DreINT0163231 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000087780 | tiam2a
Description
T-cell lymphoma invasion and metastasis 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030219-98]
Coordinates
chr17:49049287-49054403:+
Coord C1 exon
chr17:49049287-49049376
Coord A exon
chr17:49049377-49054190
Coord C2 exon
chr17:49054191-49054403
Length
4814 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
ACATGTCGTTTTATTGCTAGGTC
3' ss Score
7.92
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTTTGCTGTTACAGGCTATGTAGACAGCCTCAAAAACAGCCATATCATTGTCAGCGAAGTTCTCCCTGATGGGCTCGCTTTCAGCAAAG
Seq A exon
GTAATTTCACTTGTAGTCATTTTAGACACTTGCTAGTTATAGCTTTTAGCCACTTTCACACTGTACTAACAGTAACTATCTGTAAAATGTCCAGAATTACTTTGCTGGTTGGCTGTGGTGTTCACATGTTCGCATTCATGCAACTGTTTATTTTGGTCCCAGAGATAAACTAAAATACTGAACTAGAGGAGAAAAATATTGTGGCTATTGCTAGTGAAGGCAGAAAAACTATACACGCAGCTATAAAACAGTTATGGGTAACACTTTATAAAAACTACACACTATGAATCATTTATTAAGCATTAGCAAATAGTGAATTCATTATCTGTTAAGCATTAACTCTAGTAAGTGTTAGTAAGCAGTTTATAACTGCAGCTACAAATGCTCTATTCTTGACTTACAAACATATTTATAATGTGCTTAAAAATTTTAATTTTATTCTTTGTTATTGATTTATTTTTCATTACTTAATTAAGTATTGCATTATTTACAAACCATTTGTATTTAAGAGTTGTTGAGGGTTTTTAGAATCATTCAGAATGAGTTAGTAAATGATTAATAAACTATTGAAATCAACGTTTATATGTCTTACTGCCTAATGACTACAGCCCCATTGACACCCTCTGCCAATGCATTGATGAAATGAGCAATTGGATGTGCCAAAACTTTCTTCAGTTAAACAAAGAGAAAACTGAAATGATTGTGTTTGGAAACAAAGATGAGATTCTCAAGGTAAATGCGTACCTTGGCACTAAAGGTCAAACGACAAAAAATAAGGTCAAGAATCTTGGTGTGACTCTGGAGTCAGATCTGAGTTTCAACAGTCATGTCAAAGCAGTCAGTAAATCAGCATACTATCATCTCAAAAACATAGCAGGAATCAGATGCTTTGTTTCTAATGAAGATTTAGAAAAACTTGTTCATGCTTTTATCAGCAGCAGGGTGGATTACTGTAACGGCCTCCTCACTGGTCTTCCTAAAAAGACAGTCAGACAGTTGCAGCTCATCCAGAACGCTGCAGCCAGAATTCTAACCAGAACCAGAAAATCAGAGCACATCACACCTGTCCTCAGGTCTTTACACTGGCTGCCAGTTACATTCAGAATAGAGTTTAAAGTATTATTACTGGTCTATAAATCACTAAATGGCCTTGGACCTAAATACATTACAGATATGCTCACTGAATACAAACCTAACAGATCACTCAGATCATTAGGATCATATAAACTAGAAGTTCCAAGAGTTCAGTCAAAGCAGGGTGAATCGGCTTTTAGCCACTATGCCCCTCGCTGCTGGAATCAGCTTCCAGAAATGATCAGATGTGCTCCAACATTAGGCACATTCAAATCAAGACTGAAAACACATCTGTTTATCTGTGCCTTTACTGAATGAGCACTGTGCTGCATCCGACAGATTGCACTGTTATGTTTTTCTCTTCTTCTTCATTCTTTTATATCACATTTTACCTGTTTTTATGTTTTGTTTTGTTTTTTACGCATTTTTATTATTTGTTTTTATTTTTATTTTACTTGTTTCTTTTATTCTTGTTTATGTAAAGCACTTTGAATTGCCATTGTGTATGAAATGTGCTATATAAATAAACTTGCCTTGCCTTTCCTTATTATTCAGGCATTTATTATTGGTTACTATGTATGTTAATAAATGCTTTTTTTAACTCAACTTCACCTAGTTTTGTAAAATCTAAATCTAATCTAAAGTGAGGACTATTCATGCTTTATAAATCCATTATAAATGACGAATAAAGGCTCAGTTAAACTCTAAACAGGAAAAATGACATTATTCATTCCTATTCAATTAAAGATACACAAATGAAACTGTATTTTAAATGAAAAATAAATCTTTGCCACCTGATCTAAAATAAAATCACTGTAGAGTTTAACCATTGCATTTTATTATATTGTTCAATTATTATATTGTTGTTGTTGTTTTATCCAGTTTTATGTCGTATTTTGAGACTCCTGTTACACCGCATTGTTTACACTTTACAGTAATTTTACTTTTTAGAAAAGATTGCAAAGATTATTGTTCATTTGATTCTGAGCCTTTATTTGTCATTAATACGGGATTTATAAAGCATGAATAGTCCTCACTTTAGATTAGATCACAAAACTGAGTGAAGTTGAGTTAATAAAGCATTTATTAACATATTAGTTAACTATTAGTATATGCCTGAATAATAAGAAATATAAACGTTGATTTCAATAGTTTATTAATCATTTACTAACTCATTCTTAATTTTCCTAAAACCCTCAACTACTCTTAAATACAACTGGTTTGTAAATAATGCGATACTTAATATAGTTATGAAAAATAAACAATTAACTAAGTATGAAAATACAATTATTAAACACATTATAGGTGCTTATAAGTCAAGAATATAGCATTTGTAGCTGCAGTTATAAACTGCTTACTAACACTTATTAATGTAGAGTTAATGCTTAACAGATAATGAATTCACTAGATGCTAATGCTTAATAAATGATTCATAGTGTGTAGTTATTATAAAGTGTTACCCAGTTATGTTCACACATATGGATTTTTATATATATATACATTTATTTGTTTATTTATTTACTTATTTATACAATTCTTAATGTTTTGGGGGGGACAACTTAATTGTTTTATGTTCAATTCACTTACGTTTGAGAAAACAATTAAGCTAACTTAATGGTTTCGTGTTGGGACAACATGAAGACATTTTGTGGAATCCAGCATTTTTTTTTACAGCGTATATAAGTACACCTCTCAGAAATTTCTTTTAAATTCATATTTTTAATTTTTATTTTTTTAAATAATACAATATTACAGTAGTTCTCAAACTGTGGGACGTGTACCTCTAGTGGTACGCGGGCTTCCTTCTAGTGGTACACAGAGAAATCCAATATGTCATATTTACATGCAACAATACTTTCAAAATTTATCACAAATGATTCAAATATGAATATCAGGACCTATAGCCTATATTTATGGGGTCCAAGCAGCATTTCCAGGTTTTGATGAATAGCATGCTTTAGTTTAACACTTGACATTTAAGTACAGGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAACTGTTTAATAACAGTAGCCTACGATTTTTAATCAGCTTTTAAAAGCACATTTTAATTTAAACATTGATATTTTATTTTGTTTGTTTTTTTTACATATAAGCACAGCGCAGTGTTAATGTTCAAACTATTTATAATGTTTAAAGTGGCTGATAATATTAATTTTGTTAGTTATAGTAGTTAATCACGTTTTTTATACTGTGCAAAGTTGTAGCTGCTTTACTGGGCCTACTACGCTACTGTATTTTAATTCTGGTCATTATGGTGGTACTTGGAAGGACAATTTTTTTCTGAGGTGGTACTTGATGAAAAAAGTTTGAGAACCACTGCAATATTATATCTGTGCATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTGTTTATTTGTTTCCCCAATTTCTGTCTAACGGAGAGATGATTTTTTTCAAGACATTTCTAAACAAAATAGTTTTATTAACTCATTTCTACTAACTGATTTGTTTTTATCTTTGCTATGATGCTATGAATTTGCAGATTCGCACTCTATAACATCAGAAAGATCCGACCCTTCCTATCTGAACATGCAGCTCAACTCCTTGTTCAAGCTCTTGTTCTCTCCAGACTGGACTATTCCAACTCTCTACCAGCCGGGCTTCCAGCTAACTCTATCAAACCTCTTCAGATGCTTCAGAACGCAGCAGCACGAGTGTCTTTAATGAACCTAAAAGAGCACATGTCACTCCGCTGCCCATCCGTTTGCACTGGCTGCCAGTTGCTGCTCGCATCACATTCAAAGCTCTGATGTTTGCTTACAAAGCGACCTCTGGCTTTGCTCCTTCTTATCTGCTCTCACTGCTGCAGATTTATGTGTCCTCCAGAAACTTGCGTTCTGTGATTGAACGTCGCTTCATGGTTCCATCCCAAAGAGGGAAGAAATAACTTTCCCGAACTCTCGCATTCAATCTGCCCAGTTGGTGGAATGAACTCCCTAACTGCATCAGAACGGCAGAGTCACTCGCTGTCTTCAAGAAATGACTAAAAACTCAACTATTTAGTCTCCGCTTTCCTTCCTAATCTGCAATTGCCTCTCTGGTTCTACCGCTACCTGTATTACAAAAAAAAAAAAGACTAATGTTTTGCTTCTTACACTTTACACACCTGAAACTTGCCTACAGCACTTATTCATTGTTGCTCTTATAGTTGTGTAAATTGCTTCCTTGTCCTCATTTGTAAGTTGTTTTGGATAAAAGCGTCTGCTAAATGACTAAATGTAAATGATGACAGTAAATAATATTTGACTAGATATTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAACTGGGTTAATTAGGATAAGTAGGCAGGTTTTGGTAATTAGGCAAGTTGTTGTATAACAATGGTTTGTTCTGTAGACTATCAAAATAAAATATTGCTTAAAGGGGCTAATAATATTGACCTTAAAATGGATTTTGAAAAATTAAAAACTGCAGAAGAAAAAATATTGTCAGGCATACTGTGAAAATTTCCTTGTTCTATTAAACATCTGAAAAATATTTTAAAAAGAAAAAAAATCAAAGATGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATGTATGAAAAGGGCTTCAAGTTATTCAAGTTTTGCTGTTTGGATACGTTAAACTGAATATTTATCATTAGTGAAGATGCTTGTCTTTCATTTATTGTATTTAACCTTTGTTACATGTCGTTTTATTGCTAG
Seq C2 exon
GTCTTAGGCCTGGTGATGAGATCGTGGTTCTGAACGGTTGTGAGGTGTCTTCTCTGGACCTGACTCTCATACAGACTTTATTTAATGAGCAGAATCTGCAGCTGACTGCGAAACGTCACCTGCCCTCCATTCCACATGATTCAGACACAGCAAACGTGCAGTCCCCGTACAGAGATATCCATCAAAACCGCCAGAGAGCCAAGTCCTCAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000087780:ENSDART00000156492:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.421
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0059519=PDZ=FE(37.0=100)
A:
NA
C2:
PF0059519=PDZ=PD(45.7=51.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]