DreINT0150332 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000017047 | slc27a4
Description
solute carrier family 27 (fatty acid transporter), member 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050417-248]
Coordinates
chr10:10800151-10806454:+
Coord C1 exon
chr10:10800151-10800545
Coord A exon
chr10:10800546-10806295
Coord C2 exon
chr10:10806296-10806454
Length
5750 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGA
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
CTGCATGTTATTTGTTTTAGCAA
3' ss Score
6.64
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCAGCCAGTGTATTGCTGAGGGTAAAACTGAATGTCAAGAAACACCTACGTGAACGCAACACAGTGCCCAAACTGTTTGCCAAGTCCGTCAAGAAGTATGGAAACAAGACAGCTCTGATTTTCGAAGGAACGGATGAGAAATGGAGCTTCAAGGAGCTCGATGAGTACTCCAATCGCGTGGCCAACTTTTTACTCCAGCAAGGCTTCAGGGAGGGCGATGTGGTGGCTCTGTTCATGGAGAACCGCCATCAGTATGTTGGCCTCTGGCTGGGCATGGCGAAGATCGGCGTGGAGGCAGCACTTATCAACTTCAACCTGAGACTAGAGGCTCTGGTTCACTGTGTCAACATCTCCAGCGCCAAAGCTGTGGTGTTCGGCAGTGAGCTAACAGAAG
Seq A exon
GTGAGAAGTCATTTGATGCTTATTGTTGATGAAAACATTACTTTGATGGCATGTTTATACCTGTTTACATTGTTTCAAAAACAGGGATTAAGGCTATACCCACATGACTCAAAGCTTTCCCTTATGCGTCACATGCAAACCTAGTATACAAGCCAGAAATATGTGGCACTGTAAAGGTTTGTTCACAACAAGCATGATAACTATATAAATAAATATAGCGATAAATATATTTACGTCCATGCTGATGAACAATAATGGTCTGTTTATTTTTAGTTTATGCCTTTCACTTGGCATTACCACCTTGTAAACAGCAGATGTTCTCAGTGGGCTACTAGTGCATCTGACCAGTGAATCCAGCTCTTGTAATCAATCAAATCAAACAGTGAATTTGGTGATTGCAGTCAGTGAATTGAAATAAAAACAACACACATTATTTTCCTCAGCAATTTCAAAAGAGACAGGCCAAAGATGCTAAAGCTATGCTAAATAGTGCCATCTTCCAGTATTACTATTATCCCATCTAATTTGCCATTTATTTATTAGTTTTTCCTTTAAAATCGATTTTGCCTCTCTTTTCCCCAGAGGTACATTTACCTCCACCTCTTGCTTATTTAGTGCTTCCTTTGCTAATTTGTCAGCAACTTCATTACCAGATACCCCAATATGTGATGGAACCCAGCAAAAATAAACGACTACTCCTATTTCCTTTAATCAATATAAAGATAAATAGATTTCTGTTATTAAATCCTCTCTATCTGATTTTGAGTTTGCTATACTAACTAAGGCTGAAGATGAATCTGAGCAGATTACTACTTTGTTTGGTCTGACTTGTTCAACCCAATGTAATGCTATAATTATAGCTGTTAACTCTGCAGTGTATACTGATAGATTATTGGACAATTTTAAACTAATATTTACTTTGAACTCTGGAATATTAACACCTATTTCTATCTTTTTACTACTAGGTTCTTTAGAACCATCTGTAAAAATTTGTAAAGTTGAATAATACTTATTATTTAAAATCGTGTTTACTTCTTTTCCATTATATTCATCTTTAGGTTTACTTAGCAAGCTTACATCTATGAGTGGTTCAGGGGCTCTCCATAGTGGGACATCAGTAAGTGGCAGTCACATTGTCCGCTGTGGTTGTGTGTTTTGACTCTGAAATTCAGCGCGCCCAAATAGACACTCCCACACCAAGCCTCTTTTCTTCCTCCGACACTCCCCCCTAAACAGAGCTGGACACGCCCACTTTTCTGACTTTTTCCAAAGTAGAGGTGTGAAAACACCCTGCTGAAACGAGGGCCCTTTAAGGTCATTTTTAGATTTGAATTTGCCAGACTTGTTTACTTCTCTATATTGTTAGTAGTTTAAAAAAAAAGAATGTCTTGAAATAATTTATTACTGAATACTATTTCCTGAATATTAGCAGCATTATGTATTTGTGGGCTGCACAATATATCGCATTGACATCGCAGTTGCATTGCAAGATGCACAATGTCAAGTAGGAATCAAGGGTAACCAGGCACCACAACTTGAAATGCATGTAATTTGTAGGTTTAATTGCAAAGTTTGCCCATTGTGGGTTTAAAGTTCATAATTTGCATACTTTTTTCTGTTGTTATATTAAAAGGTTGGAGTTTAAAGCATTCAGGTTCCATAAACTATAGCATTTGTAGCTTTAACAAAGATTAATTGCATTTAATTTATATAGTGAATAAATATGTGTATTACTGCAATATCTGTATCATGTAATACTAAGAATTCCCAAAAATTTAAAGCACATTATGTTTTTCTTTATATATATATATATTTATTGAAATCGGAATTATTAGAATTTTTTTTTTCTTTTTTAAATATTTCCCAAATTATGTTGAACTGATTTAGGAAATTTTCACAGTATGTCTTATTAAATCTTTATACGTAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCGACTAGAATAAAAGCAGTTTTACATTTTTTTAAAGACCATTTTAAGGACAAAATTATTAGCCCCTTTAAACTTTATTTGTTTTCGACTGTCTACAGAACAAACCATCGTTATACAATAACTTGCCTAATTACCCTAACCTGCCTAGTTAACCCAATTAACCCAGTTAAGCCTTTTGAATGTCACGTTAAGCTGTATGGAAGTGTCTTGAAAAATATCTAGTAAAACATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATCAGAAATGAGTTACTAAAACTATTATGTTTAGAAATGTGTTGAAAAATTTACTCTCCGTTAAACAAAAATTGGGGAAAAAAATAAACGGGACAAATAATTCAGGGAGGCTAATAATTCTGACTTCAGCTATTAACTATAAGTACAAATACATATATATACGTACGTACATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATCTAGTTAATTATACAGTATTATCCAGATGCACTATAACACAAACTCACTGCATCAATTCTAAAATATTCAGCCTAAAGTTATTCAAGCCATTTTCTGAAATCGAATTCATATAATAATATGTTTGGCAGAAAAGCTAAATATTTCAATGTAATCATTTCAAATATCATGTAGCCACATATTGTGTCATATCTTGTAGTGTATTGTATTACAATAGCAATATGTTTAAAAAAACGATAACTGTGTGTAAAACATTGCACTAATCTGTTACAATGACAGCTGAGTTGTAAAATATGCTACTATTATAATACAACATGATAGTGACATGATGAAATTTTGACAGCAAATTTCGATTTGGTTTTAGTCATAGTATTTTGACTTAAAAGCAGTTTTATTTTAGTCATATTTTAGTCTTCTTAATCATTTTAGTTTTAGTCGACTAAATTTCATAAGATTTTAGTCTACTAAATCTACTCGAGGTTTAGTTGACTAAAATATATTTTGTTTAATTTAAGTGTAATTCAATGAAAATATTGTCTTATTAAATTATGGAATGTAGTCTTATCATTCAAGACTAAAAATTAGATATGCAATATTTATTTACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCTCTGAATTATTAGCCCTCCTGTTTATTTATTTCCCTAATTTCTGTTTAACGGAGAGCAGATTGTTTTCAACACATTTCTAAACATACTAGTTTTAATGACTCATTTCTAACAACTGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGTAAACAATATTTGACTACAGTAGATACTTTTCAAGACTCTTCTATAAAGCTTAAAATTACATTTAAAGGCTTAACTTAAGGGTTATTTAGGTTAACCGGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTATTGTATAACGATAGTTTATTCTGTAGACTATCGAAAAATAAATGGCTAAAAGGGGCTTATAATTTTGACCTTAAAATGGTTCATAAAAAATAAAAAAACTTCTTGTATTCTACCCGAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAAAATTTTATCAGAAATACTGTGAAATTCTTGCTCTGTTAAACATCGTTCAGGAAAAATTTTAAAAAGAAAAAAAATTCAAAGAGGGGCTAATAATTTAACTGTATGTCATAAGTAATATGTAAAATTATGTGTCAGCAATCAATCCACATGTAAGAACAGTGGCCCACTGAAAATGCAGGATTGTGAAATTATTTTGCAAACCCTTTATTTTAATTTTTATATTTATTTTAAAGTAGTGGTAAACTACTACACTGCAAAAAAACTTTCTTACTTTTTTTTTTTGTCTTCTTTCTAGTCCAAATATCTAAAAATTCCTATACCAAGAAGCATTTTTTAGGCAAGCAAAACATATTTTCTCATTTTTACAAATAACTAAGTTAAACTAAGTCAGTTATTCCAAGCAAAAAAAATCTGCCAGTGGGGTAAGCAAAATAATCTTGTTTTTCCTTTTGACATGAGATTTTTTTTTTTTTTTGCTTGTTTTAAGGAAAAACTCACTTATTTTTGGCATATTAATTCTTAAAACGAGACGATATGTTTTGTTTGTCTAGAAAATTCTTCTGGATTCAAGAATTTTTAGATATTTGGACTAGAAATAAAACAAAAATTCAAAGTATGAAAATCATTTTTCTGCAATGTAGTCTTTTTTAACCAGTCTGTTGAACAGTTTCAAGCCATTAATTCTTTGAAAGGGCTTAAAAAAGTTAACGTCCAATTTGCAATGTTAGTCCACCAAGCTCTTGCAGTTAGTGTTACAATAGTTGGTGCTCAGATATAGCACTGATTAAATAAGTAATGACATTTGACTGGCAAATGATATGTGTTCCATACAAAACATCAATCACATTATCTCATATTATGTCTCATTTTTATTAGTCAACGAAAAAAATCAGTATATTTTTATTATAGTTGTCATCATTATCACTTAATTTTCATTTAATTTTCATTTAGTTTTCATGTAGTTTTTGAGGGTAGAAACCTGTTCGTCACAAAAGTTATGACAAAAATCTTTTATCAACAAAATTAATACTGGTTGATACAGGATATTTATATTATTGAATCTAAAATTTTGAAGACTCTAAAAGAAAGTCCACTAGTTTATTTAATTTGTGTTATTCTAAAAGACTAAATCCATTTTGGATTGAATCATGACATGCATTGATTCATATGGCACTGTAATACAAGGAATGTGTAGCAAGAAGGTAAATAATGATTTCATGTTGACTTTAGACAAGGATTTTATTTTGTTAATGATGTCTGTTCTGTTGCCTGAATATAAGTGTGTCAGTGAAGGAAGTGTTGCAAGCGTTACACACTACAAGAAGCAAATAAGGAAGTGGCAAGTATGTGTACTCTAGAGAATCAAATGAATGAGTAGCATAGGGTAAAGAATGAAGATTTATCCCAGTCAAAGGTCAAAGCACACAGTGAACAAGCATCACTGCAGCAAAAAGGACTCATACTAGAGGTCATGGATGGCAACATGTCCTAATGTAATTGAGCTCCAAGTTGTCTCTTAAGTAATTGGAAACTGA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Seq C2 exon
CAATGTGTGAGGTGCACAGCTCCATGGGAAAGACTGTTAAGCTCTTCGTCTCTGGTGAATGGGACCCTAAGCGGGTTCCTGTAGGAACAGAGCATCTAGACCCGCTCCTGGAGACCACTAGTACAATCCAGCCCAAACAACCAGATCGCAGCTTCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000017047:ENSDART00000004181:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.065
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0050123=AMP-binding=PU(24.5=79.7)
A:
NA
C2:
PF0050123=AMP-binding=FE(12.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]