DreINT0165549 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000021948 | tnc
Description
tenascin C [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-980526-104]
Coordinates
chr5:27964835-27967742:-
Coord C1 exon
chr5:27967591-27967742
Coord A exon
chr5:27964932-27967590
Coord C2 exon
chr5:27964835-27964931
Length
2659 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATCGTGAGT
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
ACTATATCGTTGTACCTCAGGTG
3' ss Score
6.63
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGGAGTGCTGTATAAGCATCCTAAAGACTGCTCGCAGGCTCTGCTGAATGGAGACACCACCTCAGGCTTGTACACCATTTACCTGCGTGGAGATGAGAGTCAACCCCTACAGGTCTATTGTGATATGACCACCGATGGAGGCGGTTGGATC
Seq A exon
GTGAGTCATACTTTTTTGAATTACTGCACACTCAGGATAGGAAAATGTCTTATCAACTGGAATGTTGCAACAGTGTTGAGTAACAATGTGTGTAACTATTGCTTTGTACTCTGTCACAGCTTCTTTGGTATGTATTGAATATTTATAAGATTTTAACTGAAAAAAGGGCAATTACAGTCAGGGGTGATTCTAAGATTATCTTAATAGCATTGCACAGCGGGATACAAAGACCCAGCAGGGTTTAATCTTAAAATTCCAATAGCCAGAATGCTTACACTATTAAACCCCCAGATTTTAGTGTTCACTACATTACTGCAGATTGTTTGTAAAAGTGATTGTGCCTTCAGCTTTAATCTTAAAACAACAATAAAGGGAAAAAAATAATGATTATTTTAAACTGTGCTGGTGTATCACGGCTGAATAACTATGAGCACGAACTTTAAGGAGCTTTTAACATACATTAAAAGTATTACACAAAAATCACTTTTATGTGAAGTTTATTTATAAACTAATTTCGAGAGAATCACATGCTTATGATTGCTTGTGGCTGGTTCCGCATTATTAAATTTTTTAACAACCTTCGTTTTGAAGAATCCCCCCTTCCACCGCTACTACTCTTCCTTTCCTAGATGGTTGCCACAGTGCCCCAGTGTTTACCACTGTGTCCTCACTAGGCCCGGATTGGCTAATCGGGAGGACTGGGAGAGTTCCCGGTGGGCCGGTCTGTTTTTTGGCTGCGAGGGCCGGTGTCCCTATAGCTGCTTGAACACTCAGCAGTCTTGAAATTTTTTTTTTATTTGTTTATTTATTTGACCATGGCATCTCTCTTTTAATTCATTATTTTGCCGCAGCTATAATTTTTTCATTTATTTTCTCACAGACCCGTGAGCAAAATGCAGCCTGCAGGTTAATGATAACGGAACTATCATTCGACCGCAAACAGCACTAACATGATAGTGCCATTGTGGTCCAGTGGTCAGCACGATGCGTTACGATGCCACCGACACAGATTTGAATCTCACCTTAGGGATTATTATTTATTTTATTTTTTAAATTTTTAGTGTTAAGACATATAATACTGTTTGGGATACTTATAGGTTTACCTATTTTATTTTTATTTTTTGTGACCACCGTTACAAAGGACTGGATATCTATAAAGAATTTTGCATAGAATATATATTGAGATAATGCAGGAAAGGACATTGTGATGTTTTAAAGAATAGTGTTGGAGCTTTAACTACCCTTAAATGTTTTGATATTTATGAAAAACATTTGAAGTTCTAAAGCAACTGTTTCCTTAAAAAAGACATGATAGTGTCATTGGGAACTGAATTGGAAATGACCTTATTTTAATATAGTCAGTCATGTACTGAGATGGGCCGGTCTAAAGCTTGAAACGCCTGGGCTAAAAAGGAGTCCCACTCTGGCCCTGTGCCACACAGCAAGAACGTTACTGGTTCTAGTCCTTACCAAGCCAGCCAACGTTTCTGTGCGGAATTTACATTTTCTCCCCGTGCTCACGTGGGTTTCCTCCGGGTTCCCCGGTTTTCTCCCACGGTCCAAAAACAAGTAACTTAAGTTAATTGACAATCCAAATCAGCACCATAGACATGCTCCAAGTTAGTAGTTATCTCTTAAGATCAATGACTATCTGTTCATAAGCTACTACAGCAGGGGAGTTCTCGAGATCTACATGAGCTCAAACTCCCCTCTCGGCTTGCAAGTAGGAGGGAGCCCCAGGCTTGAGAATCTTATGAGCTCAGGGATATCTCCCGGCGAGCTTGCAAAACAAGTTTTATAATCAATCATCTGCTAAATGTGAACTCATGAATAGGGCTTTAAACACAGTTGTGTGTCATCAATATGTGAATATAAGCAGCTTCTAGCGGTAAAATTTATTCATTTTATTTTTAATAATCACACTTCATAAAAATAGACTGCAGAAACACTTTGACATTCTCCCTTTGTACGTGTCATCAGAGTGGGGAAGCCCCGCCCATGGGTAATGATCTCTCCTTGATTAGCATAGGACATTAGTCTTGTTTTTGAATCTGCCACAAATGCATGTGTAGCTCCACCTCATCTCATTTCAATTTAAAGCTACAGTCACCAAAAAGGCGCAATTAAGATCAAAGCCTAAAAGAGGCTGTTTTAAAGAGTTATAAAACATTATTTGTGGGGCTTGAACTTCACACACACACACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTAGGGATATCAGACTTATTTTAAATCTTATAAAAAGGGTCATAATAGGTCCCCTTTAATGTTTGAATCCCCCAAGTTGCACGTTTTTCTTGTTTTTAAGCATGATAGTACGAAATTTAGTATTTCCACACAAGAACATAAAAACTATTGATAAGCCGTTCAAAAAATCAGTTGTTATGTGTGAACATGGCATAAATAAAAGGTGTACATTTTTCACTTTATTGTAAATAATGCAATAATATAAGGCCAGAATTGTATATTCATTTAATGTATGTATGTATTTTTAAATGAAACGATTATTTATTCTTTGTCAACTATAACTGTAATTGCAATCAGAATATGAGATGTTCTTGCCTCAAAAAATTTACTTTAGAGGCCATAAAAGCCTCTTCTATCAATAAAATAAAAAGTCAATACTATATCGTTGTACCTCAG
Seq C2 exon
GTGTTTGTGAGGCGGCAGAGTGGCAAAGTGGAGTTTTTCAGAAACTGGAAGAACTACACGGCAGGCTTCGGTGACCTGAATGATGAATTCTGGCTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000021948:ENSDART00000131729:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014713=Fibrinogen_C=PU(21.0=86.3)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(15.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]