DreINT0133924 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000026137 | sfxn5b
Description
sideroflexin 5b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050706-107]
Coordinates
chr14:46327663-46331758:+
Coord C1 exon
chr14:46327663-46327717
Coord A exon
chr14:46327718-46331732
Coord C2 exon
chr14:46331733-46331758
Length
4015 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TATCTGTGTCCGTTTCACAGGCT
3' ss Score
9.71
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCATCATTCACCCCGACACCGGGGAAAAAATATTCATGCCTTTTCGCATGTCAG
Seq A exon
GTAAGAGCATAATGAAGATATACACCCTACTTTATTTTTTATTATTAAAGAAAAAATTCTACAAATAATATTGAAGACAGATTATTAGTAGTTCATGAAATAAAACAAGTCAGATTTCAGTCTTTTATTAGTTTATTAAAGAAAATGATTATAAAAATTACATTAAAGACAATGTATAAGAAGTTTATGAAATAAAAACATTTTAAATATTTTAAGAAAAGTTTTAAATTTAAAAAATAATACTAAAAATGCCTTATCAGTAGTTTGTGAAATAAAAAAAAAAACAAGTCATATTAAAATCCTTTATTAATTTTTTTAAAAGAAAAACTGAATAAAAAATAATAATATTTTAAGACAGATTAGGGGCTTATGAAATAAAAACAAGTCAATTTTAAATCTTTAATTTTTTAGTAAAGGAAAATGCACAAAACAATATTAAAGCCACATTGTTAGGAGTTTATGAAATAAAAACAATCCAAATTTAAATCTGTCCTTTTTTATTGAAGAAACAAATTATAATACTAATATGGAAGACACATTATTAGTAAATCATGAAATAAAAACAAAACAAATGCAAAATCTTCTATTTTTATTAAATAAAAAGTGAATAAAATCATATTGAAGACACATTATCAGTAGTTCATAAGATAAAAAAACAAAAATTATATGAATCACTATAAATAAAAATATTACTTCAAGATTAAGAGGATGGATAATAACTAATATAACTAAACAAATTACTCTATAAAAATGCTGAATTGTTTTAGTCCAACGAGACAAACTCAACGCTGAGTACATTTTTTCAATTAAATTGTAATTACTTAATTTAACCTAACAATTGGGTTTGTTTGGATGTCCATGTTTTTTCCTAGTATTTTTTAGGGTGTAGCTTATGCATTATTATATATACACACACAACCCAGGCTCGTTCTGAAAACATACCGCTATATAAATTTCTGGAGACAGCCAAATATGTCCCAGGAGCTACGTATTTTTGCCTTTTTTTTATTTAAAGGCATTCACCCAGAAATTGAGCACAGTGTGCTTAATTATATTAATAATTTTCATAATAGAAAAAAATTGCTTACATGGGCAGGCTTGCGAAAATAATACCCCACAAATTAAAGATAATGGGGCAAAGAAGTGAAAAGTAAAAATAAGTAATGAGTCAAATAAGACAATAAAGTAAATTTGCGGCATCAAATCTGAAAGGGTTTTTTCAACCTAGGCTCATTCTGAAAACAGCTCTATATGCATTTCTGGAGAGCACAAAGTACGTCTCAGGAGGTCTGTTTTTTGCCGTTTTTGTTTTCGCAAACATGGCTGCTGTGTACACTTTTTGAGATCCCAAATTTCTCGCGCGAGTGCCATTCACGCCTGCTGTTCTCATGCAGGTAAGCGGTCAGCTGGTAATTGGGAAAAGGACCGGTGTCATACCACCCCGTAGTGTTCGCTTTAAAAAAAAGAAATGCTGCCATCCGTTCGTTTGGCTACATAATTTGCGATCTCCAGAGACGTATATACAGTAGGGCTACGTTTTCAGAATGAGTCTATGTTGCAACATACACATTGATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTATACATCACTTCAAAGTTCTCTTTATTAAAAACTCAAAATCAGAAAGAATTCAATTAAGAGTTGTCTAAAGTGTAAGTAAATGGAAAACAATAATTAAAGTGATAAAAAAATATATTCAAATATTTCCCAAATGATGTTTGACAGAGCAAGAGATTTTTCACAGTATTTCCTATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTGATTTGTTTTATTTTGGCTAGAATAAAAGCAGTTTTTAGCCACCTTAAGCAATATATGTTTTTAGATAGTCTACAGACCAAACCAATGTTATACAATGACTGGCCTAATTAACCTAACCTGCCTAGTTAACCTAATTATGCCTTTAAGGCTGCATTTACACTGCAGATCTTGATGGTCAATTCCCATTTTGTGACTATCCGATTTTTTTAAAGACCTGCTTACATCATCTTTTAAAATTGACTCGTATCTGATCGTCTGCATTTACTGCATTGTGGATCCGTCGGCGCCGATTCAGTGGCGTTGCTCGCTGCAGAAGTTGGGTCTTGTTGTATGCAAACACATCAGCTCAGACAGTAGCCGATTGCTGACTAATTTCATTGGCTGATGCTGCTATGACGATCGCGTCAGTCCCAACTTCTGACACACCCTCTTTCAAGCGTTGGCGCTGAAGCCCCGTGTGAATGGGGCATTGCACTGTATACAGCAAAGGTGAATGACCAGGAAAAAAAGAGAGCGGGCGCTGACTAACAGCTGATAATTAAAGAGTGCTCTTTTCTCTATTTGTGTATGTAATCTGTTCACAGCTTTGACAAGCTGTTTTACTATAGTTTATGACAGAAAGGTTCTCATTTGTTCATCTTCTTATGATATGATATATAGGCTTTTTTAAACCTTTAATGCAATGTTCATGGCTGGATTTATGCACTTGATGTAGCTGCACTAGTTTTATATTAGTTTATATTGGTTACTTGGTGGACATTGCGCTCTCTCGCTCTCGTTAACATGCTCAAATACCTGTTCAATATGACATTATGAAAGCTGTTTAAGTCCTTGTGTATGAGATTTAAGGTTTGGGACTCTGCTGAAATCTGTTCTGAAATGAAAGCGTCAGTCATTTGCTATGGTTTTTAATGACGCATGACTCGCATTCACAGGTAAAAATCCGATCTACCTGCTTACACTACAGACACGAGAACACCGATCCGATTCATATCGGATACATTTCCACATATGAACAAGGCCTGAATCTGATTTGAGTAAATCGGAATCCATAGCTGCGTCCCAAATCACATACTTATGCACTATTCTACGCCATTTTGTAGTATAAATAGTGTAAGTAGTGTGTTGACACTGAAAACTCTAAAAATAATAAGTGCACTTTAATTACCCGGATAATGCACTCATTCAGCCGGTAAAGTGAAGTGTTGAATGATGGACACTTCACGCACTCAACGACTGCAGGTTTGCTTACTTAGCGGAAGGGGCCGAGCTATTGGGCGCACATGTTGAATAACTTCATTTATTTTGGATGGTGAAAGCAAAATTCTCATACGAGAGTTATTATAGCGCCTCCCAATGGTGAATGCGGTTATACTCACGGCAGGTATTATTTGATAATTCGGTCGTTTATTTCTTTGATTTGGCGACCATCAAACGTCATTAGGAAAACAGTTTGAATTTCCGCTTAGTAAATAAACATTAGTGTGTCATTTGGGACGACACTACATACATATACTAGCCTATTGAGTGTTTAAGTGCATATAAGTACATAGTGCATGAGTGTATAGTGTGCCATTTGGGACGCAGCTTATATGATTTGTTCCTGCTTACACGTACATGGGCCATATCCGATCTGTGCCACATGGGGGAAAAAAATCAGAATTGAGTCTCTTGAACAGTGCGGCCTTGTGTCACTTTAAGCTCAATACTAGTATCTTGAAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATGGAAAAGATAAAAGAAATCAGTTTTAAAATTAGTTACTAAAACTATTATATTAAGACTATACATAAAGTATATATTTACATATGTAATCTATCTAGGTGTTCACAAAACCGTTTCTTAAACACAAATAATGTCCAACACTGTATTTAATAAGATTAAAAACACTTATTTTATTTATTGTATTTTTGATCAAGTAAATGTTTTATTCTTATAGATGCGGTTCTGTTTTTACCCATCCGAAAACATCAATTATTTATGCACGTGTGCGGCTGATTGTTCATGCCGAATAATTAACAATACAATCACACCATATCATTAAAAAAAAGAGCATCATGCATATTCAAGCAAATGCAAATGAAGTGAGGACAGCCGTAGAGGTTATTTCTGTCTCTCTTCTGATGATCTCTGAGTTGTGATTTGTTGTTTTTGCTCCTCTTCTTATCTGTGTCCGTTTCACAG
Seq C2 exon
GCTATGTGCCATTCGGGACGCCAATC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000026137:ENSDART00000034606:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0382012=Mtc=FE(5.8=100)
A:
NA
C2:
PF0382012=Mtc=FE(2.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]