DreINT0133807 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000011564 | sfpq
Description
splicing factor proline/glutamine-rich [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2452]
Coordinates
chr19:40446096-40452786:+
Coord C1 exon
chr19:40446096-40446205
Coord A exon
chr19:40446206-40452280
Coord C2 exon
chr19:40452281-40452786
Length
6075 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAATG
5' ss Score
5.46
3' ss Seq
GACTGAAACGGTCAATGTAGCGC
3' ss Score
-0.21
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATGTCATTTGGATCACCAAACCAGAAGTTCTCATTGACCGGAATGAGCTTTGATGGACACCAGGGACTAAGTGGATCAACACAAGGGGGCCTAGCGTCCAACGAAATG
Seq A exon
GTAATGTTTTCATGAGTTGAAAGCATGAGTGAATGTGAGCGTGTGTGTGTGTGGGGGTCATTTTTGGTCTATATTGTTTGAGGTGACCTGTAGTGGTTTATAAGAAATGAGGGACTTTTCTGTTTGTAAGTGGATGGATTTTTTATAGGCTTGTCAGTGGACAGCGCTTTTATTTACTTCCTTGGGATTTGATTATATTGCCTCCATCTAGTGGTAGATGTTGTTGACCACACTTAAGCTCAGCTTCCTCATTTTTCTTTTTGTTGATTTACTAGTCTGTCTGTACTAAAGCCCAGGTATTTTATACATATGTTTACGACTCCTACTTGTAAGTCCTGTCTAAACGACCAATAAAGACAGGCATTTTGCACTCTGTTTGATGTGTAGTCTTTAATTTTGCAATCTGCCATCAAACACCCAGTGAAACGAAATGAGAAGCAATACCCTATGAAATGCTGTGCTTGTTTTTGTCTTGAAGTACTGTAGTTTTTTACTCTTGCAAATCCATGGCGAAGGCATGTCAGTGTTGCGATGGTAATTACGTGGAAATGCAATTTCCATGCTTGTAGCTCTCTGTAGTTTTGAGACACTGGGCATTTAGTACTGATGGATTTTAAAAGCAACTTAATCTAAAATAGATATGAAATGAATCTACAGTCTCGATGATGTTGCTGAGCTTTTAAAGTGCTGGTTGGTTTTTGTTGGCATTCGTATTTGGATTTTGTTGCTTTTGAAAGGAGAAAATGGAGTTTGGATTTATACATATTTTCTGTACATAAAGGAGATTGGGAGTTTTACTTGATGGTACGCATTCACAAATCACCAAATGCTCATCTCTAAACAAGACCAATACAATAGCTTGGATTAATGTAACTGCACAGATACTTCAAAGGGGCTATATGTGAGAATTTGTACATCCTGGTCTTATTCGAACAGACTATTATCAAAGGTGTGGCATTATATCCCAATGGCATTATGTTTACTCAACAGGAACCTTTCATCTGTTCTGACATGAAGACAAATGTTTAGAAAATGTTCAGGATAATGAAGGAAGAGCTAATTTGTACGGAAAAATCATGGCATAATGCAAAAAAAGAGATTAATCCATACTATAGCCTAAATTATTACAATTGCAAAAATGATACTGGTTAGTTGCTGAGCTTCTCATGCACTACATCATACACACACACACACACACACTAGTGTAAAAAATGTTGATATTTTCATAAGTATCGATACTGGAATATTTAAAACGATACAGTCCTGCTTTTGGTTTGTATCAATACCAGTTTGGCTCTTTTCTCACCAGCAGCAGTTGACTCATATGCTGCACGTGAGGGCTCTACAGTACACAGCCACATCTCCTCGGTGTCCACTATTAATTTATTTAACATTCAGTGCACAATAATGAAGTGCAAAACAGAAAGGCTTGACTTCAGAAAGTGATTACTGCGGTGTCACTTTTATTTAAATCAGAAAATAAGAATATGTAATAGTCTTTAGTGTGATATCTCGGTATATAATATTTTATTTTGTGCTTTTTTGACTCTAGGGCTGTTGGCGTAGGCCTAGAATAATATTTATTTTTACTTTTTAATATTTTGTAAATTAAATATGGATTATTCCTTGCAATATTGAAAATGGTAGTGAATATCAATATTTTTCTTAACGTATTAAAGTTAGAAATTTATGACATCGCTAACGCATGTGTACACACACACACACATTTACATTTAGCAGATGCTTTTGTTACAATTGTTACAATCCGCATGCTAGTTGTTTACATGTATAGCTGTTAAAAAATAGTGCTGTTGCTCTCAGCAGACGTGGCATCTTGTTTATTAACAGTTTACCAACAATATATTACCCAACTTTATCAAAGGCTGAAATAAATTTTGCTATCAAGTGAGGGAATTATGTCATTAGCCCCTTTCACACAAAATTTTTCCAGAAAATTACCAGTTAATAATCGTAAAGAGATTGTGTGTAAACCGGCCCTTTTAAAAAAATAAGAAGTTGTAACATTTTCAGTGAACTGCAAATTCGTGTGTCTATGTGAAGAGACAGAAAATTATCTTTATTGCTATATCGGCATGTACAAGTCCAGAGCACGCTGACATGAGAGGTCTATGCGCGTCTGTTAGACAATAAGCTTCTTGTCAGTTTAATTGTACTTATTCAAAGACTTTTTGTGTGATTTGCCAACTGGGGATTTTGGTAGTCTTGTTATACAGAGGGTCTGACAAGCTGCATCACATTCAAACTTCAACACCACTGTAGACAATTGCTATAAATAGCAAACATATATTTTTTAATATAATACTCTTAATTGTTGTTTGTCTTTTGAAACGCAGCTGTGTGAAATGAGAAAGTTTGAAAGGAATGAAGCTGTCAACAAAAAAGATTGACTCCATGCTTACAAATACAAGCGCAACTGCTTAGAGGTTTCTTCTGGTTTTGATGTTGCAGAATTTACCAGTATTTTGTAATGTGTATTGAGCTTCTCAAAAAAGAAAGGGAAAAAACTCCCATTTCCTGTGTGAACAATGCGTTTTTAATTGTTTTTTTAATTCAGCTCTGGTAATTTTACAGCAATTTATTGGTATTACTGTGTGAAAGGGGCTCCTTTCAGATTCTAGTAAATAAGTGAATTGCAGCCAGCAACATTCTGCTTGTGCATACGCTCAGTGACCCTTGTTGTAGCTGGTAATAATGGTTTTTGAATTCTGCATATAGCCCCTTTGTGCATTTGAAGTCTATACATACTGACACAATTTATACTACATATTTACCTGAAGATGTGTTGCATGATTGATTGGTGCTTTTGCTGCATCAAGCTTATAACTGAACATTCTGAAAACTTATTTACAATCATTGATTTTAAAAGTGTGGGAATGAGTTTACCTTCCAATAGAATTCAGCAAGAAGGACCCGTTTATCTGCCATGTTTTAGAGAGACATGAGTAAATGCGTAAAATTTGGAAGTGAATCTGTGTGCATACATCTCAAACTGTTGATCTAAATCTCGATTCTATTGAACCTTTATGAGTGGAACGAACAACTGGATTTTGCATTTAGCAAAGGAATTTTATTTTGATTGAGCTGTGATGTTTTTTTTTTATGTGTTCAAAGGCAAGTATATTTCGTTTTGTATGTGAATGTGTAAAGTGGGCAAGGATCTTTCTTTTTACTTCTTTTACTCATTTTTAACTTCTAAAGTCAACATGAAATCAAAATGGACCACAAATGATTTTTTAAGTGTTTTGTAAAAGTTATTCTAATCAACAATCTTTGTAATTTTATAACATGCTCCTCTTTAGACTTTTCTCCTTTATGAGGGAATATTACCAAGGCAAAGTAAATTCAGGCCTATGAGATCTTGTGTATCAATCGAAAGTATCATTAATGTACAAATCTGAGTTTCGTCTAAATACAGATTTAGAATTTTCTTTGAATATCATGTTTCACTTTGAAATATTGCCTAGTGAAAGAAAAATGGGTTGCAAATGCAGTTTCATGTTGACTTTAAGTGGTCAATCATTTTTGTAGAAATAATTGACCCATCAACATGATGTAGTGGCAGATCTTTATACAGATTATCAATATGCTGCAGCAGTGTTGAAAAACCCATTCAACTACCATGTTTTCAGATTTTGAGGATTTATGATCAGAGTTTTGGAATCCACTTCAGCATTTTTTTTTTTTTTTTGATTGGTCAAATTATTCAGTTGAACATATTATTACATGTAAATAAGAAAATGCTGCTTGTTTTAAATGCAATCTCAGGATGTCATTTTTTTACACTGCAGATATATTTCACCCAATCAGCTAAAACAAATGCATGATTTAACACTTACAAACGTATAATCAATGTTGTACCGTATTTTCTGGAGATAAGTGACATTTCATTCTTGGCCATATCAAAGTTACACTATTTATTTGAACAATATTACATGTAAATAAGAAAATGCTGCTTATTTTAAATGCAAACTCAGGATGTCATTTGTTACACTGCAGATATTTTTCACCCAATCAACTATCGCAACTGCATGCTTTGACATTTACAAGCGGCAAATCAATTTTGTACCGTATTTTCTGGAAATAAGTGACATTTCTCTTTCAGCCATGTCAAATTACGCTGTGTGAAAAACAATTAAGTTGCGTTGGTGTATGCTGCATTTTGTAATTTTCAGAAATGTAAAAATAAAATAAATAAAAGCTACCGGTAGCTTTTGGTAGGGTGACCACCCATTCTGCATTTTGTAGGACAATCTTGAAATGGGAAACATTTTGTCTTGTAAAATGTACGTTGTGTCCCATTACATTTTGTCTTGTTTTCTACCCTGAAACTAAAAAACGTGTTAACACTACAAAGTGTAAATGGTTTTCTGAATAGCCATTTGCACTGTTGTCATATAGGCACGTTAGGAAAAAATAACCGACCATAGTGAACATTCATGTTTGTTTTTTTTTTTCCAACTTGTGGTCACAATGAAAAAGAATATATAGATAAACAGATAAACAATATTATATTGAACAATATTATATTGAACTGTGATAATTTGTCAATAACAATGATAAACTCTGGACTTTTTTACTCTATATTGATCTAAGAGGCAATCACACAGTAGAACTGCAACAATGGGAATCTCGAAGTGTGTTGATGTAGCAAATTTTTGACCACAGAAGATATATCAGCTGAAAATGTTGTGCCATTTAATGGAACTCTGAATTTGTCTTCAGTCATTGTTGCGGTACTCTTTTAAATCTGGAGGTATTAACTTATGTCGAAATATATATTGTTGTCTTCAATATGGACAAAACAATTATCGAGATTGCATTTTTTTGCCATATTGCCCAGCCCTAAAACGTCCTGCTTGAAGCTGTCAAATCTTATTAAATACAAGTGTACGGTGCACTGGATTTGGTAAAATGCTGCTAAATGTATTACTTGGTTCACTTTGTAAACTGAATTAGTCCTGAGGGATTGCATGACTCAA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Seq C2 exon
CGCAATGATCGTTTCCAGCAAGGTGGCTCAGGGGGTCAGAGGGGCATTGGTGCTGGAAATTCAGGATTTGGCAGGGTCCGTGAGGAATTTGATGGACCTGCCAAGAAGCCACGCTTCTGATCTGGCACTTTAAAAGCAAAGCTTGTATGTGGAATTCCAGAGACTCTGATTTAGAGTCACAATTGATGTATTTAAGTTTAAAGAATTTTCTTGCAGTTTTAGCCTGAAAACTCATCCCATTTGTGGCAAGATTTTTTTTCATCATATTTTTATTTTGTATTCTTAATAGGTTTAATAATAAAACAACTGAAGTCAGAACAAGCATAGTGCTTCTAACATGTAATCCCTACTCGTACTAGTCTTTATCTTGTCATGTTGCTTGTGTTATACTGGTGAATATTGTAAATTTGTTCTGATCTTTCTATGGCTGTGTTCTGTGCCATTCACATTTAAAATACTTCATGTACATTTTCAATAAAGAGTGCAGTTGGTTCTCCCAAACCCCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000011564:ENSDART00000017359:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]