAAAAGTGTCTGGTGACCACTTACAATATTCATCGCTGACCTAGATCTGGTTAGATAGTTTAGACCAGGGGTATTTAAACTTGGTCCTGGAGGGCCGGTGCCCTGCTGAGTTTAGCTCCAACTTGCTTCTACACACCTGCCAGGAAGTTTCTAGTACATCTAGTAAGAGCTTAATTAGCTGGTTCAGGTGTGTTTGATTAGGGTTGGAGCTAAACTCTCCTCGACACTGGAGATCAATAGTTGGTTATGCAAACTTTGACTATTTTCTCTAAAATATTAAGATGTTTCAAGCGATTTTGTCTCGACATACGCAGTGATGTTCACCTCTGACGAGGCGCTTTTATTTAGCCTGTAGTCTACTATATAATAGTTTAGATTTTTTACATATAATGTTCCATTACTTGAATTTTTTTTGCGATTTATATTTATAGTTTATATATAAATGAGTGCTAGCTTGTTTTGCTGTGATCATTATGCAAGGGTCATATTGAATATTTGGTTTATTCTTCAGTAGCCTATAGATTCATTAATAATGTATTTTATAAATGCATTGTTTAAAAGGACTAAGCTTTTAATATATAATACATTAATTAATACATTAAGACGTTGAAGTCAGGTAGGACAACAAATCACATCCACATAGTGAAATGCTGTTGAGTGGTATCAGTGTGTAGTATCAGCATTTCATGTACATACGGGTATTTTAACTAAGTATCGACACGATACTGGTATCGGTATCAGTGCATCCCTAGTATGAACCATTTATAGGGGTGATCAAATGTATATTTGTATTATCTATTATTTGAATTATGTTAAATACGATACAGATCAGGGAAAAATATTTCTCATTATTTAAGCACTGACCCGCCCATACATCTTGTTTTGACATCCTTGAGGGGGGATTGAGCATTAATTAGGGGGTAAGTCCCCCCTAACCCCCCTGTAATTCGCACCGTTTAATATCGGAATAAGTATCCTTATTCATATCAGACTTTAGGTAGACCCCTAACTTGCATTTAATGTTCTTTCTATGTATATTGTTAAGTGTCAAAGGTAGGTCAAAGAGGATAAAGATACAATATACAGGTACCATGTCTTTATTTTATTTTTTTATAAAAAAAAAAAATAAGTTGGTATATTTTAAAACAATGTTTAAATTGACAGATGTTTCTATTAATTTCTTTCTATATAAAACTTTAAAGAATTTTAATATTTATGTTTAAATAGCTAATGGCCAGAACAATAAAATTCCAATAGTAAATTATTATTATTTTTTTAAAAACTCACGAAGCATTTTCAAAGACTATAGAATACACAAGACAAGCAAGCAAGCAGTTTTGGAGAATTTGATGTTCACCCATTCAGACAGAATTCTCGAACATACTGCCCGAAAGGTGTTTCAAAGATGGCCGTCGAGTGAAATGACTTGCCTTAAAGGGACTTTGGCATTTAAGTCTATTTGTTATCTTTAAAAACAACTTTGCAACTACCACTAAAATCAGATATTAGTAAAACATTTGCTTAACATATGCTAACACTTTAATCTGATGGTTTCTTAAAAGCCATTCTACTGACTATTAATAACTTCTTTCATTCATTTTCTTTTCGGCTTAGTCCCTTTATCAATCTGGGGTCGCCACAGTGGAATGAAACACCAACTTATCCAGCATTTGTTTCACGCAGCGGATGCCCATCCAGCTGCAACCCATCTCTGGGAAACATCCAAACACACTTATTCACACTCATACACTACGGACAATTTAGCCTATCCAATTCACCTGTACCGCATGTCTTTGCACTGTGGGGGAAACCAGAGCAAACGGAGGAAACCCATGCGAATGCGGGGAGAACATGCTATTAATAACTTAAATACGTGTCAACTTATTCTATCAACCTTAACCCAATAGATTACTAATAGTCTAATGATTTCCTTTTGACATGTATTTGCAAAGTTATAGTCAACAGAACATCTAAAGCAGATAATCCAAATAAAGTGTACTGTTTGATTTGAAATCCAGATGTAAATGTTATCTTGTGATTTTTTTTTTCTCTGCTTAG
Seq C2 exon
GCTCAGCCGGCTGTTCATGTTCAGGGTCAGGAGCCTCTCACTGCCTCCATGTTAGCTGCTGCTCCTCCTCAGGAACAGAAACAGATGCTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000059259:ENSDART00000082327:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.956 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0065813=PABP=PU(31.2=64.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]