DreINT0131518 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000034588 | scn4ab
Description
sodium channel, voltage-gated, type IV, alpha, b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-051201-1]
Coordinates
chr3:22179756-22186270:+
Coord C1 exon
chr3:22179756-22180026
Coord A exon
chr3:22180027-22183147
Coord C2 exon
chr3:22183148-22186270
Length
3121 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAAT
5' ss Score
6.62
3' ss Seq
TTTGTTTTGCCGTCTCACAGGTA
3' ss Score
10.78
Exon sequences
Seq C1 exon
AACTGCTGCCAAGGTTTGGTCTTCGACTTTGTCACACAGCAGTTCTTCGATATTTTCATTATGGTGATGATCTGCCTGAACATGGTGACCATGATGGTGGAGACTGACGACCAAAGTGCTGAGATAGAGGAAATATTGTTCTATATCAATTTCGCCTTCATCATACTCTTCACCGGGGAGTGTGTTCTCAAGATCACTGCACTGCGCTACCACTACTTCTCCATTGGGTGGAACATTTTTGATTTTGTGGTGGTCATTCTTTCAATATTAG
Seq A exon
GTAAATCTGGTTTATTAATAGTAATCATGATTTGATCTATTCATTAATTAATAATAACTAATTCATTTTATTCTGCAAAACCTTCTGATGAAATCAACAACTTTATATAACATCATCATGACCTGGTTTGGGTCATGCAGGTTTAAAAAAAACTGATCATTTTATAGCTGTGGTGAAAAAAGGATAGTGGTGCATTTTTAAAATCTCAGAATCAATGCAGAAGTTATTTCCTAAATGATTTATCTCTACAGTTCCAATATTTGTAATGGAAATGTTCAAATAGTGGGAATGTAATAGTATCTAAATTGAGGGAAATGCACTCAATTGCTGTTATTTAAAAAGTATGTAAGCAATAAGTAATAGAAAAAAAATGCACACCCAAGTTTGTCAAGTAAAGTTTAGTGTAAAGTAAAACGTAAAGTTTAAAGGGCCATGAAACCCTCCCTCTTTCAGTTTAAGTCAAGCTCTGAGATGGGCGTGGAGCTCTGCAGGGAAAGGGGGGAGTGGGTGTGGCCGTTGTTCTGACGATCTGTGCTACCTCCTTAGAATGTGCTCCTGGTATCTTAATCTGTCATGTTTTATCTACCAAAACAGGGGTAGCACATCTTGTCACCTTCAAATGTCTATCAGAATGAACTACCACATAAAATAAGGATGTAAAAACAGGGATAGCTCATATTGTCAGCTTCAAATATCTATTGTAATTAACTACTACTCTATTGAACAATATAGAAAAAGGCATAACAGCTTTAAATGTCTACCAGAGTAATCTACTGCCTTAAATGTTTTTTTCATTAGTTTTATATTTAATTTATTAGTAGTTCATTCTGATTGACATTTGAAGCTGACAAAATGCACCACTCCTGTTTTTACACCCTACATTAAGGAGGTAGTTCAGTCTGATAGACATTTGAAACTGACAGGATGTGCAAACCCTATTTTTTTAGATGAAATATGACAGATTGAGCTACCGGTAGCACATTCTGATGAGGTAGCACCGGCAGCGCAGGGGAAAAAGAGTGGAGCAAACATTTGGCTCACATAATGAGACACAAATCATGAGGAGACCCATTATTTTTTAGTTTACAAAGTTAAAATGCAAAGAAATCAACAGTAAGTAATATAATGGCCTGCTACATATGTTATTCGTAATTTCATATACACATTACAATTTTTATATAAACACTATAAATGAGGAGGACTTCTCTTCTTCTCAATCCCCATGTCTGAATGCAGAAACAGTGGATAGCAGTGCAGCAAGTCTCTTGCCCTGTCTATTCCAACCATTAACCCTGCCGGTAATCTGGAGGATTTTAAACATGTGCGAACTCAGCAGCATGGATACAGGCGATGTGTTTGAATAACGAACCAACTGACTTTAACGAACTCAACTGATAAACGGCAAAGTGTGCCATTCACTAATTTTTGTACAGCTCTCCTGACAAAAAAATACTTGCTGCAAACCAACAGCTTTGCTGTATCGGCCCTGACAGAATCGCAGGGGAAAACATGCAACAAACCCCGTGGATCTTGGAAACAAACACATACGACCCGTGTCTCACCTAGTCTATGGGTCTCCCAGCTTGGCAGGTCTGCTTAGCCTTCGGAAAGCACGTGCTCTCATGAATAATTAAGAAGCAGGCTCTTCTCATAGGATAAAAAAACTCCCCTATGAATAATAATGAGAAACCGATGCATCATCACTACACTTGCAGTTTTGCGCTACGCCACTAAGTTTGATCCCGCCCCAAAAATTATTTTAAACCTGGAAGATGAAATTAGCTGTCAAAAGCTCAAAATTATCCAGTTTTCCCCACAATTAAAGCTAACAGGTGCTAACGTTGTCTTAACTGATGGGCAACACACACAAATCTGTCAAAATCTCAAACAAAGTACCCCAGGGTTTCTTGAACCTTTAAGGCAACATAGGCTTATTCTGAAAATGTAGCCCTATATACATTTCTGAACATCACAAATTATGTAGCCAGAAGTACGTATGGCTGAAATTCATCTTTAAAACAATTGCTAAGCAGCAGTATGATGCTATTGCTGTTCATGCTTACCAGCTTTCCTGCTGTTAACAGTTTGTCCAGTAGCTCGCCATGTACATCAGTGGACTTGAGACACAGAGAGAAAATGACTATGACGACAGGGTTCGAATTCGACAAAGAACGGTTATAGAAAGCTGGTAAGACATAAACAGAAGCCAAAAAAATAAAATAAACAGGTAAATTACAGGGTGAAAATGTGGTAAAAGTCAGTCGAGGGCTTTTCTTTTTCTGAATTGATTTTAAAAACTGTCGGTTGGGTTTAGGGAAGTGGGTGGGCGGGTCAATCAGTGCTTTTGAAAACACTATTGGTTGGGTTTAGGGAAGGAGGATAGGGGGTCAGTTGATCAGTCAGTAAGTCGACAGCGATCTCTGGTGGATTTACTTGATAACAGTCGCAAGAGAAATTCGGGATCTTAAAAAGAGTACACAGTGCCCTCTGGTGGATTTGCGAAAGCAAAAACTGCAACAACAAAAAAAAAACATACCTCCTGGGACATATTCGGCGCTCTTTAGAAATGTATATAGCGGCACGTTTTCAGAATGAGCCTGAGTTGGTTTAAGGGGATCACACACCAGTCGTGCCCTCTGTAACTCGCATCAGTTTTTACATTATTTTCTATACACAACTAAGCAAAGTGAACAGATTCCGAATGCAGGAGCTGGTGTGTTATACCCTCAATGTTTAATATTCTAAACGGTATGTTGCTTTGTGACTGGTGTGCGATGGGGTTTATACTACTACATGTAATGATATAGAATTGTTATTCAGTCAATGCTCTGCCAGGCACTACTTTATTCTGTGCAGTTCCCTGAATAACACACACCTTAGAATGATCAGAAGCCCTGCTGGATTATAAAAAGTCATTATATATTAATCTTTCACTTGCCGTACATGACATTTAATGTAGTCTTTCTTGAAAATGAAGCACATGTTTTTTAAAAACATATTAAACTAACAACAAATTATATTATATTATGAATTTTCCATTGCTGTTTTTTTAAATTACATTTTCTGGTAAATATGACTGGACAATAATCTTTTCTTGTAATTTTGTTTTGCCGTCTCACAG
Seq C2 exon
GTATTGGGCTGGCAGACCTTATTGAGAAGTACTTTGTGTCACCTACCCTGTTTCGTGTCATCCGATTGGCCAGAATTGGCCGCGTCCTGAGGCTCATTCGGGGTGCGAAGGGAATCAGAACATTACTGTTTGCGCTGATGATGTCACTTCCTGCCCTCTTCAACATTGGCCTCCTCCTGTTCCTAATCATGTTTATTTTCTCCATATTCGGCATGTCCAACTTTGCGTATGTGAAAAAAGAAGTCGGCATTGACGACATGATGAATTTCGAGACCTTCGGGAACAGTATCATATGCATGTTCATGATCACTACATCCGCTGGCTGGGATGGACTGTTGGCGCCTATTCTCAACTCCCCACCAGACTGCGATCCGGATGTGGATAACCCAGGTTCAACTACCCGAGGAAACTGTGGGAACGCGGCGGTGGGCATCGTGTTCTTCTGCAGCTACATTGTCATGTCCTTCCTCGTTGTGGTCAACATGTATATAGCCATTATCCTGGAAAACTTCAACGTAGCAACGGAAGAAAGCAGCGACCCCTTGTGCGAGGATGACTTTGAGATGTTTTATGAAACTTGGGAGAAATTCGACCCCACCGCCTCTCAGTTCATTGATTACAATAGACTGTCGGAATTCTGCGATACGCTAAAAGACCCTTTGAGAATCCCCAAACCGAACACCCTCAAGCTGATTACAATGGATATTCCCATGGTTACGGGGGATAAGATCCACTGTCTTGACCTCCTCCTGGCACTCACTGGAGAAGTGCTGGGTGGTTCTGACCAGATGGATGGTATGAAAGCAACTATGGAGGAGAAGTTCATGGCAAACAACCCTTCCAAGGCCTCCTATGAGCCCATTACCAGCACTCTCAAACGAAAACAAGAAGAAGTGGCTGCTTCCACCATTCAAAGAGCCTATCGCTCGCACATCCTCAAACGCTGCGTCAAACAGGCCTCATACATGTACAGAGACAAGACAGGCTCAAAGAAACCAACCGGAGAAGCTCCAGAGAAAGTAGGCATGATTGCTGAGAACATGAGGAGTCTTTATGGAGATCAGGCCGTTGAGGATGACCATCCTGTGGGTTGCTCGTTCTCTCAACATGGGAAAACCCAGTTTGGAGCTAAACGTCCTCCGGTAAAGGTTCAGAGCGATGTGGTCCTGCATTCTGCCCCTTTTCCTGTTCCCGAATCCTCAACCGCTGCAGACAACTTGAGGGAGTCCATTGTGTAGTAGGTTCAAGATGTTGTTTAAACTCAATCTAGAGGAAGCCCCATTATAATGAGAGTTCATTGGCACAGAATAGCCAGTAATGAAAGAAATTCACTGCGGTGACTTGTAGTCTAAAATATTGGTAACAATCGATGGCGCCTCTCAGTGTTGCACTTGAGAAGACGATCTGATTGTTTGTGGAATGACAATGCAAATGATTGGGCTCCTGGCGCATCAAGATGCTCAGAACCTGCCATGACAAACAATTAATTATTAGTACAGTTTGTACAATTGTTAGTTACAATTAGTACACAGTAATGATTACTAATCATTCACAACTAACTAAGAGGCATAACATAAGGTAAAAACTTAACTTGTCATGACACCTGGCATAGGCTTAGCCTAAAATAAGTCCTGTTTTCAGAGTATATTTCATGTTTTGTAGGAGCTTACTTTATTGCATTTAACATGACTTTAAAAATCCAGGATAGTGTTCATAATAATAGTATTGCTCAGATTTTGCACTAACCTTTTTTAACACTGGCTAAATCAGCTACTGATGAGAATTGAATTAGTCTTAAGAGTTCACTGTAAAACATGTAATATTATCTATGTTTTTATACATACTTTACTAAAAGGCTTTTTGATTCACTCTGATAGTATTTTAAACTTCAATTACAAAAAAATATCTAGTTGGCCCAAATAATAGATTTGTATCTATTTTAAAATAAAGGAATAGTCCAGTTTAACCCAGAATATAAAATATGAAATGTTAGCATGCTAAAAATGCTGTAAATTTGGATTCTGTCATTTCTAAAGAGCTGTTATTGTGCAAAGAAGGGAGTGTACCTGTCAGTTATTAATTGCAGGTATGTAATCTGTGAAATCCTCGCCTTGTTATGATGGATTTATTTTCTTTACTTTATTTAGTTGTCCCTTATTATGAGCCAGATGTGCAACTGAACGTCATTTTTTTTCAGGCCAGTCATGTTGTGATAAGATTTAGATGGTCATCTATGCAAAGGAGTCTACATGCATGGCTGCATTAGGGACAGAAGTAAAAAAAGAAGACAAATGCGCTGTCTTGGGATACTGCATTCAACTTTTATAAGCATACTGTGTATGATATGGACATAAATGTGCCTAGACCGCTAGCATCCCTGTCATGTTTTTACAGTATACGTACTCATCCGGCATTTACAGTCACTCATACATTTAATTAACTTTTAACAGCCTTTATACAGCATTTATTTATTTATTTTGTTTCTTGGTATTTTTTATTTGCTTGACTTTTCATATTTTTTTAATTAACTTGGTGAGACATTTTGTATGTTTGAGGACAACTTTCAAAACCTGTCTAATTAGGCCCAGTTTGATTAAGTAAATCAGTTGCACTGAGAAATTCTTTCACTCTTTTATATTTCTTTGTGAAATGCAAACCAACTTAATCCAAGGGTGATGAGTAGAGAGAAGGACAATTAGAAGCACTGAGGACAAATGCGAATAAAATAAACATGCATGTCAGATAACTTACATATCATTTGCAGAATAGCTGAATGCTAGTATTTACAAAAGTCAAATGTTTTTCATTTATCACTTGTTTTACTAAACTAAGATAATGAGAAAAGATGATGATAATATTAGCATATTAATGCAGTTCTTATGATTTGCAATGATAAAAATCTTTTTTTAAATTCTTAATAAATAAAAATAAGTTTTCCTTTTAAGATGGTACTTACCATCACTAACACTATTTAGTTCTGAATATATGAACACGTCATTATCTGTCACTTGATAAATGCATGTTATGGACAATAACATTTCTCAAATACTGAAGCATATGTACATTTTATTGTGTAACTTTTCTCTGTTTACATGACTGAATAAACTTGTTTTTTTTGAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000034588:ENSDART00000044157:23
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.228
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PU(20.5=47.3)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=PD(79.0=40.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]