DreINT0126255 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000070831 | rftn1a
Description
raftlin, lipid raft linker 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060503-293]
Coordinates
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Coord C1 exon
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Length
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Sequences
Splice sites
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Exon sequences
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000070831:ENSDART00000132272:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF152501=Raftlin=FE(22.0=100)
A:
NA
C2:
PF152501=Raftlin=FE(13.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]