DreINT0112378 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000023989 | pef1
Description
penta-EF-hand domain containing 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040801-259]
Coordinates
chr19:37535210-37540469:+
Coord C1 exon
chr19:37535210-37535471
Coord A exon
chr19:37535472-37540313
Coord C2 exon
chr19:37540314-37540469
Length
4842 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGA
5' ss Score
5.94
3' ss Seq
TCTTTATCCCTCTATTGCAGGTA
3' ss Score
11.4
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTTATTCGGGACCAGGGGGTAATGCTCCCCAGTGGCAGCAGCCTCCAAGGGCACCATATGCAGGTGGTCCTGCTGCTGGACAGTATGGTTCACCTTATGGCAGTGCCCCTCCAGGGCAACAGTATGGAGGAGGGTCTCCATATGGATCTTATGGTCAACCTGGTCCAAGAGCACCATACGGAGGGGGTCAAGCTCCAGGGGGTCCATACGGAGGTTATGGACAACCTCAAGGAGGACCATACCGTCAGCAGGGATCAGCAG
Seq A exon
GTTAGACATGTGTAACTCTACTGTGTTTTAGTTGGGCTAAGTATTATATAGGTATCATATATATATACTACTAAATTATTCCTGTTTGCATATTTGTGTGGTTCCATTGGCCCTAAAAAATATTCTTAAGCTAAACTTGAATTGATGATATAAAATATAATTAAGCGTTTAAAATGCAAACAATGTGCATGGCTTGCATTATGATCATTGTATTTTTATTAATATGTCAACAGTAGTCAACATTTAAAATTAAAAAATAAAAAGTATCAAAGTTGCCCTAAAACTACTGGACAATATCCACTCTTGACTTAGGACAGTATTGAAATATTCATTTGGCCCACTTTTAATGTAGACTACTGTATTTAGCATTACCCGGTATAGACGATTGAAACAAAAGCATTGTAAGATCTGTAGGTAAAAACTCAATATTTTCAGCAGAACTTTTAAAGTGAATTGATATAAATAAAAACACATATTCATCTTGCTAACCTGCCTTTGAAAAGTAAATGATCACGTAACAGAATGCAAAATCCAATAAAAAGCTGAATATGAACTTGTGAAAAGGTTGTTATATTTGTAAGAATATTTAAGAGTATTCATTCATACCGTTTGTACTCAAAATCAGTAGAAAATTATGCTCTTGTCCTTTATAGCCAGTAGAATAACAAAACATTGAGCAAAGCTATAACAAAGTCTACACAACACAGCATTTTATTTTAAGTCAAAATACCACCTCACTCTGTTTTCTATGCAAGTTTTTCTGAAACTGCCATGAGTCATCACTCAAGCAATGAGAAAATGAAACAGGTTAATCAAAGGGGTAAAATAAAATATAGTTTTGTGCTCCAATAATACACTTTTTAGACTAATTTCTTGTCTATGAAGGGACAATAATCTTAATAATCAAACATGCATAATCTGACACAGTGACCATTGTAACAGACACAAACAGTGTAGTTTTAAACCTGGAAAAAAGCTTTTAAGTGTCTTTTAACAGCCACAACCTTTAGAAATGTAATCTATATTATTTTAATTTAGAATCTTTTAATTAATACATTTAACTCCTATTTCAAATCAAATCACTTTTATTGTCACATCATCAGCCACACACGTACTATGATGAGTGAAAAGCTTAGGTGCTGGCTCTAAAATACAGACAATGCAAAATACAACAACATACTCCAAAAAACAATACAATATGCATTATTTTAAATTATACAATATATTTATATAGTATACAATATATTTATCTACAAAATATTTTTACAACATACATTATTAAAACAATATACAACATTTTACTTGCAATAATGAATAGATTATCCAAAAATGAAAATTGTCATCATTTAATCACATTACTTGATTTGTTCCATACCACTTTTGAGGTTTTTTTTTTTCGTCTTCTTTTTTTTTTAGCACAAAACAAGATATATGGAAGAATGTTTGAAACATGTAACCATTGGCTTCCATAGTGAGAAAAATGGTCACACTTTACAATAAGGTTTCATTAGTTAATGTTCTTACTAACATAAACTAATAATGAAGAGTACTTGTGCAGCATTTATTAATCATAGTTCAGCATTTCCTAATGCATTATTAACGTATAATGTGTATTTACATCCAAATCCATGCTTGTTAACATGAAAGCACTGTGAGTTAATATGAACTAACAATGAATAATTGCACAAATCCCCTTACTGTAAAACACATTTTATTGCACTGTCCTACTTTAATGATAAGGCTTTTTTATGAAATTAACTTTCTTAAGGACATTTTTAACAAAGTGACACCTGGATCAATTTTAGACTTTTTATCATGTATTAACGCTAAAAATCGTATTTAATTTATGTATTTATGTGTTTGCTGGTTTTTATTGTTTATTAATTATTGAGATTTTCTTGCCATGAAAATAGCTTTTGTTGCTGACATGCCATTAAATAAAAATTTCATTACACTACATTAACTTTATTTCCTTTAACTAACCTTAAAAATGGGATTAAATATCGTAATTAATGCATTGTTTGTTTTTTGTTCGCGTTAGTAAATACATCAACTAACATTAATTAATACAGCCTTATTGTAAAGTGTAACTAGAAAAACAAATACTATGGGAATTAATGGTTATTAGTTGTCAACGTTATTTAATATATCTTTTTTTGTGTTGACTTGAAAGAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATGTGTATATATATATGTGTATATATATATAATTTTTTTTTATTTTATTTTTATTTTTTTACTGGTTTGGAACAAATAAATAGTGTGCAAATGATGACATCAATTTAATATGTAAACTATCCCTTTTATTATACAATAAACATTCCTAAATAGGATCTGATAGGAATATATACTAGGAATGTGGTTTGCAATCTATCACTTTTAACCGAATGTTTTCCACAGCTTCATACATCTGCAAATGCAGCGTAATAGATGTTGCTCCAGCTTGTGAATTTTTCAGCGTGGTCTCAGGAGTGGTCGGCAGCAGCTCTAGGCTGCTTTGACTGATGATGTCTGAGTGTCAGGGTTGGCAGCTAAGACACCGCGAGCCGCTGCTGTTCCATCAGGCATGCAGTGGCCGAGGGCTGTGAATAAAAGACGAAAGATCGGAATTTATGAAGGCGCTGCAGACAAGGTCCTTGATCCTCCTGCTCTGCAGCTGTGTCATATGCCCCTCACAAATGACTGATGCTGATACACCACAGGATGGCACAAGCATCTTGTACTGATCTGGTACAGAACGTGCCCAGGGGAGAATTAGAGTGATGAGTGTGGTAATAATTCCGAGAGAAAAGGTTCGTGCGGTTGTCTCTGCCTGCGTTTAAGTCCATAAGTATTCTATAATGTCCTGTGGGAATGGCTGTCAGATTCGAAGACTGTCCTCTGAACAGTGCTTATTCCTCCCGAGGGATACAGTGACCGTCTGCGCTTCACCAAATTGCACAACTTATTCTTGTCCCTCTTGGGACCGAGACGACATATCACTGACAGCATAGGCTTGCTCATGTTCAACCCATTTCCAATGTTTTTTTTTTTTTTTTCTCAAACATGACCTGTAGGACTGCTTGTCCTCATCATCATTCTGCTCATTTTTCAAAGTAATGAACAATTTCTTTTGCACATTTATGCATATGCTGTATCTTAAACAGCTCTATTCAATACATAAGAGATGTCATGTGAGTATAAATGAGCTAATTTAGTTTCTGCTGTATACACTAGGGTTATTTTTAATTTCAAACTAATGTTCTGTCTGTCATTTATAATTTGTTTTTGTTTAGTTTGTTGAAATATAGTAGTTTAGTATTTAAATTAATAACTAAAACTAAAAATACCTATATAAAATAATTAACTATATAGACATATTCAACCAAAATGTAAATAAAAAGAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAGACTACAATATATTTTTTCAAATTTAAATTTAAATGCAGACTAGTTAATTCAAATAAATATTAAAATAGTACTATGTTAAACTAACACTGTCGTACACTAATGTGCTTCAGTTCAAAACACCTGAAAGTCCCCTCAAATTCAAACAATTAAAATATAAATGAATATTAATCAAATTAATAATTATCATTTCAAACCACTCTTTCTTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTGTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTAACTTATTCCAACTCCAACTCCGACTTATTATAAATATTTAAAAAAGGGGTAAAATAATTGCCCTTTAGGTTAAACTGTCTATAAACTAAAAAATATTAGGTATATCCCAAATCGCATGCTAATGCAGTTCTGTACCATTTTGTAGTATAATAGTGTAAGTAGTGCATTCACACTGTAAACTTTAAAAATAATAGGTGTACTTTAAATTCACAGATGATGTACCATTAAAATGAAGTGTGAAATACTCAAAGACCACTGCTTTGCTTATGTAGTGAAAGTGGTGGAGCTTATATATTTTGGATTGAGAGATCTAGATTCTCCTACAAGAGTGATTATACCACATCCTGATGGTGAATGCAGCTATACTCATGGCAGGTATTATTTGGTAGTTTGGTCATTTTTTTCACAAATTTGGCAACTGTCAAACGTCATCAGGAAAACTGTTTATATTTCCGCTTAGCAAAAGCCATTAGTGTTTCATTTGAGACGAAACTACTTGCATATACTATGCTTTTGAGTGCGTAAGTGCATAGTGTGCCATTTGGGGCGCATTTAATGATTCTTGAAGTAATAAAGTATCAGTAGTAGTATGTTAATATTCTAAAATGAAAGAAAATGGTTTCATTAATTCAATTTAAAAGTTTTGAATGGACTAATTTAAATTAATATATAAAAATGAGTCAGACTCACTAATGTAGTCCTGTTTTGGTTTCATAAATTCAATTTAAAATTTGTGAACTAACTAATTTGCCCTAAATTAATGAATAAAAATGAATCAGACTTACTAATGTATTCCTTTTTTGGTTTTATTAATTCAATTTAAAAGTTTTGAATGGGGCGCAATAGGTAGTGTTGTCGCCTTACTGCAAGGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAACATGTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCACTGTGGCGACCCCAGATTATTAAAGGGACTAAGCTGAAAAGAAAATGAATGAATGAATGATTTTTGATTTACCTTAAATGAATGAATAAAAATGACTCAGACTCACTTACATAGTCTTTCTTTATCCCTCTATTGCAG
Seq C2 exon
GTAACGTTCCACCCGGTGTGAACCCTGAAGCCTACCAGTGGTTTTCAACAGTGGATTCAGACCAGAGTGGCTACATTAATGCAAAAGAGCTGAAGCAGGCACTCATGAACTTCAACAACTCCTCTTTCAATGACGAAACCTGCATTATGATGCTCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000023989:ENSDART00000032341:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.208
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134991=EF-hand_7=PU(4.0=3.4)
A:
NA
C2:
PF134991=EF-hand_7=FE(69.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]