DreINT0132840 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061976 | sema6bb
Description
sema domain, transmembrane domain (TM), and cytoplasmic domain, (semaphorin) 6Bb [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081105-129]
Coordinates
chr8:18947189-18952080:-
Coord C1 exon
chr8:18951931-18952080
Coord A exon
chr8:18947369-18951930
Coord C2 exon
chr8:18947189-18947368
Length
4562 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
TTGTGTGCTGTCTCTTTCAGATA
3' ss Score
13.24
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCGGGTGGTTGTGCCGTACAAGGCTCCAAATTCAACTCCTCCAACTCTTTCCCTGATGACATGCTAACGTTTGTCAAAACTCATCCACTGATGGATGAAGCCGTCCCATCTCTTGGCCAGAGACCATGGATTGTTAGGACCATGGTCAG
Seq A exon
GTAAGGTCAAAATGGGTCTTTTACTGTTAAATTCAGGTCTTGACATGCCTTTGAAACATTATTGGGTGATGATTCATCAAAAATGTTCTAAAATTAGTTTTAAATGTATAAATGATTTTATACCACACATACACAATAATCATGCATTCCCAGAGCATTATAAGCATGCACATAGTATCCTACATATAAATAGATTATTTATTTACAGGATGGGTGAAATATAACATTAAAATTGTTTATGTTGTATAATTAAAGGTCCCAATATTATTAGTAGTATATATAGGTGGTTATTATGACTCACTTTATTTTTTGCAAGCATGGCACACTTGGTACTGCTTTACCACATTGCAATAATTAGTGACTGAGACCCAATGTCCCTAGAATAATAGAACACAAGTAGCATCCCAAATAACACACTATACTCTTATACATGCGAAATGTAACACTTTTGTACAGGGCTTGACATTAACTTTTTTGATCACCAGCCACTGTGGCTAGTAGATTTCCAACAATACTAGTAGCCACTCGCCATTTTCACTAGCCACACTTTTCTTGTTGCGAAAATATTTTTTATATGCATAAATTTGACTTTGGTATGCTAAAATGACTTGGTTTAGGTTTAACTTCTTGTGTGTATTGTGTATTAGCTTGCTCAGTGTGCATGAGCAAATGGTTTGTGTCGCAATGCAATTGAAGTTTTCATTTCACATTACTTTTAAGGGCTCAAAATTAAGGATTTATCAAATTTATCTCTGATCACACCTAATAAGTATTTCTTCTCAATTTTTAATGTGTCAAAACAAGGAAAATATAGCTGAATAGGTGCGCAAAAAAAATTCAACAAAACTTTTCTTTAAAAAACATTACATTAAAAAAATGATTATTGTCATGTATCTAAAAGATGCACAGTAATCTGTCCTGGCTAAAAATCCCAGACCACCAGTTAACTACACATAAACAAGGAGTAATCCCCCATTAAAGCAATGTTATTGTAAAATAAAATATAATTAAACCATTTGAACAAAAATAACTGTAAGCGAATGAAAGCAGATGAAACATACTGTGTTTGATAATAAAAGGATGTTCACGTGCACACAGTTAATATAGGCCTTTTAATAATCTGTTCAAAGAATAATTCAAATGAAAGCAGTGACCACTGCTACTTACAAAACAATATGTATTTTTTTTTTTATCTTGAGCTCTGGAAAGCAGCTGGACTGTCTGTGGATGAACGATCATCGCTCTTTGTCCAGTCTATTTTAAAGGGAACCAGTTGCGCTTCCTTTAGGCATGGTTGGTTTGCGCAAGTAAACAGGTGCACGTGCTTTTTTACAGTCGCACGCATTACATCACATCACCTATGCGAGCGAGTGATCATCCTCTTGTTCAGTATTTACTTTCTTTTTTGCTGTTTTGTACGCGCGAACATAGTTATTTTTGTCAGTCGTGCTCCTTCTCGATTCTAAAATCACATTTGCCCGAATATTGGGCCATGCTTATTGTCGAACCCTGGAGATTTCCAACCAGCCAAAGTGGCGAGGGGAGGTGTCTGTCTAACCCGCCAGAGCTGAAATCTACCCGCATTAATGTAAAGCCCTTCTTTTGTAACACAAATATTTTTGTTCTTGCACCTTTTGAACCTTTGTATTTTGTACCTATAAATTGTACCTGTTGTAAGTGCACGCCATGATTTTGCCAAGTATGATGCGATCCTGGATTAACATCTATGTTAATCCTGGAACACCATTTTTGTTTGAAAATGTAATCCATACCTATTCCCAACCCTTAAACCCAACCATGACTGTAAATTATTCCCAAATTCTGAAGGGATTAATCAGAATCAGTTTTATTGCCAACTGTGCTCCACCCACACAAGGAATTTGTTTTGGCTACAGAAGCTTTCAGTGTACATAAAGTGACAAGTGACAACACAAAATAAATATTTAAAAAAATTTGATAAACACTAAACAGAGATGCAGTCAGTCAAAAAAATCTGGATGTTGAATTGTATGTACAGATTTGTTATAAATATACAGGTTATACAGTACAGTGCTGTGCATAAATGCGAATGGAGAAAGTATTGCATTGTGTATTGTTATAAGGTGCTGTGTACAAGTGTGTATGAGAAAGTATTGCATGGTTATTGCACAGTTAGGGAACATTTAACTGTTCATGAGGTAGATGGCCTGAGGAAAGAAACTTTTCCTGTGTCTGGCTGTTTTTGTGCTTAGTGCTCTGAAGTGCCGACCAGACGGTAACGGTTCGAACTGATAGTGTGCTGGGTGCGAGGCGTCCAGAGTAATTTTGTGAGCCCTTTTACTCACTCTGGAAGAGTACAGTTCTTGAAGTGTAGGAAGGGTAGAGCCAGTGATTCATTCAATAATTAATAGTTGGATAAAAATCTTGCAGACGTGAATAAACCTAACCATAGGCCTAATCTTAAGATAAACGGTAAACATATCTCTTAATTCTGATTGGCTGATTGGAATGTTGTTCCAGGATCAAGATAGATGTTAATATGGTTAACTTCAAGTTGAAATTAGGTTGGGGTGTCGTGAATACAACCATTGGGAGGTGGCAAAATGACTTTCATTGTAGAGTTTTGCATGCACAATCCAAAATAAGTAATCCAACCTTAGCGCCCGATAGCTCCTCCTCTTCTGCTATTGACCTTATTCTAAAATGCGGAAGTGCGCCTGTTTTCGCGATTATCTTCGAACTTCCGATTCAGTCGCCTATGGGAGAAATAACTAGGAATAATAAATGGCAGAAAATGGTCAAACTACTTGCTCTACAAACAAATGTTTGCATGACTATACAGACCAAGTAGAATAATATAATTAGAAAATAACAAATTGCAACATCAAGCAGCGTAACGAGCAGTTTTTAACGTCAAAAAAATTAATGGAAGTGAATGAGACCGGAGGTCTCGAGCCAAAAAGATTCAAATGGCAGCGCCCGCTCGTCGGCGGAGAATAAGGTGAATATAAGGGATTTAAAGTGCACTTATTCTTTTAGAATTTTCAGTGTGAGTACACCTCTTACACAATGGTGTAAACTAGTGCATCTACACTACCTGACAAAAGTCTTGTCGTCAATCACAGTTGTAAGAGCAACAAATAATAACTTGACTTCTAGTTAATCATTTGGAAAAGTGACAGAAGGTAGATTTTCAGACAATCATTTGTTGAACTGCATCCCAATCATCACAAATACTGTAGAAGACCTATTGGAATCCACATGGACTCAAAATTCTCATAGAAATTAGTCTAGTTTCATCAAGTTTAGTGAATAAAAAATCATGGTTTGGGGTTACATTCACTTTGGGGTCATGTGAGAGATCTGCCGAGTAGATGGCAACATCAACAACATTTGTGCTGCCCATTACATTACAAACCACAGGAGAGGGCAAATTCTTCAGTAGGATAGTGCTCCTTCTCATACTTCAGCCTCCACATCAAAGTTCCTGAAAACAAAGAAGGTCACGGTGCTCCAGAATTGGCCAGCCCAGTCCCCAGACATGAACATTATTGAGCATGTCTGGGGTAAGATGAAAGAGGAGGCATTGAAGATTAATCTAAAGAATCTTGATGAACTCTGGGACCACCTTTTCCACTGCAGCATGACTTTATATTCTATACTCTACATTATTTCTGTTTAGTAACAAGACTTTTGTCTAAGCAAAGTCAGAGCTTACTGTCCTAATTAAATAGTTAAAAATCAAGTCATGATCATGTTGTATTTTGGTAAAATAAGCGTAATCTAGCAGCCTTTGTCTTTCATATAAGCCACTTCTGATACTAAATGATCAACTAGAGGTCAAGTTATTATTTGTTTTTCCTAAAACTTGGATAGACAAGACTTTTGTCAGGTAGTGTATACACGATTTGGGACTTGTTTCCTTCATGAGGGGTTTTGACATCAGGAAGGCTTTGCTTCCAGGTGCTTCCACATCTCCTGGAAATCCTGTAATTGGATAATGATTTCGGAGCTCCTGAAATGTTCCCATGTTGTGTGCTTTATGCATCAGACGTTCAGACAGTAGTCTGTGGACATTTCATGTGCATGTGGCTAAGCTTCAGAATGGGCTTTTAGTGAGATTTTTCACATACCTAATCTAAATAGAAAAAATAATGAGCATTATTTATCCATTAAATACGCTAAACTAAGCTTTTGTTCTCTAAGAGGCATGCAAAACATTTGACCGGGACTTCATGTCTGCTAGCATTAGTATCTGTCCAATCTCTGTGTTCAGAGACTATATGGAGTTTCAGCAGCTGGGGTTTCTCAGCGTCCCACAGGGCACAACAAAATGATAGTGACAAGTTGTTTGTGTCATTTCAAACACTCTGGGAGATCATCTTATTTTAGAAAGCTGAATCATCATAGCAGAGCAGTTTGGACTGTTTGCTCAAGATATGTCAGTTTGTCAATGCAAATTGCTTTTTCGCAATTTGTGCATTTTGTTTTTTTGGCAGCAGCTTTTAGTTCATAATTTAACGTCTTTCTTCCCCCTCGGTCTCATTTCGAGAACGAATTAAGTTGTGTGCTGTCTCTTTCAG
Seq C2 exon
ATACCAGCTCAACAAGATGGTGGTGGACACAAACGCCGGGCCTTATGGGAACCAGACAGTGCTTTTCCTGGGATCAAGCCGAGGAACCATCCTCAAATTTCTGGTCACCCCTAACAGGGATAACACCGTGACCAACAACAACGTGTTCCTTGAGGAATTTGAAGGCTACAACCCTGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061976:ENSDART00000089024:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.196 A=NA C2=0.012
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0140314=Sema=FE(11.9=100)
A:
NA
C2:
PF0140314=Sema=FE(14.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]