DreINT0110057 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000027867 | paplna
Description
papilin a, proteoglycan-like sulfated glycoprotein [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070815-4]
Coordinates
chr17:51049057-51057959:-
Coord C1 exon
chr17:51057623-51057959
Coord A exon
chr17:51049217-51057622
Coord C2 exon
chr17:51049057-51049216
Length
8406 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TCTGCACTCGTTTGCTTCAGTTG
3' ss Score
7.03
Exon sequences
Seq C1 exon
CACAACGTTCTCTGTCCTGTGACCTACCCAATACGGTCGGGCCATGCGATCAGTGGACGTCCCGGTTCTACTTTGACCGTTCCGCCTCACGCTGCTTACACTTCTGGTATGGTGGCTGCCATGGCAACAGCAACAATTTCGCCTCGGAGGAGGAATGCCAGAAGATGTGCCTGAGATCAGAACTAAGGCAGCGGGACCAGGCACATGTTTTGTCTTTGCAGCACGGTAGACGGCGTTTCCCTGCACACGTCCAGCTCAGCTCTAGTGGAGCACACCGTGCACAGCGTGCTCACCAGCCGGCCTCCAATGCCATGCAGCAGAGCAACCCGGCTGCCAG
Seq A exon
GTAAGATTCTCCAGCTTGCCTAGGATTGCTCTACTCCTCTTCCAGGCCCAAGTTCTCTTCTGCTGCCTGCTCTTCACTCCCTGCAGAAAAGCCAAGAAAGGAGCCTGCCGGCCATGCACAGAGACTTACATAGGCATGTTAGATGCTTATGCTTTTTACATGCACAAAGCTAGTGATCGCTTCACTAACAGAGTTCAGCATATGCACACACAGGATCCAAAATTAATTGCGCAACATCTGCTTATTTGCCAGTTTAAATATCACCCTACTGAAAAATCCAGCTTAAACCAGCCTAGGCTGGTTGGCTGGTTTTAGCTGGTTGACCAGCCTGGTTTTAGAGGGGTTTTGGCCATTTCCAGGCATTTCCATACCCAGCAGGTTTCCAGGTATTTCCAGCCTGGTCTTAGCTGGTCACGCTGGAAAATGACCAGCTAAATCCAGCTAAAACCAGATTGACCTGCCTGGTTTAAGCTGGACATAGCTGGTTTTGGCTGGGCTCCCAGCTTGGCTAGGCTGGTCAAGCTTGTTTTAGCTGGTCGTCTCCCAGCCTGACCAGCTAAGACCAGGCTGGAAATGGCCAAAACCACTCTAAAACTGGCCTGGTCGACCAGCTAAAACCAGCCAACCATCCTAGGCTGGTTTAAGCTGTTTTTTTAGTAGGGCGTAAATATTTCCTGCTGACCATGAAGGTCTGATTCGATTATTGTTAGGATTATTTCTGAACTTTTGTCCTAATAACACAAGTAATACTGGCCTCTCAGTACAACTGCAGCACTCAAAAAGATACTTGAAGACACATCCTCATATTTTAGTTTTGGATGTGAGGACTATTTGGGGTTATTTGGAGCATTCTCAATAAATGCATGGTGGTAAAATCTCATTAGCTATATTTCCATTCAAGGTAAAGTTATGTGGAATATCGCATAAAACATTTGTGAATAAGGCAGCGTTTCCATCCAATGAGTCAAAGTGAACAAAATCTTCACTTCCTGATAAACTAGTGCCAAATTTCAGACAGAAAATTGTAGTTTAGCGCGGTAGGAGTGGCCACTGTGGGCCTTTTTGCTTCTGATATAAATTACTTGCACCTCAGAAGACGAAATGTAATGAACGCGCTGTGATTTTTAGAGGCATGAGATGCTCCTTGGGGGTGCAGACAGATACTCAAGACAGTTCTGGAAGGGAATATTATTCATTTATTCACTTTCTTCTCTGCTTAGTCCCTTTATTCATCAGGGGTCGCCACGGTGGAATGAACCGCCAACTAATCCAGCATATGTTTTACGCAGTGGATGCCCTTCCAGACGCAACCTATCACTGGGAAACATCCAAACACACTCATTCACACACATACGCTAGTCAATTTAGCTTACCCAATTCACCTGTACTGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGTACCCGGAGGAAACCCACAGGAACACGGGAAGACTTTACACAGAAATGCCAGTTGATCCAGCCGGGGCTGGGAATAATAATATTATAATAATAATAATAATACTGAACCACTGTCATGATGGACTGGTGGCTGAGGGATTTTGGAAATGAGCAAACCAAAATTTCTGATATTTTACAATGTGCTGGAAACGCTGCAACGTCCATTGATGAGTTCCATCTCGTACATTATTATCATGTTAAAACAAAATCACATGACTGTTTTGATGCACATGCAGGAATTTATTCAGTAAATGTGTTTCCATTAAAGTTTACGTGCAATATTTTCATAGTTTTGTGCATTTTCAAAATGTATGAAATGAAGTCTTCCAAATTGCACATGAAAACAGGTGAATGGAAATATAGCTATAGTCTGTATGTCTTCGATTGGAGTTTGACTACATTTAATTGGTGTGTCAAACTATGATTCTTAAAGTTTTACATAAATAAGGTGTAATATTGTTTAGGTTTTTTAAAAGTTACTGACCAGCCAGCATCAGAGTTAATTTTGGACCCTGTGCAAACTCACACACACACACATAAAACACACTTGTCGGGCAGTTCTGTTGTATTGTGATGTCATTTGATGATTTAGGACTTGCCTCACGCTTCTTAATCATACTAATCTACTGCATCAACAAACCCTCACACACTCCCTGTATTTTAGTCCACTCCCCTCACTGATGTGTGTTGGACATTGCTGTGCTTTGGGCCTGGATTATTTCCCCCGACGCAGACTGTTAATCTAATTTTTCTGTTGCTTTTGGTGTTTTTTTGTTGTTGTTAGTTTTAATTTACCACTCCATCCCATCTCACACCAAGATCTGTATGTGCTACATGATTTCACTAATAAAATCTGCTGTGGGGTCCTAATCATTCCCTTTGTGCTTCTCCCAAGTTCTTACAACACAGCTATAGGATTATACAAGTGTGTTGTAGATATGTAGATATGTAGATCGTGCAGATTCGCACTCTATAACATCAGAAAGATCCGACCCTTCTTATCTGAACATGCAGCTCAACTCCTTGTTCAAGCTCTTGTTCTCTCCAAACTGGATTATTGCAACTCTCTACTGGCTGGGCTTCCAGCTAGCTCTATCAAGCCTCTTCAACTGCTCCAGAACACAGCAGCACGAGTGGTCTTCAATGAACCTAAATGAGCACATGTCACTCCGCTGCTAGTCCGTTTGCACTGGCTGCCAGTTGCTGCTCGCAACAAATTCAAAGCTCTGATGTTTGCCTACAAAGTGACTTCTGGCCTTGCTCCTTCTTATCTGCTCACACTCCTGCAGATCTATGTGCCCTCCAGAAACTTGCGTTCTGTGAATGAACATCGCCTCGTGGTTCCATCCCAAAGAGGGAAAAAATCACTTTCGCGAACGCTCACGCTCAATCTGCCCAGTTGGTGGAATGAACTCCCTAACTGCATCAGAACAGCAGAGTCACTCGCTGTCTTCAAGAAACGACTAAAAACTCAACTATTTAGTCTCCACTTCAATTCCTAATCTGCAATTGCCTCTCTGAATATCACACTAACTGTAACAAACAAAAAAAAAACTACTACTAATACTTCCCTTCTTAGACTTTACAGACCTGAAACTTGCCTATAGTACTTATTCATTGTTGCTCTTAGTTGTGTAAATTGCTTCCTTGTCCTCATTTGTAAGTCGCTTTGGATAAAAGCGTCTGCTAAATGACTAAATGTAAATGTAAATGTAGGACACAATGTTGTAGAAAGGGACTATATGCTCCTATATAAAATAGTTTTTGTTCTTTACTTATTAGTTAAAGGATGTTCAAAATAGCTTCGCAGCACTATTCTGTCAGCAAACATCCCGGATCTGCCTACCAGAGGTTGTTTGATGGGTCTTTACCTTTGAATTTCAAGATTTTTGGCTAAAATCGAGTCACAACAATTAATTTTGGTAATTTGCTTGTTGGGTATACTAGTTCCAGTCTGATTGTTGTGATTTTTGTTATTGGTTATTGGTCAACATCATTGTTTTTTCTGTAATAAGGTTTCAATCAACCAATAAGATTTTAACTTTAGGGTTGACAGTGGGGCCTGAACAACATAGACATCAACTAATACATGTTCCCGGGACAACAATGTGAAAGCAATTTAATTGATTTCCTCATCTAAGGAAATCTTATGATTAGTGACCCCCGAAATTTAATTATGAAATTAATTTGTCGCCCTCATACTGTTTCGAGACCTTTGTTCATCTTCAAAACACAAATGATATATTCCTTCAGCTTTTCTGGGGGAATTTCGAGGCGTTCCCAGGCCAGACGAGAGATAGTACCTTCAGTGTGTCCTGGGTCTTCCCCGAGGTATACTCCTGTTGGGACATGCTTGGAACACCTCATTAGGTAGGCGTCCAGGAGGCTTCCTGAAACAGATGCCTGAGCCACCTCAGCTGATTTCTCACGGTGTGGAGGAGCAGCGGCTCTACTTTGAGTTCCTCCCGGGTGTCAGAGCTCCTCACCCTTATCCACAAGAGTGTGCTCTGCCACCTTGTGAAGGAAACTCATTTCAGGCGCTTGTATCCAAGATCTTGCCCTTTCGGTCATGACCTAAACCTCATGACCATAGGTAAGAGTAGGAACGTAGATTGACCAGTAAATCGAGAGCTTTTCCTTTCGGCTCAGCTCCTTCTTTAACACAACAGACCAGTACATCAACCGTTCGGCCGCTGCACCAATCTGTCTGTTAATCTCATGTTTCATCCTTCCCTCACTCGTGAACAAAACACCAAGATACTTTAGCTATTCCACCTGGGGTAAAGACTTTCCTCTAACCTGGAGATGGCAAGCCAACTTTTGTCAGTGGAGCACCATGGCTTAGACTTGGAGGTGCTGATTCTCATCCCAGCCGCATCACACTCGGCAACAAACCGCCCCAGTGCATGCTGGAAGTCCAACAGAACAACATCATCTGAGAATAACAGAGAAGAAATCATGTGGTCCCCGAAACAAACCCCCTTCGGCCCAATGATGCGTTCACACCAGACGCGGAACGCACGTAAAGCACGAGTGATTCACATGTTAAGTCAATGCAAACGCATAAATAGACATCCTGCGGCACGGTACGTGCGAATGGTGCGATACGCACAAATAGCGCGGTGCAAATTGAGTCAACATCCTTGGTCGAATATCTGAACTTCAGCGGACATTCGCGCCGAGTTAACCAATCAGGAGCTTGCTCTTGTGGGGGCGTGATTGTGGCGGATTTGATGAGCGAATGAAGCGGGGATTGACGCGCAAATGAAAAGAGTAAACTCAAATGATCACGTGACTATATTTATGCGCGAATAACGCGATTTGTCTGCGCATTCCGCGTCTGGTGTGAACAAAGCATTAGGCTGGGCTTAGAAATTCTGTCCATAAAAAATTCTGAACAGAATTGGTGGCAAAGGACAACCCTGCAGGAGTCTTATTGCCGATAATGCGAACCAAACTCCTGCTCTGTTCATACAGGGTTCAGACAGCCCTTAACAGAGCACCTCTGACCCCATATTCCCAGAGCACCCCTGAGAGAACG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Seq C2 exon
TTGGACGGCTGAAGGTGTGAGTATAGACAAGACGGATCCCTCCACGGTGGAGGGGCTGGTTGGTCAGCGGGTGGTGCTGCCCTGCAGGGTGACCCCACCACCCTCCTCCGCTGTACTTGTGGAGTGGAGGCGTGATGGTGTCCCTGTCGATCCCACTAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000027867:ENSDART00000154532:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.363 A=NA C2=0.634
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0001418=Kunitz_BPTI=WD(100=46.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]