DreINT0121666 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000052148 | ptgs1
Description
prostaglandin-endoperoxide synthase 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-020530-1]
Coordinates
chr5:64249437-64255188:+
Coord C1 exon
chr5:64249437-64249520
Coord A exon
chr5:64249521-64254941
Coord C2 exon
chr5:64254942-64255188
Length
5421 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTG
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
TTCTCTGTGGTTTTCTGTAGGTG
3' ss Score
11.46
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGATGCTGGACACATTTATGGAGATTCTCTTGATCGCCAGCTGGAACTGCGGTTGCACAAAGACGGGAAGCTGAAGTACCAG
Seq A exon
GTACTGCTGAGCAGCTCGGAGTCATAAGTTTAGACATAAGTCATGCTAGGCCGAGCTTAGCTCCAGTTAAAAGTCAAACACCATTCTGTTCATGATCATCTCATTCATGAAAAATAATAAAAATAAAAATAAAATATTTAAAAATAATAATAATAAAACAATAGAGGGACCATCTGGAAATTTTGCTTCTCTAGATTTAAAATGTATAGTTATGTGTTTGAGTACAACACAGCTTTTGCTTTATTCTGTAAACTACAGATGACATTTCTTCCAAAGCATTTTACATTGAGAAATGACAGAATTGTGCTGTTTTCAGACATATTTTTGCATATTATTAGATAAAACAATACCAACGTTTTAAGCTCAAAAGTTAAGAAATCAATATTTGGTGCAATAAACCTGATTTTTAATTAGAAAATTGCTGTAAATGCTATTATTTTTATTTGAAAATGATACCAGATCTTTACAGAATAAAAGAAACATTTTAAAACACACTTAATAAATACAGTAAATCTGTTAGGAAAGTTATTAAATTGATCTAATTGTGATTTATTTAGATATTTTTCCTGAAATAAAATGGTTCTTTAGAGCATTTTGTCCATTAAATGACACATATGAGACATAAAGCTGTCATTTTCAGACAAGCTTATATGCAAATGTAGACAAGGCAATACCAATATTTTAAGAAATAAGTTAAGAAATCATAATATCTAAATTGAAGAACTGTTAAAGATCCAGTCCCTGATTAATAAAGGGTCTAAGCCTAAAATAAAATGAATGAATGACTGTTAAAAGATCCAACTGATCTAATTTAACAGATGAAAACAAATAATCAAAACAGATGTTAACATTTTTCTTAAAAACACACAGTGGTGGAAAGAGTACTGAAAAATCATACTTAAGTAAATGTACCATTACGTGCCCAAATATGTAGTGCAAGAGTAAGTTTCTGTTGTAAATATTACAACAGAGTAAAAAGTAGCCCTTTTAAAAGTACTTAGGAGTAGCGAGCAGTGTCGTGCAAATTACTTTAAAAAAGTAATAGTTACAATAGTTATAATTAAAAATGACTAATTACTACTGGAAAATACTTATAAATACTACTATTTAATACTATAAAAAATACAAAATAATCTGCAGCTCCTTCAGTAATTTAATATTCACTGAAAAACATTACATAGGTTGATCACAGCAGCTTGACTTATTCAAAAGACATAAAGAGTTCACCCAAAACGTAAAATTCTCTTATTAATCACTTGTTCCAAACCTGTTTGCCCCTTTTAACATGAACAAAGAAAACTGCATACCTGTAACCATTGACATCCATAGAATGAAAAAGCACTGCAGTGTTTGGGTGTTCTGAGTTTGTCTGAGGTAATTAGTCTACCAAAATTTTTGTATACTCCAAAGTATGAAGCTGATCGGTGCCCTAGGAAATGCAAGTGTGCGCATAATGCCTTCTCTCTCGATCTTGCACAAAAAAATAGGCTAAGTTGGGTTGCCATGTTTTGTGGTGCTGGTGTCGTAGAATGCTTTCTATTCAAGTGAACAAGTTGCTGGTCAAGGTAAAAGCAGTCAAAAGTTATTTACAAGGTTTCTGCAGGGTCTTAAAAAGTCTTAAATCTTAAAATCCAGGACACCGATTGTGCATAATTTAGTTTTTGAAAGTTTTAAAACTTGTATGAAAAAAGTGTATGGCTACAAGTAGAGCTAGCTTGTTTTTACAATATTTAAAATATTTTTTTTTAATTATTATTGCATTATTAAATGTATTAAATTATAATAAATGTTTTTTTGATAGGGCAAATCAAAACATCTTTTTCATCGGGGCCATTTGAAAAATTCCTTAGCCTTTAGCCCTTTATGAGTCTAAAATTTTATTCATAATGATTTTAATAATGTCCTAAAAAGTCTTGATGAAACCTGCAGAAACACTGTATTTATAGACTGGACATAGACTGCATTTCACAGTAATACTTTTGTATTTACACTCAATGAAATCAAAGTAATGTCTGAATTTTCACTTGAAGAAGCAGCCACTCTCGACAGCAACCCATTCAGCTCACGTTCTTTAACATTTTAAAAGTACATGCTTATTAACTGACGTTGCAGCGAAAAACGTGATTTAAAAGAAGTGTTTTTTCTTCTAAATACTATAATTGTATCTTAAGTAACACAATAACACTGGCTTTAGTAACTGTAATCAAATTACACAAATTTTAAATGTAATTAGAATACAGTAAAGCGTCACTTTTGGTAGCGAGTAATACATTGCGAAAGGTTACATGCAATTTGCGCGTGTATTTGAAAATGTAGCATTATGTAGAGAATTTAGTTATTGTTCAAGGCTATTTGGCGTTTTTAGTCATCATAAAGTAAACATCCTTCATCTTCTCATCAATGATGTGCAATCTAAACAGTCTCTGGGTCATTGCGTTTAAAGATTTTGGACATCTTCTTGGTCACTTTCCAAATATGTCTTGAAATTGATCATTATTATGCAATTTTTTAATTTTTTTTTTTTTTGGAAAGGGAATTTGATTAGACTGATTTTTCTACTTTAGCCAATCCCCATAGACAAGAAAAAATGAAAGAGGGACTCTCATATCCAAATTTCTAACATCTTCTAATAGAGCTTCACCTCTGCAGTTGCTTCACTATAAAGCAACCATTTACATTTAGCCATATTTACATATTTTACAAAGGTTTTAAAGGTTTAAACTACATGTGTTTTATGAATGAGAGCCTGTGTCTTCAGTTGCTTCATTTCACAGCTGTCTGCAAGTATTCCCTTCTGCAGATAACCTCATAGTGTGGCCGCAGGATTGTGGGTGTGATTATAGTTTCAACATGTGGTTTTGCTTAGAACTGAGTGATGTCATTAAAGATACTCCTCACTGTTTAGTCTATTAGCAGGAAAAACACTAGTGACTAGTTCACTAACCAAAGTCTTTGAGAAGAGTATTCTGTCATTTACTCATCCTCCATGCAGCTTTATTTTGGGATGGTCGTACAAGCAAGGTCAATACAGGAACAGGCAGGAGCAAAACAACGGCAAAACAACATCCCGAAGCGCAAGTGTTTCGAAACACTGCACCAAAACATGATCCAAAACACCCAGGTGACGTGAATAAGGTGATTCGAAATTGAAACACTCCGGTCATGTGACTAAAATTATTCTAAACACCAGGTCATGTGACCAAAATTATTTGAAACACCAGGTCATGTGACTAAAATTATTCTAAACACCAGGTCATGTGACTAAAATTATTCGAAACATCAGGTCATGTGACAAAAGTGATTCGAAACACCAGGTCATGTGACTAAAGTATTTTAAAACACACAGGTCATGTGACTAAGGTGATTCAAAACACCCAGGTCACATGACTAAAGTGTTTCGAAACATCAGGTCAAGTGACCAAAGTGTTTCGAAACACCCAGGTCACGTGACTAAAGTGATTGGAAACACCAGGTCATGTGACTAAGATGATTCAAAACACTCAGGTCACGTGACTAGAGTGTTGCAAAACATCAGGTCACGTGACTAAAGTGTTGAACAACCAGGTCACATGACTAAAGTGTTTCAAAACACCCAGGTAATGTGACTAAGGTAATTCAAAACACCCAGGTCATGTGACTGAAGTGTTTCGAAACATCAGATCATGTGACTAAAGTGTTTTAAAACACCCAGGTAATGTGACTAAGGGGATTCGAAACACCCAGGTCACATGACTAAAGTGTTTCAAAACATCAGGTCACGTGACTAAAGTGTTTCAAAACACCCAGGTAATGTGACTAAGGTGATTTAAAACACCCAGGTCATGCGACTAAGGTGATTCGAAATACCCAGTTCATGTGAGTAAGGTGATTCGAAACACCCAGGTTACTTGACTAAAGTAATTCAAAACACCAGGTCACGTGACTAAAGTAATTTCGAAACACCCAGGTCATGTGACTAAGATAATTCGAAACACTTAGGTCACTTGAGTAAAGTGATTCGAAACACCCAGGTCATGTTACCAAGATGATTCGAAACACTCAGGTCATGTAACTAAAGTGTTTAGAAACACCCAGGTCATGTTACTAAGGTTATTCGAAACACCAGGCCATGTGACTAAAGTGATTTAAAAATCCCAGGTCATGTGATCAAAGTGATTCGAAACACCCAGGTCATAAGACTAAAGTGACTTAAAGCATCGGCCATTTCAGAAGTGATTTGAGATCTGGCAAATCTACGTTTGACTGATAGGATCGAAAATAAAACTGTGTCTCATGTAGCCTCGTGGACTGTGCATGAGCTCAGAATAACTCTGCTGCAAATGGCCCAAGTTTAAATCCTGACTCTGAAATTATGGCTTAAAGAATTTTAACAATGTTTATTTTTTTATGACTAAAAGAAGACATATTTATTTACAAAGTGTTCATTCGGATGTCAGACCAATGTTAAAAAAAAAACACGTTACAAGAACAGAGCTTTTAAAAATTAATTTCAGGAACTGGTGCAAAAACCTCTGGGAGTTGTATTTCATATAGAGGCTGGTAGATGTGTAGTTCTCTAATGGTGGGCAAAGCGAGGCTTCATGAAACACTAAAACAAATGTGTTGAAACTCGAAGCAAATGTGTTGAAGCTTCAAAACATCTCGAAACTTGTCTCTAAAGTGACACCTCGTGGTATTGCTGTGGAACAGCTTCAGCGTACAAAAAGTTAAGCAAATTGAGGTATTAAACCCCAAGTTGTGGTTGATTTAGTGAAGTGGTGAGAGTTCCTGACTAGCATGCAGAGAGAATGGGTTTGATTTCAGGATGAGTGTTTGTACATGTTGGGATTGAAACTTAAGACTTTTGCAGCACAGTTACTCTGTGCACATGCATGGTCCATGATATCCACTGAATTTCCAACCCTGCCTGTCAAACGCAGATTTGCAAGGTCTCGAAATGCTTTTGAAATGACCGTTGCTTTGAATCACTTTAGTCACGTGACCTGTTGTTTTAAATGCAT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Seq C2 exon
GTGCTCAACGGTGATATTTACCCCCCGACGGTGCGGCATGCACAGGTCAAAATGAGTTACCCTCCATCAGTCCCTCCAGAGCAGCAGTTGGCAATCGGGCAGGAGGTGTTCGGGCTGCTGCCAGGGCTCGGCATGTACGCTACCTTGTGGCTTCGTGAGCACAACCGTGTGTGTGAAATCCTGAAACAAGAACATCCAACCTGGGGTGATGAGCAGCTCTTCCAGACCGCCAGGCTCATCATTATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000052148:ENSDART00000122863:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.024
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0309810=An_peroxidase=FE(7.4=100)
A:
NA
C2:
PF0309810=An_peroxidase=FE(22.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]