DreINT0132837 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000036626 | sema6ba
Description
sema domain, transmembrane domain (TM), and cytoplasmic domain, (semaphorin) 6Ba [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-131024-1]
Coordinates
chr2:49554165-49571491:+
Coord C1 exon
chr2:49554165-49554382
Coord A exon
chr2:49554383-49571359
Coord C2 exon
chr2:49571360-49571491
Length
16977 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAC
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Exon sequences
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000036626:ENSDART00000154285:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0140314=Sema=FE(16.9=100)
A:
NA
C2:
PF0140314=Sema=FE(10.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]