DreINT0154462 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000013892 | sorl1
Description
sortilin-related receptor, L(DLR class) A repeats containing [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050208-22]
Coordinates
chr15:21622539-21626194:-
Coord C1 exon
chr15:21626042-21626194
Coord A exon
chr15:21622695-21626041
Coord C2 exon
chr15:21622539-21622694
Length
3347 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGCTC
5' ss Score
3.6
3' ss Seq
TGTTTATATCTTCCGCTCAGTGA
3' ss Score
6.18
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGCGAAGCTCTTCACACACCTGCACCGGGTCCTGCTACCTGTGCTCCTAATCGTTTCCGCTGTGGTTCTGGCGCATGTATTGTGGACACCTGGGTGTGTGACGGCTATGCGGACTGTCCTGATAGTAGTGATGAAGCAGGCTGTCCAACAG
Seq A exon
GTGCTCTTTTACTGGTCACTACCTCAGGTGTTGGCCAGCATACGGCCCATGAGAGAATCCAAATGCAGCTTGCAGGGATAGAGTTTTGTTTATTAATCAAGCATGCTTAAGTTTGATTACCATGTATAAAGTAACTCAAATGTTTTGAGGGATACTGAGTGCATGAGCTACTTCAACAGGCATGAGTCTCAAAGATGATCTGGTTTTGATTTCTTGGACGATTAATGGATTATCATGAAAGATTGCGCTTACTGTTTAAGTGTCAGCATAGGCATCTGTTAAAGTTTTACTATGCGTCTATATGTAGATACACCTATTTTACAAGTCTTCTGAAAACGTATTGTTTCCATCGGTGGGTTTCTGACCATTAGGTTTTATTAGGTTTTTGACCACTGACTGTTAGGGATGTCACAAGGTCTTGCGAGATTAAATTGCGATGAGATTTCTCATCCAGGTGAAAAGTTGTCTCGTGAATTGAGATGTTAGCATGATGGAGCATGAGGGGGAAATTAGCATTGAAGATTGGAAGCAGGATTGAATTTGAGCCGCAAATCAAGTGCTTTGCACACACCTGTGTTGCACATGTCACTCAGTTGGGCGGACGGGTGTGACGTAAGTGCTTCTTTTCCTCAATGGAAGTTTATAGGCTGCTCTGTTATTCATGTCCAAGCAGAAGCTGCAACTAGAACTCCTGCCACACAAATTACCCTTGGACACTCCCACCGATAGAATGTCACTTAAGATGTGCAGAAAGCAGCATTATTGAAGTGCAGTACAGATATGTAAACACCACAAACAAACCATTAGTATCGTATAGGACTTTTAGCAGCATTTTGCGACAGGACAGTCCACATAGCTGTTTAACACTATATTATCTGCTCCTACACATATATCTAAGCGCGCACACACATACTGAACTGCTCAACTCAACACACCCAAACATTACCAAACACGTTCAAATATTTAAGCATGTTTAAGGAGAGGGAGAGAAAGAAAGAGAGACAGCACAGCATAATAAAATAAAACTATTGCATCTCGTGCATAAATCACACCATAAACATGACATTAAAATAGCTTCTTTAAAAGATGATAAATGTAAGCCAGTCATCAAAATAAATAAAAATAAAAAATCGTATACTGTCACAAAATCCAAAATAACCATCAAGATCTGCAATGTAAATACTCTGAAATTCTATTGGGGAAAAGCCAGTCAGAGTTTGTCTTTTTAGTCAGTCTATTTTCCATTTATATATTAACAAATATTTTGCAGTGTTTGCATGTTCTATGCATAGAATTCAATTAAACTAATATAAAAAATGGTTCATTAAAATGGATGTAAATTCATTACAAATTAAAAACATTAAAAAGTTCATTAATAACATCTAAAATGTTTTGCATTTTGGTATTATTTATTCATTTATTAATTTAAAACCATTTCTGTTAATTTAGTTAAAGTCAGAATTATTACCCCCACCCCACCCCCCCACCCCCCCAACACCACCCCCCACCCCCTCCTTCCAGTATATTTTTACCCCAATTTCTGTTTGAGGGAGAAAACATTTTTTTCAACAAAATTCTAAACACAATAGTTTTAATAACTCATTTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGCTAGGATGACAGTAAATAATATTTGACTGGATATTTTTCAAGATATTTCTATACAGCATAAAGTGACATGTAAAGGCTTAACAAGGTTAATTGGGTTAACTAGGCAGGTTGGAGTAATTACGGGGGTTATGGTATAATGATGGTTTGTTTTGTAGACAATCAAAAAATATATATAGCTTAAAGGGAATATTAATATTTGACCTTAAATTGTTTAAAAAATTTAAAACTGCTTTTATTCTAGACAAAATAAAACAAAAGACTTTCTCTAGAAGAAAAAAAATTATCAAACACACTGTAAAAATGTCCTTGCTCTGTTAAACATCATTTGGGAAATATTTAAAAAAGAGAAAAAACAAAACAAAGGGGGGCTAATAATTTTGACTTCAACTGTCTATTAGCAAAATATTTGAATTTTAAGACTATTACATTCATATGTTTCATCAATTAAGATTTCTTTAAAGCAGTGTAATAATCTTATCTCATCTCATGTCTCGTGGAGTAGGCATCTCGTCACACCCCTACTGACTGTATTTTTCCAAAATACCTTTAGGGTGCGATCATGCATTCACAATAGAATGAACCATTATAATTGTGGTGAAATTTAAATTAGCTTGTTATATTTTATTATTTAGGATACTGATTAATCCAAACTATTTTCCCAATATATAAAGGGCAGAACCCCCCCACACATATTTTGACATCTTTCTGCACGAATCAAGTTTTACTAAGGCTGGTCAAACCCCCCTGCTTTAATTATTCTAATTACCTGATCGGAAAAATGTAACAATTTAAAGGAATAGTTTATCCAAAAACAAAAATGTACTCACTATTTAATCACCCTCGTGTGGTTTCAAGTCTTTATAATTTGCTTCTTTTTTTTTCACAACAGAAATATTTTGAAGAATGTTGGAAACCGGAAATCAGTTTCCAACATGAAAATGAAGGCTGAGCATATAATGATTACATTTTCAGGAACTGTCCCATTTAATTGTTTTAAACCTTGAATAAAGATTAATCTACATCTAAGTTAGATGAGGAAGATGTAGTTATGCAGTTTTACATTATTGTACTTAAAGGAATGTGTTTTACCATTTTTAATTTTAGCTGCAGTTAGTCTTAATAAATTGCAGAGAAATAAGAAATTAATTTGACTTTTTTTAAAAAATCCGTTTACAGCATTGATATACTGTACAGCGGTGTACATTAGATGTGTTTTTGAATTTTATATGTACATGCTTCTAAAAATTGTCTTGCCTGTTTTAACTTAAATCAGTAAATGAAGCTTAATTCATTATTTTTTAAATTATGTGTAACATTTAACACTCAGGTTCAAACACTTTAATTGACACATTTTTTATAGCTCAGCTGGCTCTGGTTGATGCATCAGCCCCACATCATCACTGTTCATTTGCTTCCCAAATGAATGTAATTTACTTAATATACTGAGTGTTCTCACTCAGTAATAAGCAAAATATTAAATTATTTCTCAGTTGTATCCAGACAATTTAACTATGATTTATTTTATTTGACATATTTTTAATACAAATAAGAGTACATCAGTGAATTTCTCTATTTTCTTTCCAAAATAAGCTGACTTTTTTATTAGAAAAGCTACTTTTATTATACTTGTTTTGTAAACAGCTTACATGAGGAAACCACTTTGCTTCCTAGTATACCGCATCATTTTGGCTTGTGTTGTTTATATCTTCCGCTCAG
Seq C2 exon
TGAAAGGCTCTGTGACTTCAGTGACGACTCTTCCTCCATCGGGCCGCTGTACTAAAGATCAGTTTCTGTGTGTGAAGCCTCCAGCATGTATTTCAGATTGGAAGCGCTGTGATGGTCATTCTCACTGCCTGGACGGATCTGACGAGGCCAACTGTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000013892:ENSDART00000156995:31
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005713=Ldl_recept_a=WD(100=71.2)
A:
NA
C2:
PF0005713=Ldl_recept_a=WD(100=71.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]