DreINT0123713 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061757 | rabgap1l
Description
RAB GTPase activating protein 1-like [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050208-389]
Coordinates
chr22:17415589-17421551:+
Coord C1 exon
chr22:17415589-17415681
Coord A exon
chr22:17415682-17421440
Coord C2 exon
chr22:17421441-17421551
Length
5759 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
CTTTGTCTGTGTCTTTACAGAGA
3' ss Score
11.27
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCCAACAAAGAAGCTAAAGAAGTTTGAGAAGGAGTATCAGTCCCTGAGAGAGAGTCAGCTGCAGCAGGAAGACCCTATAGACAGATATCAG
Seq A exon
GTAAGCAGAAGCCTGATTTAACCCTCACCTCCTCCAGTCTTCATCTTCACCTCCTACGATCATCTTCATCTCAGTTCAGGACTCTGTAGCTCGCTGCTCTGGAAACCACAGACTTTCTCAGAAAAAGAGCCATGTGCTCCCTAAACCTTTCTTGAGTGATGACATTCTTCTCTGCTGTTTTTGTTCCAATTTTTTTTATTTATTTGTATTTCACAATTTTTTGTATTTGAGCCTTTTTATATAGTGGAAGAGTGACTTTTTATTTAAGTGCATTTTATATATTTTTGTCATAAATTAAATATTCAGTATTTTTCTTAATACATCTGAGTGTTATGTTTACATTAATTGAGTTGTTTAATAATCAGGTCTTTTTTATTTAAATGAATCCAATTTATTGAATGTGTTACAGTCTATATATAAATATGTAGGTTTGTATTCTTCGTATGAAAACAATCAAATGTTTAATCATAAACTAGGAGTTCTCAACCAGGGGGTCTCAGCAAATCTCCAAGGGGCCTCAAGCTGACTTAAAGAGATTTAAAATAAACTAATATGTTCTCTTTAGCTGCTTTTTTTTCTTTGAGGAACTGCAGTTATGTTACATCGTATTTGAGGAAAAAGTACACTGGAGAAAGATCACAAAGTTTTAAAAACAGGACTTTTTTCATTTTGTTATCAATAATAAATGTTTCTAGTTATGGTACACTGTAAACCCAAAAAGTTAATGTAACTCAAACCGTTTGAGGAACCGATTGCAACAAACCATTTAATTTTAAAAACTAATCATTTGAACTTGATCCATTTGAGTAAATGAACCAATTTGAGCACAGTAAAACCCAATAAATGGAGGGAACTCAAACCAACTGAGTACTGTAAAACTCAATAAGTTAAGGCAACTCAAACTGTTTGAGGAAACCGATTGCAACAAACCATTTGAGTTAAAAAAAAAACTAATCCATATGAGTACTGTGAACTTACTCCATTTAAGTTGAAGTAATGAGGTATTTAATTAACCCATTACCTTCAACTCTGAATTATTTTCAAATGAGTAGACTTAACTTTCAATTAATTTAGAGTGAACTACACTCATTTCGTTTGATTAAAGTTGACTGTTGGGTTTTACAGTGTCGGTGAAAGTTTATTCATTGTTTAAGCTACTTCTTGCAATTGCAAATTAATATCTCACAATTCTGACGTTTCTTTAAAGGTTTGCGAGTAATAAACTCAAAATTGGGAGAAAGTCAAATTTGTAAGGTATGAATTTAGATTTGCAGGAAGAAAATTAGAATTGCGAGCTATGAACTCAGAATTGTGACGTAAAATATCAGAATTGACAGAAATAAAGTAAAAATTAGCAGGTATAAACTCTGAATTGTCATGTATAAAGTCAGAATTGATAGAAATAGTAAAAATTGGCAGGTATAAACTCTGAATTGTCATGTATAAAGTCAGAATTGATAGACATAACATCAAAATTGGCAGGTATAAACTCTGAATTGTCATGTATAAAGTCAGAATTGATAGAAATAATGTACAAAATTGGCAGGTATAAACTCTGAATTGTGATGTATAAAGTCAGAATTGATAGAAATAATGTACAAAATTGGCAGGTATAAACTCTGAATTGTCATGTATAATGTCAGAATTGATAGACATAACATCAAAATTGGCAGGTATAAACTCTGAATTGTCATGTATAATGTCAGAATTGATAGACATAACGTCAAAATTGGCAGGTATAAACTCTGAACTGTCATGTATAATGTCAGAATTGATAGAAATAATGTACAAAATTGGCAGGTATAAACTCTGAATTGTCATGTATAATGTCAGAATTGATAGACATAACATCAAAATTGGCAGGTATAAACTCTGAATTGTCATGTATAATGTCAGAATTGATAGACATAACATCAAAATTGGCAGGTATAAACTCTGAATTGTCATGTATAATGTCAGAATTGATAGACATAACATTAAAATTGGCAGGTATGAACTCCGAATTGTGACATAAGAAGTCAAACTTGATAGAAATAATGTCAAAATTGCTATGATATGTTCCAAGAATAGCTACAAATACTCAAAATTGTAAGCCATTAACTTTCTTTAGGTTTTTAAAGAAATAAAATCAGAATTTAGTAGTGTGAAGTCAAAATGTAAAGTAATAGTGAGAATTGCAAGAAATAAACTCAGATTTGCTACAAATAGTCAAATTGTGGGCTATAATCTCAGAACTGCAACAAATGAAGCCAAAATTGCTGGAAATGAAGACAGAATTGTGGTGAATAAACTCAAAAGTGTGTTATATAGGTAAGAAGTGCTGTAAATAAGCTTAAATTGTGAGCTACAAACATAATTTCATGACATGATCAGAACTGCAAAACTATTATGGATGTTGTCAGGCCTTGAGGTTTGAAAGATTGAGAAGCTCTGTCCTAATCACTCTGCAATCTTTCAACATCTCTCCATCTTACTGAAAAGAAAGTGTATTTTCACAACCATCTCCAAAAGCCAAGCCTACTTTCAAAGGAAGCTCCATTACTTGGTGGTTTCCTTGCGGTCACTTCCTGTTTACCCTCTATTTCCCCTCCCTCACTCACTCACACAATCTAACCAATGAGAGTCCCCCTCACTCACCCATTTAACCAATGAGCTGCGGTGGGGGGGCGGAACCTGGACGGGTGCTGTTGTTCTGGTGGGTGTGGGTGTTTTCTGTGGTGGTCGACGGGTCAGGTAAGCCTTCAGCCCACCAGCGCTCATCGCTTACTAACAACATCTGCCTGCGTTTGTGTTTGTGTCTCTGATCTATTCCAATTAATCGGCTCATGTGCACAAACTAACCAGTGTTAAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTAAATGGAAGTCATATGACAGCTTTACCCCCGTCCTGATAAGGAAATGTGTGTCATGTGAGGCAGTTTTGGAGACTCCCTGTGACAACGGCCAGATCTCTAATCAGAAGTCACAGTGTGCTCGTTTTACTCTTCGTTTTTTTTGCCTCAGTGTTTTACGTTATTTTGTTGTTTTTTTACACACTGAAATACAGCCTTTTACAATTATACAATATTGTTTACATTCACAACAGTGCATGTATATATATGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAATAATTGTAAAAACCTTAAACCTTTTTAGATTTTTATATTATTATTATTATTATTATTAATTATGTATTTTATTTTTATTATTTATTGCTATTGATGACTTTTAATTGTTAGAATATTTTTTAGAATTATAGAAAAGTAGTATTTATAAAATGTTGTAAACTTGATCTTTTTTTCTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTGAAGCTGATATCACAATACACTCAAAATTCTCTGTTATGGTTAATGATAATCTATTAAAAGTTGACTTTTCTTATCATACTGTTTATTTTCAAGATTTGTTGCGAAAACTGAACCTAGATTAGTGTGTCGTCTAAGTGGCTTTACATGCAAGTATAGGGTGTTTATGTTTTTTTGTAGTCTATGTGCTTTACTTTGTGCACTGAAAAACGTGATTAGTTACTTAAAGCGAGTAAACCAATTGCCTTAAGAAAAAAAGTTGGCTTTACAAAAATAGTGTAAGTAAACCCATTGTAAATTGGAACTGTTAAGCTGACGTAATATTTATTATTATGCAAATTGTATTCACTTTTTTTTAAGGAAGAGTAAACTAATCTCTTTTTTCTGTACACATTAAAAAAAATTCTTCAGCTTTTTTGTTTCTATCAAAATAACAGTAACTAAAATCCAGACTACAGTGTGTCTTCTAAGTTCAATACAGTTGTAAAAAAAAAACATAAGAATTGTGTTGTTTTAGCCCATTTTAAATAAGTAGTTGGAACAAACTAAACTTTTTGAGTGCACTTCTTTGCTGATTTATTAGGCATTTGTTTTAATGTTTTAATAATTTATAATTAAACATTACAATATAAAATAATAATAAACAGTCAGTTTGATATTATCTAATGTAAAAATTTACATTTTTGTGTTTATTTGTCTGATATTTGTATTTTACTTATTTCCTCTTGCGTTTTTGTGTATATTTAGTCATTAATAGCCTTGTTTTGACTTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTGATTTACATAATAGAAACATCATATTTTCATATGAAGGTAGAATAATTACCCTTCAATTTAATATTTTTTTGTTTATATTTGTGCTGTTTAACAGAGAAGAGTTTTTTAACACATTTATAATAGTTTTAGTAGCTAATTTATAGCTAATCATGACAGTACAAAATATTGTACTAGTTAAGTTTCTCAAAGGTGCAGTATGTAAGTTATGTAAGCACCGAGTGCTTGAACTGGGTGTTGGACTCCTGGATCAAAAAAAAAAAAAAGGAAATGCAGGTTGCCAGATTGAGGACAGGAGCGAGTGATTTAAACCGTATTTTGAGTAAAAGCAATGACACCCGATAGCCAACACCTCGAATTGATATATTAGAAACGGCTTCTATTTCTCACTGGTGATCAACAGAAAACTATGACAGTGATCACCTCTGGTACACCTCATGTGCTTTATTCAGTGTTAAATGCTAACAATGGGAGTTTGAATGCCCTTATACATGACATTTATTGCCATACTACTGAAAGCAGAAGCAGATAGTTCACCTCAGATCTTAAAGGAAAATAAACGGTTTGAAACTAGAACTTTAGAACTAAACATGTGATTCAGCATGTACATTCAATAATGGTAAAAAGGGTTAACGTATTATATAGATTAAAAACCTTAACATTTCATGAGTGAGTGCATATTCTGTGCTTCTGAATGGCTGTACTGTATTTCAATTTCTGTCGTTTTTCATCTGGTGCAAACAACCAAATTGCTTATCACTGCATATCTCCTCACGAATTGTGTTGTTAGGACATGCTGTTACAATGTACAATGTAT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Seq C2 exon
AGAGAAAACCGGCGTCTGCAGGAGGCTAGCATGCGTCTGGAGCAGGAGAACGATGATCTGGCTCATGAGCTGGTCACCAGCAAGATAGCGCTCAGAAATGACCTCGACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061757:ENSDART00000145769:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.387 A=NA C2=0.405
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]