DreINT0132853 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000002748 | sema6d
Description
sema domain, transmembrane domain (TM), and cytoplasmic domain, (semaphorin) 6D [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1933]
Coordinates
chr19:390091-406710:+
Coord C1 exon
chr19:390091-390189
Coord A exon
chr19:390190-406580
Coord C2 exon
chr19:406581-406710
Length
16391 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTGAGT
5' ss Score
9.89
3' ss Seq
ATCTTTGATTTCTCCTGCAGTTG
3' ss Score
9.39
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTGACGGAAAGAACATGGTGTTGCTCTGTCATCATGGCGATGGTCTTATTAGCCTGGCTCCTCCCACTCATTACTTCTGCCACGCCTTTTCCTAGAGATCTGCAGCCAATTAGTGTGGTGGGATTGGACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000002748:ENSDART00000136361:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]