DreINT0167115 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000069482 | traf1
Description
TNF receptor-associated factor 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-071120-4]
Coordinates
chr8:12380006-12385743:-
Coord C1 exon
chr8:12385321-12385743
Coord A exon
chr8:12380184-12385320
Coord C2 exon
chr8:12380006-12380183
Length
5137 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGT
5' ss Score
11.81
3' ss Seq
TAATGGTTTTCACGTTGCAGGTA
3' ss Score
7.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCAACCCAGACAAAGTAAAAGAACATGAGTCTTGCAGTCATGCGGGTCACCTGCAGCTTCTACTGGACGTGACCAGGGCTCTTCAGCGAACACTGAACTCAGCAACTGAGCGAGTCTACCAGGACAGCCCTGTTTTTCTTGAGCCTGGACCAAATGGCTCTTCACTCGCTCCTCAGGCTGATGGTGACATAGAAACGGATGGAGGAGATCCGGGAGTGAGTGACAAGGCCTTCAGCCTCCACGATGATCAGGTTGAGCTCGCCGCCGGCCAGCAGCTGGACGCCCTGCAGCAAAAAGTGCAGGTCATAGAGAACATCATTTCCGCTCTGAACCGAGAGGTAGAGAAGACACAGATCAGTGTGGTGGCAATGAATAGAGACCATTGCAACAGCCAGCAGATCATTCAGCATTTGGAAGCTACG
Seq A exon
GTAAGTTTCTGATTGATCCCACATTAAGGTTGTTTTTTGTATGTGAACAAAATCCAGTATTACTTTGTGTTGTGTAATTGAAGCTTTTCAGATAAAACTTTGAAATTCTTATATATAAAGTAATAGAGTCAATTTTCAGATAAACTCTTCTTATAATACTTATTGTGTCATTATTTTAGTGTTCAAAAGGACATCATTTTGTGGATTAGGCCTGAACAATATATCATTTGAGCATCGATATCGCAATGTGTGTATCCTCAATAGTCACATCACAGGATTACATTCATTTATTTATTTTCTTTTTGGCTTAGTCCCTTTATTAATCAGGGGTCGCACAGTGGAATGAACCGCCAACTCATCCAGCATATGTTTTACGGAGCGGCAACCCTGAGAAATCACTGAGAAACACCCATACACTCTCATTCACATACATACACAACGGCCAAATTAGCTTACCCAATTCACCGATAGCGCATGTCTTTGTTATAGTCTTTGGACTTGTGGGGGAAACTGGAGCACCTGAAGGAAATCCACACAAACATGGGGAGAACATGCAAAGATACTATTTTATAATATTGTATAAAATGATTTATACAGTACAACGATAACCATGGTATTTTACGTTTGATTGTTACATTTTTGTATTTAAATTCTTTTATAGACTCCATAAAAAAACATTAAGCACTAATTAATTTTTAGTTTTGCTGTGTCCTATGCTTGTAATTTATTATATTTTATGCAAATGCACTTAATAGAAAAGTTTTCTCCATAGTTGATCTAAATTATTGAAATCTTTTCAACTAGAGCTATTCACTTATATTCTTTTCGCTAGATACAGTTAAAGTCAGAACTATTAGCCCCCCTGTTTTTTTCCCTTAATTTCTGTTTAACTGAGAGAAGATTTTTTTTTTCAATATATTTCTAAACATAATAGTTTGTTCTGTAGACTATCAAAAAATATAGCTTAAAGGGGCTAATAATTTTTACCTTAAAATGTTTTTTTTTTTTAAATAAAAAGCTGATTTTATTCTAGCCGAAATAAAACACTAAAAGACCATAAAATACTTTCTCCAGAAAAAAAAAATATTATCAGGCAAACTGAAAATAACTTGCTCTGTTAAACATCATTTGGGAAATATTTAAAAAAAAAATTCAAAGGGGGCTAATAATTCTGATTTTAACTGTATAACACAGCAAAACAAAATATTGCACTTTTTGTTTGTTGCTGTTTGGAATTGTCAGATATTTCCAATATTGTGCATCCCTAGGATGTCAAATTGACGTGAAGGTTTTGACATAAAATCGATTTGCATTTTTGACATGCTTTTTGACATCATGCTTGTTGCCATTTTAATGTTGTTTTAACACCAAGGTGCCCCTTTGGGATGACGTTGAAGGCCCATTTTGTTATTGTTCCTGGTATAAACTGGCCTTAAAGGGATGGTTTACCTAAAAATGTACACATTTTGTACAGCAGTATGAGCTTCTTTCTTCTGTTGATCACATCATGTTGGTAACCAAACTGTAGATGCCAGCCCTTGACTAAACAATATTTAAACTGTATCAATTCCAATAGCCAAAACTCAATACTTAAGAGTATAGACAGCTGTTTGGTTACCAACATTCTTCAAAATATATTATTTTGTGTTTAACAGAAGAAAGAAACTCAGGTTTGGAACAAGTAGGTGGTGAGTACATTTCTGTAGTTTATTTTTGAGTGAATCATAACATTAGTGGTACTAAAAAAAATCACCTTTCAATAGTTCTGTATAATAGTTCAATAGTTGTCAGTTTTGAAAAGTTATTAGTTTTTTTCTAATACACAAGTAATACACTGATGCACAGATGTGAGTTAGCTGCTAATAGCCTGTCAGTCTTGTCATGGATTGGATTTTATAATTGCACACCTTGAAATAAAAGTTTAAAGGAAAGGATTTAACTTTTTAAATGTTGCTCGGTTGTTATCATTTACTTTTGATTTAATTTGATCAAAGGTACAGAAACAGTACTAATGTTAAAGATTATTGCAATTAAAAAATATTAAAAAATTTATATAATAAATATTTTAATGTAATTTATTCTGTGATTCAAGCTGAATTTACAGCATCATTACTCCAGTCTGCAGTGCCACATGATCCCTGAGAAATCATTGTAATATGCTTATTGGAGCTCATGAAACCTTTCTGATTATTATAATCAACGTTAAAACAGTTGTGCTGCTTAATATTTGTGAGGAAACATGACAACATTTCAATCATGCTTTCAATCAAAAAACAAAAATGTCTAAAATAATACAAAAACAATGAAGCACACAAACTTTTCATTGCATTGTCTCCACATAAATTATAAAATATACAATAATATGTTGATATTTTTATAATGTAGTACGTATAAAATTAATCCAACGGTAATGTAACTTAATGCAAAAAATATTGTGAACGATAAACAATGTGTGCTAATTATAAACATGCACTCAATGTACTTTAAAGTTCTAATTAAATTGCATTCATTTCATAATGTTTCTTGAAGGAGTTTGCCTGTTCTCCCCATTTTGGCATGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCAGTTTCTTAAAGGAGTTTGCATGTTCTCCCTATTTTGGCATGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCAGTTTCTTAAAGGAGTTTGCATGTTCTCCCTATTTTGGCATGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCAGTTTTTTAAAGGAGTTTGCATGTTCTCCCCATTTTGGCATGGGTTTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGTGATATAGTTGAATTGAATAAACTAAATTAGCCATAGTGTATGAGTGTGTGTGTGAATGGGTGTGTATGGGTGTTTCCCAGTACTGGGTTGTGGCTGGAGGGGCATTCGCTGCGTAAAACATATGCTGGAATGGTTGGTGGTTCATTCCACTGTGGCGACCAGTGAAATAGAGACTAAACCAACGGAAATAAACCAAAGGAAAATGAATGAATGTTTCTTGAAATACCTCACTCTATGTGTACGATAACACATTTAAAGGGATAGTTTACCAAAAATGAAAACGCTGTCACTATTTACTCAAACTCAAGTGGTTCCAAACCTTAATGGGTTTCTATATTCTGCTGAACAATAAATAAGATCAGGGTATCTGTGAGGTCTTAAAAAGTCTTAAAATGTCTTAAATTTCAAGAACAAAATTTTAGACCTCAAAAAACTTACTGAAATATTGGGTTGTAGGTCTTAAATCAGTTTAAACAGGTCTTGATTTCCCTATGTCCAAGTAAAGCTACCGTATTAAGCAAACTCTCAGTCACCAATAATCCATTTCAAAACTTGTTTTAAATTTTTAAGTTTTTTTATTGCAAAGAGAAAGTTCACAACAGCTTTTTGACATTTTTACAGACAATTGTAACACATTACTTTACATGATTTTACATTAATACAAAAACTATTTACAAATCTAGCTGGCTCATTAGAATTTTTTTAATGTTCAGCCCTGTATATGTCTAAAATTTAATTCATATTGTTCTTAAAAGGGTCCTAAAAAGTCTTAAATTTGACTTGAAAAATCCCATAGAAACCCTAAAGATATTTTAAAGAAGGCTACAAATTAAATACAAGTACAAGGAAAGAAACACTTTTGAGGTCAATGGTTACAGATATTCAGTCATTTCTTTTTTTAATCCAGTGTTCTACAGAAGAAATTCAAGAACAAGGGAATGCTTTTGGGTGAACCATCTCTTCAAAGTTAGTTTCTACTGTCATTTACTTTTATAATTAAAAACTACCCTTACATCAGTGATATGCTGTAATTTAATTTTCATTTGAATGCCATCTAAATTAAAAATTTAATTGCAATTCAGCATCCTGCTGATTTCAAAAGGTATTCATTTCAGTTCTGATCAGCGCACAAACCTGATATCATGTCATTTCTGTCACGTTTTTATCAAAATCAAAGCACTTGATTTCCACTGTGCGTCCATAGTTCATCAAAAAAAAAAAATTACTCACTATTTACTCAAACTCAAGTATTTCCAAACCTTAATTGTTTCTTCATTCTGCTGAACAGCAAATAAGATATTTTGAAGAAAGATACAAACCAAATACAAGGAAAACAAATACTGTTGAAGTCAATGGTTACAGATATTCAGCTTTCTTCATTTTTTTAATCTAGTGTTCAACAGAAGTAAGAAAGTCAAGAACAAGGGAATGTTTTGGGTGAATTAATCCCTTTTTAAGTTAGTTTCACTGTCATTTACCTTTATTATTAAAAATACCCTTACAGCATATTTCATTTGAATTCCATCTAAATTAAAAATCTAATTGCAATTCAACGTCCTGCTGGCTGATTTCAAAAGGTATTCATTTCAGTTCTGATCAGCGCACACACCTGATATCACGTCATTTCCAGTCTGTTTTTTATCAAAATCAAAGCACTTGATTTCCACTGCGCGTAAATAGCAACAGCAGAATTCACTACTTTGATGTGTCCTGCAGTTAACTAGGCATTGATCTCACGCTGGGAATCCGCAATATGTTTGGAGCTAATGAATGTGTTTTTGTTACAAAAGAGCTGAAAAGCTATACAGGAATCTGTGGAAAACATTTATTTCCCTGTGATGTGTGTTTTTTTTATATTTCTATGCCACCAGGGTTGCATGAATCATGTTTTGAATAAAATAAACTTGCAAAAAACTAACAAAGGTATTCGCGGGTCTGGAATGATAATGCATTTATCCCTGTGGTCTTCTTAACACCGGGAGGTGATAAAAAATGATTACAGCTGCATTCTGACGCTCGACCTGGAGGAGTTATTTAACATACGGCAGTCGAGATGACACTTCTGAAATGCTGAAAATGAAGAGATAAGTTGAAGTAAGGATGTGAAGGGAATGGGTGGTAGAAAATAGATTTGTGTGACAATTCACCAGGTGCTGTTGAGAGAGAGAGAGAAAAAACCCAGATGTGTCTAATAGGATGCAGCCTTCTCCTTCCTTTTCTATATTTTCAAGCATCTCACATAAAGCTGCCGACCTTAACCAGCTCTGAAGTTCCATTATGACGCATTAATATTGCGCTTTTCCAGCGAGCCAATCTGTGCCTTTGGGTGATTCATCCATGATAATGGTTTTCACGTTGCAG
Seq C2 exon
GTAGCGGAGCTGCAGCAGAGGCTGGTCAGGAAAGACATTCTCATCAGTTCTTTGCAGCAGTCTATCAGCGCCCAGCAGGACGTCTCGTATGATGGCACCTTTTACTGGCGGGTGTGTGATGTCAGCCAGAAACAGAGAGAGGCTGCCAACAGCCAAAAGATCAGTCAGTACTCACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000069482:ENSDART00000101174:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.370 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF078897=DUF1664=PU(88.6=44.0),PF0101715=STAT_alpha=PU(81.5=37.6)
A:
NA
C2:
PF078897=DUF1664=PD(8.6=10.0),PF0101715=STAT_alpha=PD(15.4=16.7),PF0091721=MATH=PU(14.9=35.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]