DreINT0136347 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000095804 | si:ch211-14c17.4
Description
si:ch211-14c17.4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-141216-81]
Coordinates
chr8:878489-883582:+
Coord C1 exon
chr8:878489-878675
Coord A exon
chr8:878676-883485
Coord C2 exon
chr8:883486-883582
Length
4810 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
GATTCTGTGTGTTTTCACAGGCT
3' ss Score
8.96
Exon sequences
Seq C1 exon
CGTTTTAGAAAATAGTTTGTAATAATAATATTCAATGGAATAAATGTGATTAATTTAGCTGGAAATCTTCAGGAAAGAGGAGTATTATTCTCTGAGTGAACATAAATCCGACAGATGGCGCTCTCCGCTTATAAAACCGACACTGAACAAGAAACAAACGATATATATAAATGCGAAAGTCCTTCAG
Seq A exon
GTGAGTAAATAACCGACACAGATAATATTATGCACAGAATTGCTGATAAATATGAGGAAAAAATAGTCTCGTGCTGGAGTAAATATTTCACAAATGTTTAAAGTGAACATCCTGAGAGGATCTGACTGACAGAATCAGTTTATATTCACCGAGCGGACGGAAGAGTGTGTGTATTAAAATAAAGACTAAATGAACTGTTTATTACAGCCCAAACTCATCACTTCCCTTCACAGAGACAACGACAATCTCCAGACATTCAAAAACATTCAGAAAACTCCATATTGCAGAAATCACCATTTCCATATGGAAATCTGATACTGTATGACCATAAATGAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATTAATAGCTTATACATTTAAACAAATACAGTTGAAGTCAGAATTATTCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTGATTTTTTTCTTTTTTAAATATTTCCCAAATTATGTTTAGCAGAGCAAGGGAATGTTCACAGTATGTCTGATAATATTTGTCTTCTGGAGAAAGTCTTGTTTTATTTAAGCAAGCACTTTTAATTAAAAAAAAAAAAAACATTTTAAGGTCAATATTATTAGCCCCTTTAAGCTATATTTTTTTCGATAGTTTACAGAACAAACCATCGTTATACAATAACTTGCCTAATTACAAGCCTTTAAATTCACTTAAGCTGTATTGAAGTGTCTTGAAAAATATCTAGTCTAATATTATTTACTGTCATCATGGCACAGAAAAAATAAATAAGTGATTAGAAATGATTTATTAACACTATTATGATTACAAATGTGTTGAAGAAATCTGCTCTCCATTGAAATTGGGGAAAAAAATAAATCGAAAAATTCTGGGGGGCTAATAATTATGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATGCCGCTGTGGCGACCCCAGATTAATAAAGCTAATTTAGCTAAACAGTGCTTAAAATGTAACCTAAATTCAGTATTTAAATCTCATAATTAAATAGAAAATAAGTGAGGAAGTGAATAGAAAATAACAGCATGCTTATATTAGAGAAAATGTTTATTTATATTTAGATATAAAATATATGTATATGCTACAAATTCTATATTAATTTAGATATCTGTGTAACAAAATAGTTTTGTTTTTATGTTTGTGTTTGTATCATGTATACATAATATTTATATATAATACACACACATATCAAAACAAACTTTTATTTTGCATGCGATTAATATCGATTAATCTTTTCTCAGCGCTATATAGTATACTTTTTAAGTAATAATGCATCAGAACACAATTTTATTACTTTTTCATTACATATGAACCACGAAGCAGGCTGAAAAAATTAAATAAAGACACTTGACTGGATATTTGTATTGGTAAAGGGTTATACTGGTTTAATAGTAAAAAAGCTGAAATCTGATTTTTTCATCACAATCTCACGGCAATTCGTAACTTTTTGATTTAGTGGCTAATTCGTATGAATTCGTACGATCTAATTTGTATAATTTAGTACGATTTGCTCATCCCCCAATAGGGGTGGGGTTAGGTGCCACGCCTCTTTTTTAAAATCGTACAAATTCGTACGACTGAACTCGTACGAATTCGCCACTAAATTGTCAAAACATAAAATACTTACGTTTCCTCGTGAGATCAGGCTGGATTTTTTTGTGTTTTTTGCATTTACACTATAATTTTTGTCTTGTTCCAAAAAAATCCAAAACAGTATTATTTTATTTTAAGAAATAATGAGTGAAAATTAAGCTAGTTTTTCCTTGAAACAAGCAAAAAATAATCTGCCAGTGAGGTAAGTGCGTAATTTTCTTTTTGGTTTAAAATGAGTTTAATTAGCTTGTTTTAAGGAAAAAAACAAAAAATTAATTTTGATTTACTGTTTTCCAAAAACAAAACAATAATTTTATGTCTAGAAAATGCTTCTAAGTTATTTGGACGAGACAAAAAGACAGAAATAATTAGGGAAAAAAGCTATATTTTATTTTCACTTGTTTTTTCACAAAATACTGAGGGGAAATTTATATTTGTACATGGTTATATTCATTTAAAAATAATACTAAGAAATCTGAAATCACACAGCAAATAAATGATTTTCTTAGTCCTGTTTCTAGTCCAAATATTTTAAAGTTCTTAAATCAAGAAGCATTTTCTGAAATAATCCGCCAATGAAGTGAGCAAAGAAATTTAGTTTTCACTTTGAAATAAGATTATTTTGCTTGTTTTAAGGAAAAACTCACTTTTTATTGATTCTTTATTTCTAAAAATAAGACAATATTTTTGTGTCTAAAAATGTTTCATAATTTTTAGAGATGAAACAATGAGAAAAGCATTATAATCAGCTAATAAGTAGTTTATTGAACTAATAATCTCTGAATTTTATAATAAAATAAAGTGTGACCAACTATATTCATCTTGTATAAATAAGATTATATTGCTTGTTTTAAGGAAAAATCTTTGAAAACAAAACTGTATTTTCTGCCTGTCTAGAAAATGCTTCTTGATTTAAGAATTGTTTCCTTAAAACAAGCAAAATAATCTGCTAATGGAGTGAGTGCACTGTAAAAAATATATGATCAATTAGTCATGAGTTCATTGCAACTTATTAAACGAGGTTAATCATGTTCTTATTTAACTTTATAAGTTACACAAGCTGTTTTAACTCAGTTTAACATAAGTTCAATGCACTCATATAAGGTTAATTTGATTTAGCTTAAAAATTTAAGTCAACCCAGAGCTCAACAATAAGGACTGCCTAATGGCCCGGGGCCAGCGTGAGAGATGTTCGGGACAGTAGAGAGAATCGTGACTGGCCCGATCAGGCCAGTGCTGCCTTGTCACAAAATCTTTATTTACCTGCGACTATTTGTCAATTGCATGCAAATACAGTCTTGGAATCGAATAACAATTTGTGCTTTTAAGTCTTCGAATGTATCCTTTTCTGTGAAGTCGTAAACACCATATTGCTTTTTGGTTCCTTTTATCTGATTGGATGTTGTGAGCAAGTTATTTTTTCCACAATCTGGTAAAAACCAGTACAGTGAAGAGACGGCAACATCAAATTATGAGGCTAAAAGAAAACGTCTGTTTCTAACATTGTGGAAACAGATATTTACATGGGTACAACACGACAAAAAAAATTATGTTTTGCATATAGTTTCCATCACTTTTAAGTCAGCCACCTTTTGTTTTGCAATAAAATACCTGGACATTTTTCATACTGCTGTATATTACTGCTAAATATTTTAACATTTTAAAAATATTTAAATTCATTATTTTTGATGCATTTAAAAGATGTGGCTAAAAAATAGCTATTTATTTATTTATTGTGGTGGGGCCAGTGAAAATTTTGGCATGGCAAGTAAAAATCTGAACAGCTGGTCCAGTCGGGCCAGAAGAAAATGTCCTTAACGTTGAACCCTGCAACCAGAATATTTTTTTACAGTGTGAGTAAACTTTTTGGTTTGAAATAAATTACTTTGCATGTTTTAAGGAAAAAACTGACGTAATTTAGACTTTCGTAAAATAAAACAACATTTTTACTTGTCTAGAAAATGCTTCTTAATTTAAGAATAAGATATTTGGACTATTAAAAAATTATAAGAAAAATGCAAGATTTTATTTTCACTTGTTTTTTTTTCACAGAAAATAAAATACTGAGGGGATATTTATATTTGTAAATGGTTTTATTCATTTAAAGTAATACTAAAAAATCTGAAATCACATTGCAAAACAAAGCTTTTCTTAGTTTCTGTCTTGTTTAGTCCAAATATATAAAAGTTTTTAAATCAAGAAGCATTTTCTGGATAGGCAAAAAAATATAGTCTTGTTTTCAGAAATAATCAGTAAAAATGAAGTGGCTTTTCCCTTAAAACAAGTGAAATAATCTACTATTGGGGTGAGCAAAGTAATTTTGCTTTCGCTTTGAAATAAGATTATTTTGCTTCTCCATTGGCAGATTATTTTGCTTGTTTTCAGGAAAAACTCACCTAATTTTGACTTTCTTAAAATAAAACAACATTTTTACTTCTTGTCTTGTTTTCAGAAATAATGAGGCAAAATGAAGAGAGTTTTTCCTTAATACAAGTGAAATAATCTGATATTGGGGTGAGCAAAGTAATTTGGTTTTCGCTTTAAAATTAGACTATTTTGCTTCTCCATTTGCAGATTATTTTGCTTGTTTTCAAGAAAAACTCAATACTGACTCATTATTTCTGAAAACAAGACTATATTTATTTTGTGTTTAGAAAATGCTTCATGATTTTTAGAGATTAAACATTAAGAAAAGCATTTATTGCAGTGTACTGTTTATAATCAGCTAATAAGTAGTCTATTAAACTAATAGTCTCAGAATTTTAACTTAAAATAAAGTGTGACCAACTATATTTATCTTATATAAGTAAGATTATATTGCTTGTTTTAAGGAAAAACTCCCTTATTTTTGACTCCTTATTTCTGAAAACACAACAATCATTTTACATGTCTAGAAAATGCTTCTTAATTTAAGAGGTTTTAGATATTTGGATTAGAAACAAGACAAAATTTCCCAGTAAGAAACTCATTTTTCTTCAGTGTTCACACAGGTCGTTAACCGCTCAGCTTTGCCCACACAGAAGCGGAACTGAAGGGATGCTAACGTGGGTTTGTGTTTTTCACAGTGGTACAGTTTTCTCCACTTTTACAGAAGCCTCTTTGTCCTGATTCATCCAGGACTTTCACTTCAGCACTTGCGTTTCACAGTACCTGATTCTGTGTGTTTTCACAG
Seq C2 exon
GCTCTGCAGCGAAACGCTGAGGTGATTGGAAGACAGGAAGAGGATCTGAGCGCTTCCTCTTTACTCTCAGAGTTTCATCAGGACAAATACCCAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000095804:ENSDART00000149333:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]