Special

DreINT0115262 @ danRer10

Intron Retention

Gene
Description
plasminogen activator, tissue [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081104-181]
Coordinates
chr8:2225065-2230307:-
Coord C1 exon
chr8:2230173-2230307
Coord A exon
chr8:2225176-2230172
Coord C2 exon
chr8:2225065-2225175
Length
4997 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTAGTAAGT
5' ss Score
8.78
3' ss Seq
GTTTTTCTTGTGTTTTGCAGAAT
3' ss Score
11.24
Exon sequences
Seq C1 exon
AAGCGTGTGTAGACTCTAATTCGGCCGCGGTCAGAGACATTGGTGTGACGTGGCTGCGATGGAAAGGACTGAAAGTCGAGTTCTGCCGCTGTGCGTTAAGAGGAAGAGCTCGCTGTCATGAGGTCCCTGTGACTA
Seq A exon
GTAAGTGACCATACACACACACAGACACACACACATCTACCATAAAGATTATTACAAACACTGATTGCTGTAATGCGTTACAAATAAACTATTTAATGTAATTAAATTAATATTTGAAAATAAATATTTGATGAATATAATTTTTATATATATATATATATATATATACAGCAGTTCTGTCTGGTTTTTTAATCTGATTGGCTGAAAGCTGTACGTCCAGCCTCTTCACCCTTGTGTATTACTTCGCCCACATACAGCAACAAGCAGAGGACACTCTACAGTTTGACAAATATTGCAGCTGTTGGACAACATAATGTAGTTTTGAGGCTTTTTCAGGCGAGAATGTAGTTGTTTGGATTGCAACTATGCAGTTTATTTATAAGAATAGTGCCTGTTTTAAATATTTATATTTTCTCAGAGACAGCGCGTAGGTGGCCGTTAGCCTGTCATTGAGCAGACCTAAGACAGAGAGCGCATAATAAGTCCTTAGAAGATAAAAACTGCGTAATTTCTAACTACAGCTGATCAAATCATTATTAAACTGGTAAATGTCTTTCGATCTCTCTCTTTTGTATGTTGTAGTGCTGTATTTATACCATATAATTGGTGTGAATTGTATTGTTGTTTAGCGTTTTTCCTTATAGCAAGCACAACAGTAATCTGGTAGTGTTTTGCGCTGCTTTGGCTTTTTCGGGGATATTTATTGTGATCTTCCGATTGCAAAAGAGAAATACTGGGAAATCTCTTTAGACTGATGGCATTTCATTAGTCTTAAAATGTGAGCAAAATCAGCTGTTTTGTCATCACTTTAGACATTACGCTAGCGAATCCTTCAAACACTCGCTCTAAAGTGACGTTGGTGAATGAGAAACAGTTTCTGCTGTTCTGTGAACAGCTTAAAATAAGTTATTTTTATTGCTTGTATATGCTTTTCTAGTGGGGGATCGTGAGTTCTTGTCGATCTTACGTAAGGGGTCGCTGGCTTAAAAGTTTGAGAACCACTGGTTTAGACTGTCTGTGTTTGATTTTCTTTTTTATATACACGATTATGCCGTCAAATTGTTGTATAAACGCAATATCTCATGAGTAGCAGTGCGATGTGGCTGGATATCATCACTGGTGGGACACCAAGGCACCACAACGCAAGGCCTCCCACCAGTGCCAATATACAACCACATCGAACTACTACTCATGTGATATTGCTCATTTGAAAAATAATTAAAAAATTGTTATTGCATTTATGTCCAACAAAACATTTTTTATTAAACAGATACATTCATTAAAATAAAAGTTTGGTCACAGAACATCTTCAGAAATAATGCATTTAAATGAAAATGAGTTATTGCAAAAGAAGAATTACAAAATACAACTAAACCTAACTACTTAATTAAACATAACAACTAAATTTTATCTTTTTTTATGTTTCTCTTGATTTCTCCTGTTTGTTAATTTTATTTAGTATTTTTCCCAGTCATATTAATTTGTGACTGCTCATTTTTTTTACTGTAATCTTAAGATTTTTTGTTAAATTTGTTCCAGTTTTGGCTTCAGTACTGTCTAATCTGATGTTTATGCACCAATGGGTAATTGCAAAGGATCCTTTAAAAATATGAATGTAAAAGAGAGATCTGTACTCATTTACAATAGGGGAAATAACTATTGAACACGTTACCATTTTTCTCAGAAAAAACATATTTCTAAAGGTGCCGTTTGCTTTAAATTTTCATCAGATGTTGGTAACAACCAAAGAAATCCGTATATGAAAAGAAAACAAATCTAATTAGTTTACAAATAAAGTTTTGCGTAATAGAATGAAATGACACAGGGAAAAAGTGTCACGGTTCAGTGAAGGGAAAATGGAGCAAGGACCCAAGTGCAGGGTAAATAAGGAATTTATTTAGAATAAAACAAAATAAAAGGCAAAAACAGCAAAACAAACTATCCCGAGGGGAAAAACATTAACAAAACAAATAAACAAACCAAACTAGACAGGGCGGGCTGGCACGGATCATGATGATGATGATGTATGATGACATACAATGACGAACTGGCACAGGACAGCAGACATGAGGGGATTATAAACAGAAATAAATTGACACAAACAGGTGAACATGAGAAAGTAATCATGGGTTAACAAGGAGGGTTTTACTTGACAATAGACAGGAGAGCACATGACACAACGAGATAAAGCCATGCTCTCACATAAAACAAGACTGAACACGCAGCCAAAGAGAGAACTCATTAACCGCGTATTTGTATGACAAGACAAACACAACACTGAAGCACACAACAAAAGCATGTGACCACAATGTAAACACAGAGCCACGTGTCTTGACAAATGACGCAAGACACGAGCACACGATAGGTAAAAGCACCTTAGCGTGCGCTCACACATATGCAACGCGCATGCTTCATCTCAGCGCCAACCAAAAACGAAACCAACTAGACGGAGGCGCCGAGAATGAAGCAGCGCGATGCTGACAGAACAAAACACAAACACTAGAACAAAAGTGTGCGACCGAGCCACGCAGAGCCCTCACAGCCGCATTAAGCGGGAGCGCGCATGCTTTTCACACACCTACGATGGCGCGCGCACACAGAGACAGATACAATGACAGAAACAGGACAAGACAGAGCTAGTGTCCAGACTCTGCCCCCAAAACAAGAATTTACAAGACCAGAGTGGCAGAACCCTGACAAAAAAAATTGAAGAGATGAAAAAAAGGAAGGTGTAGTTCTGCAGTGAAGGCCAAGACTGCAGCTGAAATCTCTTAGTAGTTCTTCAGCAACCCTCTGCCCTTCCTCAGTGTAAATGAACATCAGCTGCTTCAGTCCAACATCTACATTAGCAGGAGGATGAAGATGAAACCAGGGTGCACATTTCAGCAGGACAATGATCCAAAACACAGCCAAGGACACACTCAGATACTTTCAGAGAAAGAAACTCAAGCTCAGCCAATCACCTGATCCGAATCTAACAGAAAATACAGAATAAAGGTCAGATTTGATAGACGAGACCCACAGAACCATTAAGGGCTCTATTTTGACGGTCCATGCGCAAAACGCAGGGCGCAAACTCTTTCAGGGCGTGTCAGAACGCATTTTTGCTAATTTAAGGACTGGAAAATCCGCTTTGTGCCGCGGCGCATGGTCTAAAAGGGTTGAGTTTATTTTCTTAATGAGTTACAGGTGTGTTTTGAGAATAAACCAATTAGAGTCTCATCTCCCATTCCCATTAAGAGTCAGCTGCGTTGCGCCATAAGCGCATTCGCTATTTACAGGACGCAAAGTAAGTCTAAGTGGAAAAAATGAGCATTTCACAAGCAAACAGTTGACAGTTAAGAGTTTTTTAACAGAAAACTGTTAAACAGAGCATCTACTGCGTGAGAATGAGAGATAATGGATCACTTTCACTTTCGCTCTTGGATAGGGAAACCTTTACGCACAGACATCAATTAGTCTATAAATAATTAATTGCGTTTGTTAAGCGCAAATATTCGTTTCAAAACTATTTCTAAATTCAGTTCTAATTTCCAGCAAACGAATAAATGAACAATAATGACCAAGTGTGCTCAAAATACTGAGTTATATCCTAATACACATGCTGTGCCCCATATGGTCTAAAACCTGACAGGTGGGCAAATCTAAGCTTGTTTTTAATAAAACAAATATAAATATGGATATAATAAATAATACTGCTAATAATAATAACATTATACAAAAGCAAATTGTTATGAATGAACTGAAAAAGCCTCCCGAGATGTAGAAGACATAAAAGCAGTGATTTTTCATATTTATGTAGGCTAGAAAATAATATGTTTTGTAATAATTTAATCCTTTATATTTATATCCTATATCTATTCTTATTATATCCTGTATATATCCTTAATATTTACATTTTTTCATATGTAAAGATATTTGCCTATTGCTCTCTTGTGCGTATTAAGCAGTGTGTAAGCGAGGCGCAACTCTGCGCTGGAGTTTAGACCGGGTTAGTTTTGGTCTAATGAAAAATCTACTATAGTTTCTCAAAATAGCAACGCGCCAGCGGTCCGCCTCAGAACGCCTTCAGAACCACAACGCCTACATGCGCACAATTGAGCGCTAATGCATTTGCTAGTCAAACAGCGTAGCGCAACGCCTCAAAACGACTCTTGCGCCAAGCTGAAACTACCAAAAGACTATTGCGCCGCGTCTTGCGCCACACTGCCCCGGGTGTATGATAGGGCCCTATGATTCTGACACTCTGTTGATGTCTGTGAGAAACTCACACCTGAACAATGCATGTGACTTCATTCTCCATAATAGAGGTGTCTTTAAGCTGCACCAAAACAGCCTTTGAGATGAAGTATTAGATACGCTTCAGTAGTTCTGTGCTTTCCCGTTCTGTCGTTTCACTTTTAGTACACAGAATTTTTTTTTATGTTTGTATTGTTTGAGTTTTTACCAAAATCTGCTTTAATTCCATGTCAACAGCTCCTTTAAAGATATTACTCCCAGGAAAAAAACATGACAATGCATGCAATACTTATTTTCCCTGCTGTATGCTGAGCTCTGTCTAATATATATGTGTCTTTATTGTGTGTTTATTGGTAGAAACACATTTGTGCAGCACCACCTGTTTTTCATTCCTCCTCATGAGCCACTTTCTGAAGCAGATCCAGAATATTTGCTCTGAATATGTCACGGAAAAATTACTGGAATTAAAAACACATGTCATTTTGAGTTACAACACTGTATTACTACCATTAAAATTTGACCACAATTTATTGATCCGCATGCTGTAAAACTTGTTCTATTCCTAATAATAAAGTGATGTAATAATCATTATGCAAACCGCTTTACACCCAATTAATTATGCTTACACTATTTTAGGTCAACTACCTAAATATTTGGTTTGACCACAGCGGTGTCTGACGTCAGTATGTGATTTGCTCATAAACAGTCCTCCGGTTATGAATGCACACGTTTAATTCTGTTTTTCTTGTGTTTTGCAG
Seq C2 exon
AATGCTTCGTGTCTAAGTGTTATAATGGAGGGACGTGTAAAGAAGCGCTTTACTCCAGTGACTTCATCTGCCAGTGTCCGCCCGGCTTTACAGGCACACAGTGTGAAATCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062707:ENSDART00000147275:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0000822=EGF=WD(100=86.8)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]