DreINT0156606 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000058473 | st6galnac3
Description
ST6 (alpha-N-acetyl-neuraminyl-2,3-beta-galactosyl-1,3)-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-1329]
Coordinates
chr2:9538416-9584404:-
Coord C1 exon
chr2:9583995-9584404
Coord A exon
chr2:9538524-9583994
Coord C2 exon
chr2:9538416-9538523
Length
45471 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
ACCTCATTTTATGTTGGCAGGAT
3' ss Score
7.16
Exon sequences
Seq C1 exon
CCGCTGAAGCTGCATTGTGAGGTCTGCAGTGTAGTGTCCAGCTCTGGCCAGATATTGGGACGTGAGGCAGGGGCTGACATTGACCAGTCCTCTTGCATATGGAGAATGAACAATGCACCCACCCGGGGCTTTGAGAGGGATGTGGGACACAGGACAGACCTGAGGGTTGTGTCTCACACAAGTGTTCCTCTGCTAATTCAAAAACCCCAGCACTTCTTCGGACAGGGGAATGAGACCGTCTATGTGGTCTGGGGACCACTGCGCAACATGAGGCAGGATGGGAAAGGCATTGTTTACAACATGCTGCGACAAGCGGTTGAAAACTACCCACAGGCTCGCATTTACGTCACCACAGAAGAGCGCATGAATTACTGCGACACTGTTTTCAAGAAGGAGACCGGCAAAGACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GATTCAGTCGGGGTCGTACCTGAGCACTGGTTGGTTCACGCTTATTCTGGCAATGGACATGTGCAAGGAGATTCGAGTCTACGGCATGATCAATGACACATACTGCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000058473:ENSDART00000146715:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0077713=Glyco_transf_29=FE(50.4=100)
A:
NA
C2:
PF0077713=Glyco_transf_29=FE(13.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]