DreINT0129958 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000057737 | rxraa
Description
retinoid X receptor, alpha a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070314-2]
Coordinates
chr21:17879804-17896136:+
Coord C1 exon
chr21:17879804-17879973
Coord A exon
chr21:17879974-17896006
Coord C2 exon
chr21:17896007-17896136
Length
16033 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCAGTAAGT
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
GTTCTTGTTTTCTTCAACAGCCC
3' ss Score
9.2
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CCCAACGATCCAGTCACCAACATTTGTCAGGCTGCAGACAAGCAGCTCTTTACTCTGGTGGAGTGGGCGAAGAGGATTCCACACTTTTCTGAGCTCCCGCTTGACGACCAGGTCATTCTACTACGAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000057737:ENSDART00000080481:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.632 A=NA C2=0.136
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010425=Hormone_recep=PU(11.9=21.1)
A:
NA
C2:
PF0010425=Hormone_recep=FE(22.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]