DreINT0154444 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000013892 | sorl1
Description
sortilin-related receptor, L(DLR class) A repeats containing [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050208-22]
Coordinates
chr15:21644249-21647425:-
Coord C1 exon
chr15:21647297-21647425
Coord A exon
chr15:21644335-21647296
Coord C2 exon
chr15:21644249-21644334
Length
2962 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGA
5' ss Score
6.65
3' ss Seq
CGTTTGCTCTGGTTTTTTAGGTA
3' ss Score
10.22
Exon sequences
Seq C1 exon
TGACTATGGGTTTAAGCTGAGCGAGGATCTGTCTCTCGAGGTGTGTGTGCCTGATCCTGAGTTTTCTGGAAACCTCTACGCCCCGCCAGTGCCATGTCCGGTGGGCACCACTTATCACCGCAGCAAAGG
Seq A exon
GTGAGAATGCTGCTTAAATTTACTTGATTTTGTTTTCTAGAATTTTTTTGATTCGTTTTTGCTCTTAAACATGATCCAGAATCATTTTGAGCAACTACATAAACAAGCTGTTTTCAAAACATCTACTTACCTCAGCATGATTCACATTAGTAAGCTTATAATTATGTTTTCTAATTTGTGTGGTACTGGTGAGTTTTCACAAAAAAAGAAATTGTGCTGCTGTTCTTTTTTTGCATCTTTGTCTCATATACATGTAGACAAATGATTAAACTTAGCAATTTTTTTGGACCCTTTTCACAAGACTGTTATGACGTGTTAATAGAAAACATTTGGATATGTAATTGTAAAAGCTTCTTTATGCCACGTTTCTGTTGCATAGAACAAAACTGCTGTAAATAAACAAAGTTATGCCACCGTAGCACTAGTTTATAGTTAAAGGACTTTTATTTTGACAGTGTGGTCAGATAGAACTATTTAACAGAGTAATTAATATGTATACAAAAATTATTACTACGATTGCATTGTTGAATAATATTGGCAAATAATACTTACAAATAATACTGTCGGCAATTAATAAGTACACACATCATTTAAACAAATTTTTGATGGACTTTAACAGTTTAACAATAAACATTTAATTTCACAAACCTTGCAGACTTAGTCAGATCCAGTCATGAGATCTTAAAAAGCATGTTTTTGTATCCTGTATGATCACATGATGTTGAAAGGAATTCAGTTTAGGTTCACTAAAGATGTGTAATTCATAAACCTTTGAATTTTTAAATAATTCTGCTTTTTATGAAATTTCATATGCATATTCATATATTTTATCTGTGTGCTGTATGTAAAATGAGTATTATATGTACTTTATTTGAACAAGATGTTTGCTTATGCAAACAAACTTCCCAGAATACTGAGTGCTCTTTTAGTGTGTGTCTACTTCCTTATATATTTGTATTAAATGTTTATTTATTTGTGAAAAATAGTTTGTCTTCTAAATTAAACATGTTATAAGTTTATTTTACAGTTTTATATACAATAACTTGTATAATTTTAAAACATTTTTAAATGATTAACGATCGAAAAGCGACAGAAATGTTTCTTAGTTTTTCAGATTATATCTGAATGTAAACTCAGCATTACAGACTGAAGCTTTAAAAAAATGTATAATAATAATTCCTTACATTTATATAGCGCTTCATTTATATAGCGATTCATTTATATAGTGATTTATTTATATAGCGTTGATATAGATCTCCACATCCACCACCAGTGTGCATCCTAAGTTTTTTAATGGCCACAGAGAGTCAGGACCTCGGTTTAATGTCTAATCTGAAAGACGGTGCTCACTGAGCAGTATAAAGTCCCCTTCACTATACTGGGGCATTAGGACCCACACAGACCACAGGTTGAGTGCTCCTTGATGGTCCCACTAACAGCCCTTCCAGCAGCACCCTAGCTTTCCCATGTGGTCTCCCATCTAGGTACAGACAGAGGACAACCCTGCTTAGCTTCAGTGGGAAAAAAAAAAATTATCAAGAATTCGTTAATTTCATTTGAACTCCAAATAGTATTATTGTATACTGTAGAGGTCACTTTAAAGAGTTGTCTTCTGTTTGTGAATCCAAATCAAATTGGTTGCCATTTAATGCTGAAATCAACCAAAAAATACCAAGAGGGTGAATTGTATCGACTCATTGTTCTCCAGGATCCAGATTATTATCCTTCACCGTGAGCATCCGCCCAGGAGCATTATTAGATCTGCTACTGCTGTGTCACCATGCATCTCTCCTCTCATTATCTGCTGTCGACAGGAGATTTATTTAGAACATGGACTTGAACCGAATTTATCTGGAAGGATCTCTTGCTCAGTCAGTTGAGCTGAAGGAAATGAGGTTAATTATAATTAAATGGGGAAGTGATGTTAGTTCCTTTTATTTAGGGATGCACAATATGTTCAGAGCAGCTGTGAATTTGATGTGCTTTATAATTTGGTAAGCAAAGTGTGAACACAACTTTTTGATTTATTTTTATCATACTGTATGTTATATTTTGAGTGACAGTGATAGTTCTGATGTTAATAAGCTAAAATTGTGACAAAAACTTGTGACACACAAAATGAACACACAGGCTTTAGATTTTAAATTAATCAGTGTTTTGAATGATTCTGGAGAATCATTTAGCTTTTTAATTCATGTATACAGGCAAAAAGTGATGTCTCGAATTAGATTTTTTCACAATATTTGCTCAATGACCCAACAAGTTTATTTAAACCATCAATATATTAGGAACGCTATACTGGGATGATGAAAACAATGAAGTCTTTGAATGACAAAAATATTCAGGAAAAAAAGGCAAACTACTTCTTGCAAAAAATTTCACTGGGAATATTAAGTTATTAATATTTCAGTGATTTTTATATTCGACTATCTGCCATTCTGTGCATTCTTCATTGTACATGTTGCCTTGATTGTCACAAATGCAATAACTAAAACATGGGACCTATAAAAAACACGAATTATTGCAATATCATTAAATTTTAAGGGGTCTATTCCGGAATATCAAGAATAAGGTTTATTCCAGTCTATTATCTTAGTCCAAGTAATATCAAGAATTTTTATTTAGCATTTTAATCTTTACCTCCAGTTCACTGAAATATACTGTATGTACTAATAATTCTGGCTTTAACTGTATATATTTTTTCTATGCTAATTTTTATTTATTTATTAATTTTTTGGTTGTTTTAGGCTGTTTTTCTCACAATCACTTCAGTCAAATGTTTTAGCAAATAATCTTGGGTACTTCTTGAAACATTAATAAGCATCAGAACAACAATCCACAGGAAAGCAGGAGAATTCATTTGCATCTCATTAAAGCATCACATAGTGTCAGTGTTTAGAAGTTTTTCTGATTTTCTGAAGTGAGATGTGTTGTGTGTTTGGCGTTTGCTCTGGTTTTTTAG
Seq C2 exon
GTACAGGAAGGTGTCTGGTGACAGCTGCACTGGTGGAGATGTTGAAGCTCGGCTGGACGGAGAAAACCTGCCCTGTCCAGTGGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000013892:ENSDART00000156995:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]