DreINT0133920 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000026137 | sfxn5b
Description
sideroflexin 5b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050706-107]
Coordinates
chr14:46345156-46348007:+
Coord C1 exon
chr14:46345156-46346747
Coord A exon
chr14:46346748-46347007
Coord C2 exon
chr14:46347008-46348007
Length
260 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTCAAA
5' ss Score
-11.71
3' ss Seq
TTAAGATTCTAAGATAAAATGTC
3' ss Score
-15.23
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCGAGGCATCTCACCTTGAGCCGGAAATTGCCATGGCAACAGATTGCAAGGTGCTGACTTACAACAAGGGCCTGTGATGAAGACGAGAGGAGTTTAATCAGCTGCAGACGACGGTGCAAACAGTGGCTGTGTCTGAAATCAACACCTATACCCTTTAATAGTGCACTGTTTGAGGGAGCAGCCATTTGTAGTGGTGCTTTAAACCATAGTGGTGGATGTTTAATCAAAGCACAGCAATATTAGGGGAAAATCGATGTACGGTCAATGATATGGAAGTCCCTTTCTGCCAGGTTAAAAAAAAAAGCCTGCCTTTAAAAGTCAACATTATGAGATAAAATGTCCAAATTGTGACTAAAAAGTTGAAATTTTGAGTCTAAATTCTATTTTACTGTCAAAATTGTGATTTGTAAAGTCTAAATGATAACTTAAAAAGTTGAAATTATGATTTTGCTTATTGAAATTATGTTATAAAATGAAAGAAAGAAGTCCTGACTTAGTCAAAATTATTATTTAAAAAAGTTGGAATAAAATGATGACTTAGCAAGTTGAAATTATGAGATAAAATGTCCAAATTATGAGTCAAAAGTTGAAATTATGAGATTTATTTAAAAAAAAAGTCTAAATTCTAATTTACTTTACTAAAATTACTGAAATTATGTAGTCTAAATTATGAGATACTAAGTCAGAATTATGATGTAGCAAATTTAAATAATGATATAACTAAGTTATGACTTATGACGAAATTATGACACATTTTCAAACAGAATAGTTTTAATTCTGATTTACTGTCAAAATTATGAGATAAAAAGTTGAAATTATGATTCAGCAAATTTAAATTATGAGATTATTTTGACAGTCAAAATTATGATTTATAAGGTTTGTATGAGATAAAACATTTAAATTATGAGATAAAACATCCAGTTTATGACTTAAAAAGTCAAATTATGAGATAAAAAGAAGGAAAGAAATTCTGACTTAGACAAAATTATTATTTATAAAATTGATTTGAGATAAAAACATTTCAATTTTGACTTAGCGAGTTGAAATTATGAGATAAAATGTCAAAATTATGACTTAAAAAAATCTAATCATGAAATAAAAAGTCAAAATTATGACGTAAAATGTAGACATTATGGCAGTCAAAATTCTGATTTATAAAGTTTGTATGAGATAAAAACTTCAGCAAATTGAAATTATGAGATAACATTTTATTAAATTAATAAATAATTTATTAAAAAGTCAAATTATGAGATAAAAAATAAAAAGTATGATGTAAAAAAATTATGGTAGTCAAAATTTTAAAAATTGTAATTGTTTTTTTTTATTATGACTTAAAAAGTCTGAATTATAATGTAGCAAACTGAAAATATGAGAAAAAAAATTAAATTATGACTTAAATTCTGAAGTCAAAACTATTAGAATAAAAATAAAAATTCTAACTTTAAAAGTTGAAAATTTGATTTAGCAAATTGAAATTATGAGATAGAAAAGTTAAAATTCTCACTTAGTCAAAATTGTGGTTTAAAAGGTTTGCATAAGATAAAAAAAAACATTTAAATTATGACTTAGCAAGTTGAAATTATGACAAAAT
Seq A exon
GTCAAAATTATAACTTAAAAATTCTAAATGAGATAGTCAAAATTATGATTTATGGTTAAAATTATGATTTGTAAAGTCAAAATAATGAGACAAAACTATGAAATTATGACATAAAAAGGTTGAAATTGTGTTTTAGCAAATTGAAATAAAAAGATAGAAAAAGTTTCGATTCTGACTTAGTCAAAATTATGATTTATAAGGTTGGTATGAGATAAAACATTTAAATTATGACTTAGCGAGTTAAGATTCTAAGATAAAAT
Seq C2 exon
GTCCAAATAATGACTTAAAAAGTTAAATTATTGATTAGAAGTTATGATGTAACAAATTAAAATTATGAAATAAAAAGTAGAAATTCTGACTTAGTCAAATGTATGATTTGTAAAGTTAAATAATGAGATATACTGAACAAATTATGAGTTAAAAGTTGAAATAATTATTAAGCAAATTTAAATTATGAGATAAATAGTTTACACTCTGACTTAAAAAGTAGAAATTATGACAGTAATTAAATTATGATTTAGAAAGTTGGTATTATGAGATAAAAAAATGATGACTTAGCAGATTTAAATTACGAGATTTAAAAAATCTAAATTACGGCATAAATTGAAATTACAACAAAGTTGAAATTATGGCTTAGAAAGTGATCGTTTTGACTTTTTAAGTCCAAAGTATGATTTCTAAAATAGAAATTATAAGACAAAAGTCAAATATTTTTCTTAAAGTACAAATTCTGACTTTTAAAGTTGAAATTCTGAATTATTTTCTCATAATAATGAGAAACCTTCTCAAAATAATGATAAACTTTCTCAAATTACGAGAAACTTTTGTTATTTTGACTTACTTGTTGCACGCAAATCTTGATAATTGTCTTTATTAATTTTTTTCTTGCCTGGAGGATATGGACTTCCACACACTGGCAAAAGTACCCATAATTATTATTAATATTCCACTGTGAGAGTTTGTGCGGCAAATGAATTTCTGCATCAGACCACAAGGCGGCGTCCACATGGGAATCCTATCTGTGTACGTTTCTAAAAGAATAATTATTTAATTGTTTAATTATCAGCATTTGTATACATGACAGAAACCACAATACTTTCATTCCATTACTAATGGACAGCTCACAAGTATATAACTATCACAGGGGCTGACCAGGAGGATGAGGGATTTATCAACAAGCAAAGCACAAACAAAACGGCATCTTTTCTATATTAGTGGACTACTGTAGAGAATAGTGAATAAGGGTGTAGAGATGATTTCAGATACTGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000026137:ENSDART00000034606:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
3' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0382012=Mtc=PD(7.8=92.3)
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TGACTTAGCAAGTTGAAATTATGACA
R:
TTTGTTGTAATTTCAATTTATGCCGT
Band lengths:
380-640
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]