DreINT0131144 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000016765 | scamp3
Description
secretory carrier membrane protein 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041114-33]
Coordinates
chr19:9072457-9075511:+
Coord C1 exon
chr19:9072457-9072577
Coord A exon
chr19:9072578-9075382
Coord C2 exon
chr19:9075383-9075511
Length
2805 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTGAGT
5' ss Score
7.21
3' ss Seq
TCTGTGTTCCTCTCCCTCAGCAC
3' ss Score
9.63
Exon sequences
Seq C1 exon
TCTGCAGTAAATGCCACCACAGCAGATCTGTTGAAGAAGCAGGAGGAGCTGGAAAGAAAAGCACAGGAGCTGGAGAGAAGAGAAAGAGAGCTGAATGCTCATGCACTTGGATCTGGAGCCT
Seq A exon
GTGAGTGAGGGAATCAGAGAAAATAGCTTGATATTATTGAGATAATTAATGTAATTATATGTAAAGGAAATGATTTGACTTTTACTGCTGGCATTGTGTATATATGTGATGGCAGTTTTCAGTTTGTTTTGCTTTTAATAATCCTTGTAATGCTTAAAATGACTCAAAATTTTAAAACTCACATTGGGACGACTTAACATCCAGCCACAATTTCGTAAAATTGTGAAAATTTCTTCATAAATTGCGCTTATCTACATGCATTATGGAAGTCTTTTGAACAAAAAAAAACTTTCAGCTGCTGAAAAAGTGAAGATCTCTCAGCTCAATTTGCACATTTTGTCATATTTAATTCTACATTTAATTAAGCAGCCACAACAATCAACACAGAAAATGATATTAGCAAGCAGTGTGTTTAAAAACCACAGGTTTCAATGTAATCAAGATTAGTGGAACATGCTATGCTAACTCATTTAAATTTGTCAGCTTGAGAAAGCATTGCTTTAATGTTTAAAAGAGCTTTATAATCTAAACATTCAAACTTATAAAGTCGTAAGAACGTTTCTAACATGTTTAGGCATGTTGGCTGACACATTTATGTGTATAAAAACACAGCTAGCATGAGGATAGGATGTTTTACCACTGTCAAGGATGTGAAACTTACATGTTATCATATTCCTAGGCTGGCTAATGGGTTTTAGCATGCTGCTAATCTAAACTACCACGTTATTAAAATGTTTTAGGATGTTTTACCTGTTAGCTCATTTAAACACTAGCTAGCATGTTTCTGGCAATCTTATCCCACATTGGCAGTATGTGTTAGCATGAACATCTTTATCACTTTGTTAGCATTATTAGCTTGTTATTACATGTACATGTATTAGCTTGTTTGAATTTTTTATGTATTATATTATGCTGCTAGCTACGTGTATTTAAATGTGTTTGCACGGATTAGCATATTTATTGTCTTTTGTTTAACATGTTGTTACTGTGAATTAGCCCTGATATGCTTTTAAAATGTTGCTAGCATATATGTTGACATACTTCTTCCATATTGTTAACATTAGCACATTGTTAGCATAAATTACCACTTTAACATATCCTTAATAAAAGTTAGCATGTCTCTAGCATGTTTTTGACATTTTGCTATTAGCATACATTAGCATTTTATCGCACACAGTTTAACATGAATTGAAGTCATGTTGCTTGCATGTTTAGGGATATGCTAGCATGAGTCAACACTTTTCCAGTATGAATTTGTATGCTGTTACCATGTCTTTAGCATGCTCAGAATGTTGTTAGCATCAATTAGCCAGGGTTGACACACAGATATAATGTTAAACACTTGTCTCAGATATTTTTATTGTATATTTATGTATGAGTATGAACATCTTTAACATTATTAGTTTGGTGTTACATGTCAGCTTGTTTTAACTTTTTTCATGTTTTTATCATGTTGCTAGCTACATGTTTTTACATTTAACTGTGTTAGCATGGATTAGCATATTTATCTACTTTAGTTTAACATGTTGTTTCTGTGAATTAGCCCTGATATGCTTTTAAAATGTTGCTAGCATACATTTGCATTATGTTGACAATATTATTACATGCATGTTGTTAACATCACGACATTGTTAGTATAAATTACCATGTTTAACACATTGTCAGCACGAGTTGGCATGTCTCTAGCATGTTTTTGACATTTTGCTATTAGCATACATTAGCATTTTAGCACACACAGTTTAACATGAATTGAAGTCATATTGCTGGCATGTTTAGGGACACACTAGCATGACTCAACACTTTTCTAGTATGAATTTGCATGCTATTACTGTGTCTTTATGTTGCTAGCATCAATTAGCCAGTTTTGACACAGACAACATGCTTAACACTTGTTTCTGACATTTTAGTACATGTTTGGCTTTTGATAACTTGTTAAAAAATGTTGGTAGCATGAATTGTTGTTAGTATATTGTTTCCATAATTACTACAAAGCTAGCATGAATTAGCAAGTTGCTGGTATGTTTGAGCGCATTGCTAGAATTTACATGCTATTAACGTTTTATAATCATAACTAGTTTTAACACTTTGCTGGCATATTTCTGTTCATATTGTTGGATCCTGTTAAAGAATCCACTTTAGGGAAAGACAGATAGACATAACCCTGCTGAAAAATCCAGCTTAAACCAGCCTTGGCTGGTTGGCTGGTTTTAGCTGGTTGACCAGCCTGGTTTTAGAGGGGTTTTGGCCATATCCAAGCTGGAAAATGACAAGCTAAATCCAGCTAAAACCAACTTGACCAGCCTGGTTTAAGCTAGACATAGCGAGTATTAACTGGGCTTCCACCCTGGCTAGGCTGGTCAAGCTGGTTTTAGCTGGTCATCTCCCAGCCTGACCAGCTAAAACCAGGCTGGAAATGGCTGGAAACCAGCCTGGAAATGGCCAAAACCCCTCTAAAACCAGCCTGGTCGACCAGCTAAAACCAGCCAACCAGCCTAGTCTGGTTTAAGCTGTTTTTTTAGTAGGGAAAGCAAGCATATTTTCAGAACCGGAGTAATTATTTGGATGGGTTTCTGAAATTGCTGGTCAGGGTTATGATGAAGGCGCAGAGATGGATGAGAACTGAATGAGAGAGGAGGGGATGAAGAAACGGGATAGTTAAAAAGATGACAGTGATGGATGAGTGGTATTTTCAAAAGAGTGTGATTTAGACCTTGGCAGTAATGAACAGGACATTAATAGAGTGATGTTAGCGCGTATGATTGATGAATGGGGAAATTAATCTCTTTCTGTGTTCCTCTCCCTCAG
Seq C2 exon
CACGTCAGAATAATTGGCCCCCATTGCCCTCCTTCTGCCCGGTGGGACCGTGCTTCTATCAGGACATTAATCTGGAGATTAGCCAAAGCTTCCAGCGCACCGTCACCACCATGTACTACTACTGGATGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000016765:ENSDART00000018973:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.780 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF041448=SCAMP=PU(23.6=95.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]