DreINT0132828 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000036626 | sema6ba
Description
sema domain, transmembrane domain (TM), and cytoplasmic domain, (semaphorin) 6Ba [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-131024-1]
Coordinates
chr2:49585497-49592469:+
Coord C1 exon
chr2:49585497-49585637
Coord A exon
chr2:49585638-49592391
Coord C2 exon
chr2:49592392-49592469
Length
6754 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGA
5' ss Score
6.42
3' ss Seq
GTGTGTGTGTTTGTGTGTAGAAA
3' ss Score
8.53
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTGGTGATGACTCTGCGCAGGCGATGCAGCCGCTCTCTCTGACCTTGGACAAACCCAGTCACACGCTCCTGCTGGCCTTCCACTCGTGTGTGGTGCGAGTGCCTGTCGCTCGCTGCCACCTGCACTCCAGATGCATGAA
Seq A exon
GTAAGAGCACACACACACACACACACATGCATACAGTTGAAATCAGAATTATTTGCCCTCCTGTATATTTTCCCCTAATTTCTGTTTAACAGGGAGATTTTTTACACATTTTTAAAACAAAGTAGTTTTAATAACTCATTTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGTCAATAATATTTGACTAGATATTTTTCAAGACACTAGTATTCAGCTTAATGTGACATTTAAAGGCTTAAATAGGTTAATTTAGCAAGTTAGGGTTATTAGTCAATGTATAACAATGGATTGTTCTGTAAACAATCGAAAACAAATATTGCTTAAGGTGGCCAATAATATTGACCTTAAAATAGTTGGAGTAAATTAAAACTGTTTTTATTCTAGCCGAAATAAAACAAATAAGACTTTCTTTAAAATACTGCAGAAAAACTAATTGCTCTAATTAAGCAATTATTGGGCAAATATTTGAAGAAGAAAAAAAAATTATAATTTTGACTTCAATTGTACATGCTGGGTTTCCATCAGCATTATGAAGTATCACTTTAAAAAACGATGAGAATTGCAAATTTGGAATAAAAGTCCCTTAATTCGCAAAGGAAACATTTTTATGCTTGCTTGATGTGTTTTGCACTTGTGTGAAAAAGATTTAATGTGAATAACAGGAGATGGAAATGCATTTGGCAAACATTACACCCACATGACTAATCAGCAGACTCATTTACTCTTGCTTTGTTTACTGTTGGTTGCTAGGTAACCAATACTACAGCCAGCCACTTTAACAATTCGATGTAAACACAAAGGGTGCGAATTATACGAATGGGGGGAGAGGGTTGTTAATGTTAGTTTATATAATATGCCTCAGTGAACCAAATGTATATATTTGATTAAATTGTTAATAAAATGTGTTTACGTTTTCAGTGTTTTGATGAAAATCGATTGCCAGTTGTGCTCAATTACATTTTTGAAGTTGAACAAACAGTGACAAGTTTGCATTCCTGTTCCAATATGTGGATGACCACACACTTATTTATTATTTCACTGTTTAACTTCCATGTGCAAGCAAGTGTATAACCAAATACAAACTAGTTACATGTCGATACAAACATCGATTTTACAAGAAAATTGGTTTGTGGACACTTACATTGCTTGTCAGTGCTGTAGATCAGTGGTTCTCAAAGTGGGGGTCGGGACCCCCCAAGGGGTCGCGAGACAATGAAGGGGGGTCGCCTGGTGATTTCCAAAAATCTATTTATTTATATTAAACCATAAGAATTACCATATTTTATCAATAAACTACTGAAGAGAAAAATTGTTGTTTATAGTTAATATATACTATATAGTTACTACATTAGCTTATAGTTACTAGTTCTATTGGATTGCGACCCCTGGTGTAATTACATAATTTTAAAGACACACCAATGGCGTCAGATGCAGCAGATTGATTTTATAATATCAGGGTAAACTTTCTGACACATTTACAACTCTGATTTACATTAAAAAAAGATTAAACTAAGAATAAACTTGGGTCTATTGGTGTGTGTGCGCTATTGCATGCAAGGTTTCTGTATATATCACCTCAGAGGATATTGGGGGTCGCGAGTCACTAGCATTGTTATTTTGGGGGTCGCAAGCTAAAAAGTTTGGGAACCCCTGCTGTAGATCATCCGGTTTCAGACTGATGAATATGTTGCCATACAGAATGATGATGCATTTAAAATGGTAGGAAACATTATAGTGTATATTTAAATAATCTATCATTTTAATTAGATGTCCTTCAGGAGGGATCGAGTGTTAATTAAGGGTGTCAATCCCCTCTAATACTCCCCCTGAAATTCGCACCCTGGAAACACCTAATTAAAACTTTGCAATAATTTGCTTCAGATGCAATCCCGGCTATATGTTTGACTAGCCAGTGCAACATATGTCATTTTCATTGACATAACGTATAAACTATTTAAAGTAGTAAATTATTATAGTAGTAAATAATAAACTGAAATAAAATAAATACAAACTATCGACATACAGTATTTTACTACAAAATTATTTTTTATTAGTTGATCATCTAATAAAAGTGTCAAAAATACATTGAGTTACTAACACAAATAAATAAAATCGAAATATAAATGGAAAAAATACAAAATAATTATGAGCAATAATCATTACTATAATTATGAATGAGCAATATGACACAGTAACAGTGTGATATGGCTGTATGTTGGCACTGGTGTGGCATGCCTCAGTGTCCCACCAGTGATGATATACAGCCATATCGCACTGCTCTGAGTGTGATATTGCATTTATACAACAGTTTAACTGCATAATCGTGTATATAACAAAGAAAATCAAACACGGAGAGTCTCAAAACCCTTTTGTATAAGGAACTACTTTCTTCCACCTTTCATTTACATTTGCTGACATGAGAACTGCAGAAACCGTTACTTCACCAACATCCCTTTAGAGCTAGTACTTGAATGATTCTCTTGCGTAATGTCTAAAGTGATGACAAAACAGGTGATTTTACTCACATTTTAAGGTAATAAGGCTGAACAGCATGAAATGCCATCAGTCTACAGAGATTTCCCAGTGTTTCTCTGTTGCATTCGGGATATCACAATAATTATCCGTGAAAAAGCCAAAGCAAACACTAGCAGATTACTATGGTATAAATACAGCACTACAACATACGAAAGAGAGAGATCGACTTAAAATGTTACTTACCTGTTTTATAATGATTTGATCAGCTGTAGTTAGAAATTAATTTTGTTCTCTAAGGACTTATTATGTGGTCTCTTTCGCCATTTTGTGGCACAACCATCTTTGCTCTGCTCAGTATAACAGGCAGATGGCCGTCCGAAATTATAAATATTCAAAATAGGCACTATCTTTATAAGTAAACTGCATAGTTTTCATCTAAACAAATACATTCTCACCTCAGAAAGCCTCAAAAGTACATTATGTTGCCCAACAGCTGCAATATTTATCAAACTGTTGTGAGTTTATTGATTTGCTGTCACTCTATGTGGGCGGAGTAATACACAAGAGTGAAGAGGCTGTACGAGTGCTGTTATTGCATAATATCGAACCGCTATCAGCCAATCAGATTTGAGAACCAGACAGAACTGTTGTATAATAGCATATAGTTATTTGAAAAAAAATATATATATAAATGAAAAAAAATTTACATTCATTAAAGAAACTGGAAAATAATCTGGTTTTAATCTGCATTTAACAAACTGTATGAAGATTGTAATGTTTAAAATTTTTTATTTGTATCTAATTCAAAACATTTTCGTATCATGTTTTAGTTTTGATGAATCTATAATAACACTGTTGCGCTGATTAAACACGCTCTCGTTCACGCGCTCTCTCATTTTCCATCTTAAAGTAAATTGTGCCACCCAAACGCACAGTGCTTGATCAGCGCCTTTGAAACGACTGTGACCCAGCTTTTACAGTTTCCCTCAGACACACACACACACATGCACACACACTTGTTCTGGCCCGTATCCCGTTCGGCACATTTGGAACGGGCTCTTCCTGTGAAGCAATAAAGCTCTGGTGTAATTCAGCCGTGATTAATGGCGGAGGCTGTGATTGAGTCTGCTGACGCTTTCCTTCATCTTGCGGTAAAGCACAGTCCTGCCATCTGCACCAGCTCACCATCCTCAATCTGTGCCCCTTTACATCACTCCTGACACACTACAGCACACCGACATGGGTGGCACAATTAATACACTATTTGATTGCATTAAGAATTGAAAGTTTTCAGATGTTTACACATGCAAATGAGACATTGTTTTGTTAAGTATGCACTAATTTGCATACATTTTAAAGAAGTGGTCCACTATGATGTCATATTTTAACTTTAGTTGATGTGTAATGTAGCTGTGTAAACATAAACAGCCTCTCTTAGGGGCGGACTGGCCATCTGGCAATTCTGGCAAATGCCAGAAGGGCCGGACCATTTTTTAAATGTGGGCCGGTCACCTATTTTATTTATTTATTTTTTCATATGTATTGTGTTTTAAATGTAGGCAGCTTTTATCTTGTGCGAGATGTGAATATTATGATGATGATGGTGAACATAGTAAGAATAATAGTAAATGTTAAGCATTGGCACAGTTGGCTTCAACCGGCTGGTTTCGAGATGGGCCGACCCAATCTGAGGCTACTCGGATGTAATCAAAATCTGGCAAGAATGTCAAACAAACAGTAAGTGCAAAAAAAAAAAAGGGAAAGGCAGTCAAGTCAGACATTGCCAAATACATAAAATTTACTGAACTAGTCTTGAAAGGAGTCAGTGTGATGGCGCAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCAGAGCAAGAAAGTCGCTGGTTTGAGCCTCATCTGGGTCAGTTGGTGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCGCGTGGATTTCCTTCTGGTTTCCCTCACGAGTCCAAACACATGCTATAGGTGAATTGGGTAGGCCAATTGTGATTTGGGTAACCCAGTATAATGGGTTGCAGCTTTGAGGGCATCCGCTGTGTAAAACATATGCTGGATAAGTTGCTGATTCCCAGATTAATAAAGGGACTAAGCCGAAAAGAAAATGAATGACATGATTGCATATATAAATGGGTTGCTTTTGTTGCAGTCACATACATTAAATGTTTAAATATCTCTTGAATAAGGTACTGCTTATATAATTTTACCATCTGTACACCAATGAATGTGCGTGTCCTTGGGTGGGGCTGTGTCGGTGCGGTAATGTGGGCTGGTGTGGCTACAGTGCCAGGGCTGATTTTTAGTCCCAGTCCACCCCTGGCATCTCTTAATGTAATATGTTAAAAGTTCAAGGCAAAGGGAGACATTGGCATTTACAGAATTACCTTAGCAAAGCCAACAGCAAACGAAGTTTGGGGACTACAAAAAATACATCCGGGTTAATGAGATCACAAATGCATCAGGTTACGCGTATTTACAATGTGCACACATCCCGTGCAGCAAAGGGGCATGGCCAGAGCAAGGTTACTATAGTTAATGAAAACGAACGATAAAACAAAAACTAGAATTGAAAAAACATTTTCATTAACTGAAATAAAAATAAAAACTAGAACTAACTGAAACTGTATTGTGGACAAACCAAAATTATTGCAAAAACATCCTTCGTTTTCTTCTTTGTAAATGTATTTAATTCATGAGGCTTTTAGACGTAAATTTATTTACTTTGTGATGGCAGTTTTACACCAGGGGCCTCATGTACGAAGACTTGCATTGAACTAATACTAAAACATTGTGTATGGACAAAGCTGTAAAAGTACGCATGCATTAAAAAATCAGGAATATGAAACACTGCGTATGCAGAATCTCACATATATTCTCTTTGTACATCCAAATTAACATGAAATTAAGCGCAACATGCACAAGTGCAAAACCTCTCCCTGCCTCCTCCCACGTATAAATATGGTAATGACTCCTCTTTGGCAAAACCAAATGAAAAAGCAATGGCAAAAAAAGCAAGCAAAAAGAGAAACTTTACAGAATGTGAATTGGAGGTGCTCCTATCGGAGGTAGACTGGAGAAAAACTGTGTTATTTGTCCTCCGGAATTAATAACAAAAAAATAATAAAATAGAGTGGGAGAGTTTAGCTGACGTGGTTAACGCAGTGGGGCTGAACATCGCACTGTGAGTGAATGAAAAAAGAAATGGTCCGATGTAAAGGTGCAGGTTAAAAGAAGAACAGCAGCGCACCGTCAAATTGTGGACCGAAGAGGCAATGGAACAGGGGATGCTGAACTAACACCCTATAAGGAGAGAGTTGCCTCAATTGCGGGTAACACTTTACTGTCTGGAGTAGTATCTGTGTCTGTGGGAGAAAAAGATGTATTAGAAAAACACTTTGTTTGGGTGGTATAGCAGCACCCCTCCATTCCTATATATATATATATATATATATATATATATATATAAATACAATGTTTCATTTTTTTTTAAATGATGTAGAAAAATAAGGTTATAATAGAAGGCAAAAGAAATGTTTTGCTAATAAATAAAGCTTTAAGTGAAAAAGGCCTCGAAGTGAAAAAGGTTGAGAACCCTTGATGTATAAGAAATAATATACAGAGAAATAAATCTGAAAAAAATCACTGGTAAAAAAAAGTGTACTGGCAGTTTATAAAAATGTTTTTGTGCTGTGAAATACAACATTAACCCAGACAATATATCACTTTTAGCTATTAATAAAAGTCACTTTTTCAAACTCTTTTAACCTTTTAAAGTTGTTGGAAGAAAGGTCAAGATCCCATAATGCAATTCAATAGCATAAACAAACTAACGAAAAGTATAAAAAATAAAAACATGAATCACAAAATACGGAGAACTTTAATAAGGATCAAATTTACAGTGTTTGTTTACTTCACAGACAAACATTTTGTGTTGATGACAGCTGCTTGTATCACTAAATGAAAGTTCTTTAAATCATGGTGCAAATATCTGGCATACAATATATGATATATGTTCAGATTTTTTTTATAAAAGAAGTTTAACCTTGAAGAGACTCTTATGAGAAGAAATAAGAGCACGGCTGAATGTCTGAGTCGTTTCTGTCTGCCTCTGCTTCTCTCTTTTCATTCAGTCTCTGGAAGTCTTTATAAATCATGATTTCTCTTCTATTTGGTCCTCTGTATTCATTATAGAGGAGGTCAGTATTGTCCTCTGTAATCATATTGATGAACATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTAG
Seq C2 exon
AAACTGCATTGCGTCCAGAGATCCATACTGCGGCTGGACCAGAGGAAGCACCTGCACACTCCTGAGACCCGGCACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000036626:ENSDART00000154285:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.042 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0140314=Sema=PD(1.9=16.7),PF0143720=PSI=PU(17.6=18.8)
A:
NA
C2:
PF0143720=PSI=FE(51.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]