DreINT0132844 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061976 | sema6bb
Description
sema domain, transmembrane domain (TM), and cytoplasmic domain, (semaphorin) 6Bb [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081105-129]
Coordinates
chr8:18906186-18934756:-
Coord C1 exon
chr8:18934698-18934756
Coord A exon
chr8:18906402-18934697
Coord C2 exon
chr8:18906186-18906401
Length
28296 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGA
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
TATTCTTTCCATGTGTTTAGGTC
3' ss Score
10.14
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTTCCCTTCGAGCAAGACGTTGAGCAAGGAAACACTTCTCACTTGGGCGACTGCGACG
Seq A exon
GTAAGAGAGCATTTTTATTACGATGATAAAACTCTTCATACTGTGACCTCCCGTCCTCTTCGCCCTGTCAGACTTGCAGCCGCCGTCATTTTCCGCTCCATTTTGAGCTTCTGTGTTTTTGTTGCGAGAGGCTCGGTTCGGCTGCGATTGGATCACAACTTGCACTTTCTATTTATAGTATAGTTCCCCCTTTCATCTGCGATTATGTTCATCGTAGAGTTCTGGGTGAGCCTCTTCATCGCAGCAAATCAATCGTTCAGTCTGAAATATTCAGTCGCTGTAGAAGCTCTTTGATCTCATCGCTGATTCTGCACAGGCATTGGTGCGCGTTAATCTGGGGTCCACCACAGGAGACCTGGCTCATCTGCTGTGAGCCACAAACACTCGCATGTATAAATATTGCATAATGATCGTGTCTGCCTGGCTGGATTTTAATCTGCTCATCAGGAGCGTTTGAAGTTTCCCAGCCCCTGTTTTCAGTTGTGCTGCACAAGCCAAAAAGTAATGGGGTGCTGGGGCCAACTGCTGGATTCACTAATGTCTTTCCTAATGGAGAAGATCAGTAAGTCAGGGGAAAATTGTTGATCTGTCAAAGCAGCGTGGGTAATGTGATGTAAGAGAACGTGATTCTGCTTTGCTTTTTGGATGATTTTACGAGACTTATCATCTTTAAAAAAACAACTTCACCTAAAGATGAAAATTTCATTTGTTCTCCCACATGTGGGTTTAAATCTTTATTGGTTTCTTTCTTCTGTTGAACACAACAGAAGTCATTTTGAAGAAGGCTGGTTGCTGGAACCAATTCACTTCCATATTAGTGGGAAATGCTATGGAAGTCGATGTGTGACAGGAGCCAGCGTTGTTCGAAATATCTTCTGTTGTGTTCAACAGAAGAAAGAAACTCAAATAGGGTTTAAACAAGTGATGGTAAAGTGAGTAAATGATGTGAGTATCTGGTAAATGATATTGGAATTCCTTTTATTCTCAATGTTATTATGCAGCACTGTTACCTAGTTTCCTAAATGGGGTGATTTTCAGGCACTGCGTAATATCTTTGCACCTAATGCAGCCATAGTACAGCAGTAAAGTTTCTTGATTAATAAGCCAGAATGAGAGTATACTTCTTATCTATAATGACCGAAAAATTGCCTCAGTCTTAGTACATGCTGTAACAACAGCATACTCAAGTTTTAAATAAGAAAACTCTTATTTTTTGTAGCAAAATGCTAATGGTCTAACCCATTTAACTGATTTATGCTAAGCTAAACTAAAAGTGCTTCTGCTAGATCTGGATATCGGCTGAATGGGTTTAAAAGTGGTAAAACTCAACTTTTTAAATCTAAGTGACTTGTAAAATTTAGATTATTCTCCCTCATGTGGGTTTAAATTTTTATCTGTATTTTTATCAGTTTCTTTCTTCTGTTAAACACAACAGAAGTTATTTTAAAGAAGGCTGGTTGCTGAGACAAATTCACTTTCATATTAATTTGTTCAGCCAATCTCCAGATCTGGCGAGAGCACTTTTATCTTAGCATAGATTATTGAATTAGATTAGACCATTAGTATCCTGCTAAAAAATGCAAAATATATAAACTTAGACTTTTTTGTAGTTACATCATGTACTGAGACTGACAGAAAATGAAAAAAGTTCCTGTTTTTATCAATTGTATTATGCAAAACTGGTACCTATTTTCCTAGCTGGGGGCTATTTTTAGGCACTGCTTAATATCTTTGCACCTAATGCAGCCATAGTACCGCAGCAAAGTTTCTGTATTATTAAGCCAGAATGTGAGTATAGTTCCTATTCAAATTGACCTAAAATAGCAGCTTTTCAAATTTCCATCAGTCTTAGTACATGCTGGAACAACATTTTTGGAACATTAATGGTCTAACCTGATTCAATGATTTATGCTAAGCTGAGCTAAAAGTGCTCTTGCTAGATTCGGAGATCGGCTGAATAGATTCAGAAATGGTAAAACTCAACTGTTTAAATTGAAGTGACCGGCAGCTCGCTTTCTGCAACTCTCACATAAAGCCCACTGAAGCTAAGCAGGGCGTGGATTTGAAACCGCATGGGAAAGCAGGGGGCGCTCAACCTGTGGTTTGTGTGGGTCCTAAAGCCCCAGTATACTGATGGGGACTCTATACTGCTCAGTGAGCACAGTCTTTTGGATGAGATGTTAAACCGTCATCCAGACTCTCTGTGGTCATTAAAAAAATCACAGGATGTTCTTCAAAAAACAAAGTAAGGGTTTAACCCCGGCATCTTGGCCAAATTTGCCCACTGGCCTTTGTCCATCATGGCCTCCTAACCATCCCCATATAATAATTGGCTTAGTCACTCTGTCTCCTCTCCACCAATCAGCTGGTGTGTGGTCTGGCGCAATATGGCTGCCGTCACAACATCCATGAGGATGCTGCACACTGGTGGTGGATGAGGAGATTCCCCCAAAACTGTCTAAAGCACTTTGAGTGTCCAGAAAAGCACTATATAAATGTAAGAAATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTACTATTATTAATATTATTATTATTATTAAAATGAGCTTACTTTCCTAAAAACAGTTTTCCATTAAGGAGTATTAGATTCAGAGAGACCCGCACTGACTTACACCAGTCTTGATCAGCATGCAAATAAAAAGCTGGTCTAGAAGGCGGAGCATCGCTTTAGTGTCTCGACTGGGGACAGCGCCTCATTCTTCATCTGTAATAAGTCTTGTGTAAATAAGTGTTTGCCTGCAAGGCTTTGATCAGCCGAGCGCGTGTCCCATCCATCACGCTCCTCCAGTCTGCTTCTCCACAGGCCGGGGCTGGAGAAGTGCTCGCTTTAGAGGATGTAGCACTGCATCCATCACGCTTTGCACCCGTCGACTGGCTTTCATCTCCTACCGAGGGGTTACAGATTCGGGGGGCCATGATGGAGATCACCAGGATGAATTTGAACTTCACGTGACCCCATACATGTCCAAGAGGGCAAACAGGGGATGTTAACAGCTCCTGCTAAATGACAGAAAAGTGGTCCGTGGAAGTGGGGGCAGAGTAGAGGAATTGATTTTTAGCTCGTCTCTCTGACTCGGTCTGGGCTGAATGATTATGAGGGGGGAGATCTATAAACCAACCTGAGAGATGCAGAATGCTACATAGATGGATATAGGGAGGCTGGTATGGATGGGGGGCCGTTGGTGGTTGTCAGACGCGCTGGAGCCCTTGACTGAGGTTGAATATACAGGGTTGTGAATGATGCTGGGATGTCTGCCGTGTCACAGAAGCACCGGTTCCCAAAGGCCAAGCGCTTGATATTACTCTCTGACATGAGCCTTATGTATAGCTGAAGCAATTTCTCATTCCCCCGCTCTCTCTTTCAGCCTTTCTCGGTTTAAAAGTTGTCTCATTTTTCTCACTCTGTTTCCCCAAAGCCAGTACTCTGTAGAGCTGCAGTAGAAGCCGCTGGTTGACAGATGGACATTAGGATCAGATATTAACTTTTCTATTTAGGAATTGTTTTTTTCGACAAATGCCAATTGAAAATCTTATTTTTTTTTCATATTTCGCTGTAATCACTACAGCTTGATATCTTGAATATGTGCTGCATTTATCATCATTTGTTTGTTAATGATTGTTATTTATGCGTCGTTTGTTTTCCTATTTGGAATAAAATATGCAGAAATGAGAAAACTGACATTTTTAATTTTCTCGTTTGAAAAAAAAAAGTTTCTTTTATTTTTTTAAATTTATGTGTGGAAAATGGATAAAGAACTTCCAAATTAATTTTCCAGATGTGGGTGGTCATGACCCCCCCCCCCCCCTACTTTTTAGCAATTGGTCAAGCAAATCTGAGGCTGTAACGTCGTTTTCAGTTTGTTCAACAAAGTAATAACATGTGCGATCTGACTTTCTTCTGTGCATTTCACAGAAATATTGATCAGCACCATTGCTGTTTAATTAGCTGTGCATAGTTCACCTGCGCTGTCTACCTCCTTTTTAAGATATTTTCTATTTGTATGCTAGTGCAGAGGTGGACCCTGATGATCTCTGTTAAGAACTGGTTGCATTCAGTATTGGAAAATCTGTACTTAGACCTGTCATCAGCACGGATCAACCATGCTAAACTGGATATTTTGACTGTGTGAAAATCTATATACAGTTAAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCCAAACCCCCCCCCCCCCCCCCTGTTTAATTTCTTGCCCAATTTTTGTTTAACGTACAGAAGTTTTTTTTCAACACAATTCTAAACATAATAGTTTAAATAACTGATTTATTTTATTATTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTGACTAGATATTTTTCAAGACACTTCTATACAGCCTAAAGTGACATTTAAAGGGTTAACTAGGTTAAATAGGCAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTATTGTACAAAAGTGGTTTGTCCTGTAGCCAATCGAAAAAATATATAACTTAAAGTGACTAATTATTTCAACCTTAAAAATTGAAACCTTTAAAAAATTAAAAACTGCTTTTAATCTAGCCAAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAAAATATTATCAGACTTACTGTGAAACATTGCTTGCTCTGTTAACATCATATGGGTAACATTTAGAAAACAATGAAGTTCAGTGCTGAACACTCTAGTTAAGCTGCTCGTCCTATTGCATTGATTTACTAGCCAAAATTTTGTGTGTTTGTCCTCTATCCATCAAGTGACAGTATGTACATTTTAAAAAATCTGAACATTTAATTGAATTTAAGTTTAATTTAGTTTAGACATTTTTATCTCAACAATAACACAAACAATCAAAAGGTTACATGAAACCCCCTGCATTCTCCCTATGGGATGGTGGGCCAAATCAAAGGTTATCGTGGGCCAACTTTGGTTCGCGGGCCCTAGTTTGGGCATCACTAGTCCACTTTTGTAGCATAGAACTATTTTTTTTTCCTGTTAAAG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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]