DreINT0115267 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062707 | plat
Description
plasminogen activator, tissue [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081104-181]
Coordinates
chr8:2209495-2211707:-
Coord C1 exon
chr8:2211622-2211707
Coord A exon
chr8:2209558-2211621
Coord C2 exon
chr8:2209495-2209557
Length
2064 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCCGTAAGT
5' ss Score
10.11
3' ss Seq
TGTTTGTCTTTCCTCCACAGCGA
3' ss Score
11.55
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACCCAGACGGAGACCTCGGCCCCTGGTGTCACGTCTATAAAGGCTCTCAGCTGACCTGGGAACTGTGTGATGTCCCCCAGTGCC
Seq A exon
GTAAGTGTGTAAAGAGCTGCTATAACTACTGATCAATACACAATGCTAAAAGCCTGAGTCACTGATCCAGTGTTTGGGCTTAGAGAAACAGAATCTGCTCACTTCTGGAAACAATTGTGATTTCACATCTGCTCATGGGCTTTAGATTGCACGTTTTGGGTGAAATCTACCACTTTATGCTGAATCACATGAGCTGGTCATGGCTTATTTGTCTTTCTAAAACTGATGAACTTCTTCTCTTAATTTAGAGCAGATGCCTGAGCAAAATACATCCAAAAACACTTTAAAACAATACTACAGTATAAAACATTTTCTTTTTAGATATACATTTTTTTGTATGTGTTTAGTTTAATCAGTTTTGATTTATTAGTTATTTAAATGTATTATTTATTTGTAGTTTTTATTTATATTTGTTATTTTATTTTATAATTATTCATAATTTTGTATTAATTTATTATTTACTATTAATTAATTTAATAATATAAAATTGTTTATCATTGCGGAATTACATTGATTTGAATCATTTTAATTTATATATATTTTATTGTTATTGTTATTATCATTGTTGTTGCTGTTGTTGTTATTATTATTATTCGTATTATTATTATTATTGTTTACTAATATTATTTATTATTAAATAATGTATTATTAATATTCATTTATTAACAATTCCAGAATTGCATTGATTTGAATCTGGACATCCCCGTATTAGTTTATTATTTATTGATTAAGATCACTTTATTCGGTTTTAAATTGTTATTATTAATCGATTCACTCATATTAATTTATTATTATTCCAGAATTACAATGATTTGAATCTGGACACTCCCTTTTTAATTTATTATTAATTTTATTTATTTATTAAAATCACTTTATTCGGTTTTAAATTATTATTATTAATCGATTCACTAATATTAATTTATTATTATTCCAGAATTACATTGATTTGAATCTAGACACTCCCTTTTTATTTATTATTTATTAATATTTATTTATTAATTATTAATGTATTAATATAGATTATTAACTACAAAATTATACTGATTTGAATCTGAACACTTTTTATTTTATTATTTATTTAATTAATTTAGTAATATAAATTTGATAACAATTCATTTATTGATGTACATTTATGAATGTTTATATGTATGTATATATAAATGATAATATATTTATATATATGTATATATACATTTATAAGCCGTTCCAGAATAAAATTGTCTTGAATCTGGACTTGCCATTTAAGTTTATTATTTATTTTATTATTTATTAATTTATTAATAATAATGTATTAATCCTTTCAGAATTATATTGATTTGAAACTGGACACTGCCCTTTTTTATTTTATTATTTATTTGATTAATTTATTAATACTAATTTATTATGTATGATTAATTAATGCATTCATATTTATGTATCAATATCAATACATTAATAATAAATAATATTAATTTAATATAGATATACAATTTTTACCCATTCGAGAATTGCATTAAATCTGGACCCTCCTTTTTTCTTATTATTTATTTCATTCATCATTTATTCATATTAATTACTTATTAATTTATTTATTCATATTTATTTATTAACCGTTTCACAGTGACATTGATTTGAATCTGGACATTCCTTTTTAGTTTATTATTTATTTTAGTAATTTATTAATATTACTTTGTCAGTTTAATACTTATTGTTAATCAAAGCATTAATATTAATTTTATAATTATTCCTTAATTGCTTTTCCGACATTGCTTTAAACCTGGATCTTTTATTTATTTATTTATTTTTATTAATTTATTAGTATAAATGTATTATTAAATCATTTATAATTATTAATCTATTAACCATTACAGAATATATTATATGGTAAAAATAGACAGTGCTTTGACTCGCTCTGCCTTTGTCACACTGTCAAAAATGTAAGTCTTAAATGCATACACTAAAAGATGTAGACAACATAAATATAACATTTAACCAATGAAGATTTTAAGTCCACCCCGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTTAACCATGTTTGTCTTTCCTCCACAG
Seq C2 exon
CGAGGAAACTTCCATCAATCACCACACTTGGACCACGAGCCCCTGCAACCACTAACAATCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062707:ENSDART00000147275:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.364
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005113=Kringle=PD(34.1=93.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]