DreINT0114617 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000055591 | pipox
Description
pipecolic acid oxidase [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110627-2]
Coordinates
chr15:24231965-24236524:-
Coord C1 exon
chr15:24236311-24236524
Coord A exon
chr15:24232148-24236310
Coord C2 exon
chr15:24231965-24232147
Length
4163 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGC
5' ss Score
4.9
3' ss Seq
AATGTGTGTGTGTTGTTCAGAGG
3' ss Score
6.69
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGCACTGGTCTACTGGTTATGGGGCCAGAGAAATCAGAGGGCTTCTCAAAGCTGAAGGACACGATGCAGAGGCACAAGATTCCTACAGTGTTTCTGGAGAAGCAGGAGTTTAATGAGCATATTTCCAATGTCAATCTCTCTGAAGGGAATGGGGCGCTGATTGACACCTTCGCAGGGGTGCTATATGCCGAAAGATCCCTCCAAGCTGTGCAG
Seq A exon
GTTAGCTGATTTTATACATTGATGTGTAAAACATTTAAGGTTAGTTTGATTCTTTACTTTTTTATTGAAAGGAGTTGAAAGGGATAGTTCATACAAAACAGACAATGAATGCTGTCATCATTAGGCATGGGCTGGTATAAGATGAGGCATGGTATTGCTGAAAATTTTGGTGGTTTCGAAATCTTGACCTTTCCAAACCATGGTATACCTTGAAAACAGTTATCGTCCCATGCCTAGTCATAATTTACTTAAACTTAATTTGTCACAATCCTGTTTGAGTTTCCTTTCTCTGCTGAACAAAGGTAGATCCTTTGAAGAAACATGGAAACCATTGACTTCAATAGTATTTGTTTTTCTTACTATGGTAGTCTGGTTGTCAAGCGAGTGGTTACTGGTTTGCAGCCTCCTTCAGAATATCTTCTTTTAGGTTCAGCAGGAAAAAAAAACACTTAAGCATGTGTAAATAGTTTTTGGTTAATTTTTTGTTGAATTTTTGGGTTAATTTTTACTTTTAAGGTTGATGATGCTTTGGAATTTATTTTCATTGAATAATATTTTTTTAAAAAAGTTTAAGAAAATGATTTTAGAAATTTAGAAATATTCAGCAAAACAAATTTTGACAAATAATTTATCATAACATTGGCTGCTACTAATTCAGATTTGTCAATACAGAATTAAATGTAATATGTATAAATCCGGTGACATGGTGGCGCAGTATGCTGTCACCTCACAGCAAAAAGGTTGCTTGTTCAAGCCCCGGCTGGGTCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCATGTTCGCGTTGGTTCCTCCAGGTGCTCTGCTTTCCCCCACAACCCAAAGACATGTGGTAAAGGTGAATTGGTTAGGCTGAATTGTCCATAGTGTATGAGTGTGAATGATGAGTGTGTATGGATGTTTCCCAGAGAGATGGGTTGCAACTGGAAGGGCATCCGCTGCATATGCTGAAACATAAGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTGTGCTGTGGTGACCCCAGATTAATAAAGGGACTAAGCCGAAAAGACAATGAATAAATGAATGTATTTAGATCAAATAAATGCAGCCTTTAGTGCACATAAAAAATGTAAAAATCAAAAATCTTTCTATATTCTATCCTTCAAAAATCTGACTATTGAACAGCAATGTTAAATTTAAAAAGGATTTCTCACTTTAGTGAACAAATTTATTAGAAGATTTATGATTATAATTCTGAGGTTTTGTCAAAGTGATGCACATCAACCTTAAAATGTAACAAAAGGTGTAAAAGAGAAAACATTTCTTTTAAATGTTAATAATATTTCTCATGGATCTTATTGATTACTTATTTTTAAGAGGAAGCGTGTTTCAGTGAATCATTTTATTTAAATATTTATCATATATTAAAAAAAGCTCTGGGAGTCTGTTGCACATCAATCTTATATTTAGTCTGGCAGCTTAGAGCTATCAGATGCTCATCTAATTATGTATGCGAAATGAATGTATTTGCAACAGTTCCAAAACCCAGCTTTGGACCGACTTCATCTGTATTACTTTACATTCTCATAGAACTACTAAAATGTATTTTCTCTCAGGACTTTTGGATATCATTTCAAAAGCAGACATTTGAATTGAGACTTTTTTTATGCCAAATATGTGAATTATTTTACATTTTATTTTCTTTAGGATTAGTTCACAAAAAATGAAAATACTGTTATTATTTACTCACCATGTCGTTTTAAACCTATGAGTTCTTTGTACATCTTCAGAACCAAAATTAAGATATTTTGGATGAAATCCGAGAGCTCTCTCATCCTTTATAGACAGCGATTTTGACTTTTAACAATTTTTAAAAAAAAATTTCCAATACCAAATCTACCATGTCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTACTACAGGCAGTATGTCACATTGTCATTAGATTTACAGCAAACACTCAAGTGTCGTATTGCCTGTAGTAAATGTGCACCATGATCTGACGCGGGCGATATACTGAAGGTGGCACGTCATGTTGATCCTGGAACATCATTTTTTTATTAAAAGTAATTCACACCTTTTTCCTACCCCTAAACCATAACTGTAAATTATTTCCAAAGGAATAATAGTTGGATAACAATCATGTAAAACTGCATAAACCTAATTGTAAGATTAAACTTAACATAAACTGTAAACGTATTTCTTAATTCTGATTGAAATGTTGTCCAGGATCAACATAGATGTTAATCCAGGAACATGTCCAACTTGATGAAAGTGAGGTTGGCAATTGAAGGTGAACCCAGTTGTTGTTTGTTTTAAGTCCACAAAAGTGTTCTTGGAGCTATATATGATTACAGTTGAATCACTGTAGTTCAAGTCACATGGAATGTTTTGAAAATATTTTGGGTTTCTTTTCTAGACCATCATACACCCGGCACAATAAGGCACAAGATGTGTTTGAAGTGATTTGTTTCTATTTTTAGATCAGCACAGCCCTAATTTTCATGTTGTGCACCACGTTGTTTAAAAAGCATCCATTTGCACCACTTTGTGGACTCATGGGTGTTCAAGTCTAAAAAGCATTGTTTGCACGTTGTTATTTTGAGGAACTGACATACAGTAGACCAAAATTCCAGCACAGAGCGCGTTAGTTATGCACCTACGGTCCAAACACTAACACATTGCTTAATACACACAGGATGTACAGCGATACACAAATATCTTTACATATGGAAAAAAAAGAATTAAGGATTAAAATGTTACAAAAAAAGTATCATTTGACTTTTTTCAGTTGATTCATGACAATTTGCATTTGTATAATGTTATTATTAGTAGTAGTATTATTTATTATAAGAATATTTATATTTGTTTTAATAAAAACTGGTTTAGGTTTGTCCACCTGTCGGGTTTTGGAGATGTATGCATTACCATATGGGGCATAACAATTGGATGTGTGTTTGGATATAATTCAATTTTTTTATCATACTTCGTTATTATTGTTCATTTGTTTGCTGAAAATTAAAACTAAATTTAGAAATAGTTTTGAAACAAACTTTGTGCTTAACAAACTAAATTAAATCTGTAAGTCAATGGATGTCTTCAGTGGAGTGCGTACAGCAGTGTTTCCTTATCCACAAAAGTAAAGGAGTAAAGTAAAGAGTAAAAGTAAAATAAAGAGAAAGTAAAGAGCCAGAATGGAGGACGATCGTTTCTTTATTCTTGTGCTGCAGATGGTCGGTTTTACTGTTTTCTTGCTAGTGAAGCGTTCAGTTTTTACTTACAGAATCTGCCATCTAAATAGCAAATGTGCCATGGCGCAACGCAACTGACTCTTAAAAGGAATGTGAGGTGAGACTCTGATTGGTTTAATGCATGTTATGCTCAAAACACAGCCATAACTCATTAAGAGAATAAGCACAACCTTGTTAGACCACGTGCCAGGGCAGAGCGTATTTTCTGTCCTTGTAAAAGTTTGGACACACCTTTAAGTCGTTTGCGTCATGCTCTTTAGACTTTGTGCCTAGATCCTTAAAATAGAGCCCTAAATGTCTAAATGGATGAAGAGGGAGCTCTTGGATTTGATCTAAAACATTTTAATTTGTGTTCGAAAACGAACAAATATGTCAGAAAATTGTATATGAGGGTGAGTAATGAATAACAGATTTTATTTAATTTTTGCTTAAACTAACCCTTTAATTCTATTCAGTTCAATCAATTCAGGAATTTAATAAATGCCTTGCTATGTCAGGCATGTAAACTTTAGTGTCACAACGGCATTGAGCAAAGTTCTTTTTGTACACAACAGTATTTCAGTGTCGCCTTCACCGTGCTTTTTAAAGCTCTACGAGATAAGATAAAGCTGCAAACTAGCTTGTTAAAGGCTCCTTACACCCTATCCAGGGAATATGGCGGTGCACTTTTATACACACTGCCTCTCCGGATTCAATAAGCTCAGCCTACAGCAGCTACAGAGTGCAGTGATAAGCTCCCTGTTGGCTCTGACTAAGGAAACTCTTTCATTATGTGTTGCCCGAATCTGACCAGCTTTTTCCAGTTTTAACTGATCCCCACTGACACGTCAAACTCAGGCGCTGTTAAATTTTAAGCAGGGTGCTCTTATTAGGATGAGATGTTTTGAATGTGTGTGTGTTGTTCAG
Seq C2 exon
AGGCTGTTTCAGTGCAGTGGTGGAGTGCTGAAGGACGGGCAGACAGTGACTGGTGTTTCTCCTGGTGCAGTGGTGACTGTGAGCACCGGCTCTGCTGTGTACAGAGGGAAGAGTGTGGTGATCACAGCAGGACCCTGGGCAAACACACTACTCGCACACGCTGGACTGCAGCTGCCGCTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000055591:ENSDART00000077980:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.042 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0126619=DAO=FE(20.0=100)
A:
NA
C2:
PF0126619=DAO=FE(16.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]