DreINT0111796 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000051915 | pde5ab
Description
phosphodiesterase 5A, cGMP-specific, b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060824-4]
Coordinates
chr7:57271968-57276980:+
Coord C1 exon
chr7:57271968-57272052
Coord A exon
chr7:57272053-57276804
Coord C2 exon
chr7:57276805-57276980
Length
4752 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTATGT
5' ss Score
7.76
3' ss Seq
GTTTTGGTCTCTGAATGTAGGCG
3' ss Score
5.68
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTGAAGATCCACAGTCCACGAACTGTCAAATCAAAAGTCTGCTGTGCACACCAATAAGGAATGGGAAGAAAGACAAAGTAATAG
Seq A exon
GTATGTGTGATGTCCATTATAAAATAACACAATAAAATACACATTAATGGTTCGTATTAATACAAAAGAGTAGAACTATTGTTTTTAGGGGACAGAACATCAAAATGACTTAAGCCAATTAATATCCTTTTAGCAAGAACTCAACCCCTATCTTTTATTTTACTCAGAATGCATCAAAATAGTTAATAGGTTGTTTTTAATCTTGTGGTTCTGGTGACGCACGAAATTCAGATGGAGGGCAGGAAGAAAAAAAAAATGAATGGGACACATAGAGCAAAGTCCATATTTTTGAGATTTATACCATATTTGAAAGTACAGTAAATATAAATAGATAATAGTCACAATGTTGGGTATGATCTTTATATTATGGAGAGGGACGATTTTTCTCCTAAACTAAAATATATTTGCCTGTCATCAAGGGGGTAGATACTGTATAAGCCAACCCAGGCTCATTCTGAAAACGTAGTCCCATGGACGTTTCTGGAGACTGCAAAATACATCCCGAGAGGTATGTATTTTTGCAGTTTTTGTTTTCGCGTAAACCCACTAGAGGCCGCTGTCGACCGACTGAATGATTGACTGGGCGACCGTCTGAATTGACCGACCCACCCTCCTCCTTCCATAAATCCAACCAATTTTACAGATTGACCCGCCCGCCCGCTTATTTCCCTTAACCCAACCGACGGTTTACAAAAGCCGATCAGAAAAAGAAAAGTCCTCATCTGCTTTTTACCACTTTTTTGAATTTTACCACATTCTCACCCTGTTGTTCACTTGTTCATTTTAGTTTTTGGATTCTGTTTTTGTCTTACGTGATTTCTCTTCCACCGACTCGAACACGGTCGTCGTCGTCATGGTCAACTCCTCTCTGCGTCTCAAGTCCGCCGACATACACAACAAGCTAACTGGACAAACTGGTTGCGGCAGGAAAGTCCTCCACACAGAGGGCAGCGGTCAACCGGTAGGCACCAAAATGAACGGTGTCATACCGCCCCGTAGCGTTCACTTAAAAAATGAAATGCAGCCATACGTACCTCCGTCTACTTAATTTGCGGTCTCCAGAAACATCCGAATCGTCCAGAAACATCCAGAACATTCAGAATGAGCCTGTGTTGGTATAAGCTATTACGTTACATGTCATAGTAATTATATTGTTGCTGTGGTTCAACACAACTGTAGTAATAAACATATTATTCAATAGGCTTCAGTTTTCTACGCTAGAATTTTACACCATCACAATGCACCACTGTTTACACTAACGTTACAGTATCTATTACAGGTTATCAGTTTACTATACTACTTTATTCTGTATCATTCATTAACAACAAAAAAAAAAAACATATTTATTACAAATTACTATAGTTTTTCCCCCATGCAGATATCTTCCAGACATCCCAAAATAGTAGATGAAAGCACAGAAAAGCGTGGATGTATAGTCTACATTATTTTTTATGTATTTTTAAAAGACTGAAAAGTGCTCCACAATACACAATAATAGCTGTCTAGTTTTTGTCGCAAAGATTGCAATTCTTTTTTGCTGTCAATAAACTTACCATCACCAAACATTCACCGCTGCTGTGCATCTCTATGTTTACATCGGTTGTTTATTTCACCGAAACGTCAGTAAAGGCTTGGATTATAGTAAAACAAGAAGGAGATTTCATTGCAGCGATTAAATGACAGGGTGCATTATTTATATTCTCCTGGATTTTGTATGTGTGGTGGTGTTTGTATATGATTTTATATGACACATTATCTTATTTATACACACAGCTAGGCCTGTATATAATATTTAATGTGCTGTCAAATTAATTATCGCACTCAAATAAAGTTTGTACACATGGATGTATTGAATGAATGTTTATTACAAAGCGCTTTTTCCTCAGTTTTTTAGCCAGTTTTTTTAACTTTCTCCCTTTTATACGCAAAACTTTTTGGAAGTCTATAAATTCTGTGCGGCATTTTTTATTTTGGCCGATTTAAACAATTATAAACAACACAAAACGTAAACATTTTGATGTTCTGATATCGATTCCTATGTTGAAGAATAACTTCCTTCCCTCCATCTCAAATTTTGCGCATCATCAATGATGTCATGTGAAAACAACCAATAGCCCCTTTCACACATACAGACCTTTCCGGAAAATTGGGGAGATACGTCATACGTCAATTTGCATATCACTGGCGTCATCACGTTCTACCGTTTCTGTTTAATAGCCTATTGTTAATAAAGGGGCATTTATAATTGCACTACACTTTATATAAGCATGTTTATTTAACTAAATGTATTGCTGTTTGAATACAGTATGTCATTATAGATGTGTAGTGAATGTGCAGTAATCTCTCATATGTAATAAACTCAAGTTCAGAAACTGTCACTAATATCTGTGATTGTGAACAAGAAAAGAATAAACGGTCCAATTAAATTGTTAAAATAAAGTAGAAGTACATCGTTTTGACTGTACAAAGGGAATACCTTCACACTGCCTGTGCTAAATCATTTGTCGTCGGTACGCAGAGGGGAGATCTACTCTCGGGCTGCAGGTGGGAGAGGCTGCTGTAGAGGACTGACTGGGCCGCCTGTCAGTGCTGTGAGGCGGGGGAGGGGCCGGCAGCATCACACGCAGCTCGTTGAGAAGAGTAGGGACGGTACAGTATGGACAAATGACAGTCTAAAAAAAATCTCCAATAACACAAAAAAAAGTCGCTAGATTTGTCGCTAAGGGGGTCTGAAAAGTCGCTAAATCTAGTGACAAAGTCGCTAAGTTGGCAACATTGGCGGCAAGCAATCAGAATTAAGTAGTCCACCACTTGAGAGGTGTTCAGAGAACACAGACGTGTGAACTTTGGTTCCGACCACAGTTGTTCCCAAGAGTTTGATTATTGCGTTCGCCGGTGGATTTTTAATTATTGAAAATCACGACGACGCGGGGCCCCCTAATCACGCAGGGCCCCCCCGCGGTGCGTGCCCTGCGGGCCCGTCCGCTACGCCACTGCTTCAAGCTTTGTATGCGCCTATGAGCGCCTGCACACGCACATATTATGAACATCTCGACATGCGAAAGTGATCCTGCGAAAGTTGTTCACAATATTGATCATCCACAGAGTTTGTAATTTAGTCAAATGTTTACAAATACAAGCGCAGCCGTTTAAAGCTCATTTGTGGTGAATGATGTCAGAATTTACCGGTATTTTGGAATGGATGTGTGAATGCTCTTTTCCGGAAAATTTCCGTAACGTCCTCGCCTGTGTGAACAGCGCTTTTTTCAATATACCGGTAAAGTCGTTCCGGAAATTTTCCAGAAATTTACCGGTATCACTGTGTGAAAGGGGCTTATATATAATGCATAATTTATTTGACAATATTCTTATCAGTCTGCATTTGTCAGGTGTTTTTTTTTTTGTTGTTTTGCTGCTGATATTGATTTCTCAGCAGTTATCTCCATCATGGTGCTGGTCAAATATAAGTTTAATCCACAATGCGCATAGACATTGCTTACTACACTCAGAGGGATGCGCAGCAGCACACAAACATCTTTAACCCTATAGTGGCCCAGGAAAAAAAAAACACAGGTTTCATTTACAGACCAATGACATAGGGAAATGTGAATTTTTTTATGATAAACTGTATAAAACTTTGTATTTTTTTAAAAGTTACTTCTTAATTTCGCACTTATGCAGTGTTTGTGTGGATATTTTTAATCCATTTATTACTGCTTTCCTGTAATAAATAAGTAATAAAATACTTATTAATGGTTCATAATAAAACAAAGAGTAAAACTATTTTCCATATTTTTTGGAGGTTAATAAATAACCTTCTAACAAACTCAAAACCCACCTTGTATTTTATACAAAATTCATCAATATAGTAAATTATAGTTCAATAAATTAATTGTAAATTAAGTTACATATAAAATATAATTTGACAGTCAGTTTTGCTGCTGATATGGATTAACCAGCAGTGATCTTCATCATGGTGCTGGTTAAATACAAGTGCCAGATCAATAAAAGGAGATCAAGCTTACTGAACCACTTGTGATGAAAATAAAGCCAAGATTCTTTTTAGTTGATTATCTCCTTTTATCTGCCTCTATGCATAATTGAGGTTAATTAAATCGTGACTGATAAACCATGTAATTATCTCAACCTTAAAGGATCAATGGAGAATGTAATTTATTCACTCATGCTTGTTCCAAACCCTTATAGATTTCATTCTTTTCTATAATACAAACTGAGTTTTAGGAAAATGCCCTTGTGATTTTGGTCCCTGTGTAATTAAAGTAAATCACTGGCATCAGGTTAAAACATAGGTCTCAAACTACATTCCTGGAGGGCTGCAGCTCTGCACAGTTTTTCTCCAATCCTAATCAAACACAGCTGATTCAACTAATCAAGGTGTTTAAGACTACTAGAGACTATTAAGCAGGTGTGAGTTGGAGGTTGTTGGAGATAAACTAGCTGCAACCTTTCAGCAATTGAATTTGAGACCCTTGGGCCATAAGAAGCATACCACAAACATCTAAGAGTTTATAATATTAAGGATGAGAATATAGTGACCAAAATATGATTTGATTGTATATTTTCCTTCGAAATTTGAACACGATGAACGGTTTAACATGGATAAATTGTTATTGTTGTTTATTTATTTTTTATTTTTTTATAAACCACCACATAAAAGACTCCACTATTAGACACACTAGAGCTATTTTTAAAAGTTGCTTTGTTCCTTTGTGTTTTGGTCTCTGAATGTAG
Seq C2 exon
GCGTCTGCCAGTTAGTCAATAAGATGGATGAAGCTTCAGGGGAGGTGAAAGCCTTTAATAGGAATGATGAGCAGTTTCTAGAGGCCTTTGCAGTCTTCTGTGGCCTGGGCATCCAGAACACACAGATGTATGAAGCAGTGGAAAGAGCAATGGCCAAGCAAGAGGTCACACTTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000051915:ENSDART00000138188:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0159021=GAF=FE(17.8=100)
A:
NA
C2:
PF0159021=GAF=PD(23.6=62.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]