DreINT0167127 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101036 | traf2b
Description
Tnf receptor-associated factor 2b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-5345]
Coordinates
chr5:53799395-53804167:+
Coord C1 exon
chr5:53799395-53799736
Coord A exon
chr5:53799737-53803989
Coord C2 exon
chr5:53803990-53804167
Length
4253 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATTA
5' ss Score
7.04
3' ss Seq
GTGTTTGATGACTCTTGAAGGTG
3' ss Score
4.83
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTGACAATTGCAAGCAACAGGAGCATGAGCAGACCAGCATAATGGAGCATTTGCGTCTGATGTTAGCTTTGCTATCCTCCATGCGCCTGCGAGCAGAAGGGGCTGGAGAGTGGCAGGAAGACGTTGGGCTGGGATTGTATCGCGGACCTGAAGATGCACCACCAGCAGGAGCTCATAATGTAGGAAGAGGAGGCGGTCCTGGTGTTCAGAAAAAAGTCACAACTTTGGAGAACATAGTGTGTGTCTTGAATAAAGAGGTGGAACGCTCTGCCCTCACCATGGAGGCGATATCCCGGCAACATCGCCTGGACCAGGAAAAAATTGAGAATTTGTCAAACAAG
Seq A exon
GTATTACACACACTGGGCAGAAAATGATGCACCAAAATAGTTGTGCAAAAACACTCGGATTTATGCTGGATTTATAGGATTGTTTTTCCTTTCGGACTGCAGAGATGGTTTTGATGCTCTGCTATGTGTCCGAGCATGATGCGAGGCTCTCACCTTGCAGGTAACAAAATCATGATGTATTGAACTGTCTTGTTCCATAATGGGCAGGTGGAGAGCTTTAGAGATATTTTATAAATATTGCTCATTATCTCTTCTCCTCCTCCAACTTTCTGTTGTTAAAAGCCTGGAGCACAAGGAGAAAAAATGATGGAAAGTATGTAACAAAATCAATGGCCAAAGTTTTGAAATGAATATCCTGTCCAATAGCACTAACTGAAAAAATACATTAAATACCAACTGCTCGCATTTTAATGACTTGAACTGCTGGGGTTTGTAATTTTAGGTCCTAAAATTTAACATAGCTGTTCATTTAAGCTGTGAATATTTCAATACAAAACACAATTTCATACTTAAATCCAATACTTCATATTCAACTTCCAAAATATTCAGTTCTGTCTAAAAATACGAAGTATAATATTCAAAAGATCTTTCAGTTAATTTTTTTTTTTTCAGTTCAAAATTTTGCTTTCATAAATTCAATGGTTCAAACTTGGCTGTTAAAATTCGACATTTCATCCAGGAACTGCAGGAAAAGCAATAGATTGCAGATGGCACATTCAGTAGCAGATGAAAATGGACCAATTTAAGATTTTTAAACCATTAAATAATGTGAGGGAAAAAGCTAATAATTGGACAAACAGTAGCGGATTTAGGCATGGGCAATATGGGCGATCGCCCATGGTGGCGTCTTGCTGGGGGCGGCATGGGGAGACGGTGCAAAAAAAAGTGTCCCAATAACAGCTTTAAGATAAGATTTACTTTATGCAAGTGTATTAATTTAAAGTAGTTATCCCAGAATAAAGACGTTAGGGGCTATTCACGTTTGGCATCTTTTGCACACGTAAGTTTATTATTGTGTCAAGAGCAATTTATTTAGTTTTACAGTTAGAGTGGATTTTCCTTATTATACTAGTATTATAGTAGCGGTTTTTTTTTCGGTGTAAAGAATAACTGGATGTTTACAAAAACATTTTGATATTGGTAAGGGCGTCTGCAACTTTAGTGAAGCATCAAATCACCATCATAATAACATTCAAAACATGTTAATGATTGCATAAATGTATTATTGCTTTTTAAAAAAGTCACATATTATGTCTATTATCATGCACAAATTGTACTAAAGCAATCTAAAAAGTTCATATCAATAAGTTTTCTCTTTGCACCACCAGGTGGCAGTCTTTGTACTTTTATTTCGGGGGTGCAGATTGCATAAGTTTTATTCATATATGTATATATATATATATATATATATATATATACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTAACTTTATATATGTATAGTTAAAATTTTTTTTTTTACTATTTTCCCAAGTGTACATAACTACTACTGTAAGGAAATATCAGAATTCGGTACATACTTTTAGTATTATCTTTGCTTGAACAGACCCAGATCTAATCCTGTTTATATGAATTTAACCTGCTCCCGACCAGGTTTGATCTACCAGAACAGTTGCTATGACAACAACTCTCGGATCACTTTTGAAGAACGAAACGATCCTGGATCGTGTCAAATCGTCAATAACCAAATCCAGCTAACTGAGTAATCCACATACGAAGAACAGACCCCTGGTTGTTTATATGCATGGTGATATGCGTTGACATGCAAGTTGACAAACTAAATCTTATTATTTCAACTAAGCATGGCTATGAAGCGGAAAGGAGAAATAATGAGTTAGGGAGGTAACTAAGACTTCATAACATTAGCTTTCGGCCAATAGTCGGGTCTAAAACAACAGATAATTCTATAATTTTTTTTTTTTTTGTATTTTTAGAACTGTCATAATTAATATTCATGCAAAATATCTGTATATAGTTTTTCAGTTACATTTAGCACTAATTTCTTTTATTTATTTAGAATAATAATTGTATAATAATATTAAACAAATGTATATATTTATTGAAAATTTATATATTTAAATCTATTTGTAATAATTATTTCAAATGTATAGACTAAAAATATATATATTTAAATATTTAAAATATATAAAGCAAACCACAAAGTGTTTTTATTTCTTGGGGGATGAGGAGGGGGTATGTTTAGGGTGCTTTCACTGGGCACAACAGTAGCGATATTAGTATCAGTCTTGGACATTATAAGTAGGCTAATAAAAGGATTATGAGTAGGCCTAAATTGAGTAAATGAAGTTTTGGACATTTATATTAGCCCTATTGTAATGAAAGCCAGCTGGGGATCACGCAAACCGCATTCCTTAGATCTCAAGAGGTGATCCAGCTATTTTTATTTATTTATTTTTGAGTCTTTGACTGATATTAATATTAAATGCTACTTTTGTGCTTTTTCCTCACCTATTTACTGGTTTAAAAATCTTAAATTGCTCCATCTTTATCTGCTGGTGAAAAAGGAATCTGTAATCTATTGAATATTTTATCTGCAATCTATTGCTTTTCCTACAGTTTCCGGATGTAATGTTGAACTTTTACAGCCGAATTTGAACCACTGAATTTATGGAAGCAAATTTTTGAACTGAAAATGATCTTTTAAATATTATACTTTTGTTTTTTTAAACAAAAAAAGTTGAATATGAAGTATTGAATTCAAAGTAAGAAATTGTGTTTTAATTTAAAATATTCACAGCTTAAATAAACAGCTATGTTAAATTTCATTACCTAAAATTACAAACCCCGGGGGTTCAAGTCATTAAAATGCAAGCAGTTGTTAAATCAATGTATTTTTTTTTTCAGTTAATGCTATTTAACAAGCTTTTTAATTTACAGTAATACTTTTGCCATTGATTTTGTTACATAGAAAAGTACTATACATGATCAATGGTTCCTGCAGTCTGTATGATTTTTTGTTTTTGACTGAAATTGAACAACAACAAAAAATATTTAATACTCAATTGTACATTTAAGGTTATAACAACTTGTCACTGGTGCACTACCTTTATTTGACAAAAATGTACATCATTTACTCTAAAGGTTGCACAGCAGTACTATTGAGTAGAAAGGTGTCAAGAGCTCATTGTGATATTAATGATAATGTTTTGGTGAATTTAGATGACCCAGTTCTGCGTGCAGCATAGAAGAGAGTTAATCAAATGGGTTTGCATACTTTGCAAATTTTTATGTTAATTTTGGCAAAAGTTGTTCTTTATTTAAAATAAAGCCAGTTTTATTCAAATTAAAGTTCAGACGTTTGATTACCAGTGGAAGCCTTTACTACCAAACAGACATGCTTTGTTTTCATGTGGCTGTTACTGGTGAAACACAGACATGTGTCTTTCCTTTACCTGCAGAAGAGCCTTTGCTGTCTCTGTCATGACCTTTTATTCATGTGGGATGTTAAAGTCCACATTTCTCTAAATGATAAGTTGATTATTAAGTTAAAATAATGACAGAATTTGTCCTTCGCAAGTTTTCTGTGGGTCTTAAAATGTGTTTAAGTAAATATTTGACAATCCAAAAAGCCTAAAAGAATTTGATGCTTGAACTTACGATGCAAAAAATATACATTCAGTTTAATAAAAATTAGTTGTAGGCAGAAAGCAAAGACAATGCTATTTTTGTTTTAATCTCAAACATGCTTCACTGTGGCCAGCATAACAGAAAGCTGTAGACATATATAATGGAAAATGAGAAACAAAAATCATTTAAGACATTTTGTGTTCCCCTCAAAGTAAATACTTTACATTGTGTTAAAGATTTCTTTAGATTTTTTTTTTAAGTTACATGTATCTTCATAAAACTACAGAAACCCTATGCAAATTACCATAGACATCTTTGAGGTATCAATTGGGACAATTTATTGAAGATGCATTAGTGGCTCACTTATCCTTCTACTGTTAAGTAGTTAATTATTTGATGATGACACAGTTTTTCAATTTAATGACGCTACAGTGAATGAGACTATCTATATTCATTCCTAATTATCTTTTATCTCAAAGTAAAGGATTATGTAGAAGTAGCTTTCAAATGTTAACATATTGTTGCCACACTACAGTCAGCACATTGCTGTTGAGCAGTTTCATGACTCTGTTTGTCCTTCTTTCTGTGTTTGATGACTCTTGAAG
Seq C2 exon
GTGCGACAGTTGGAACGGACGTTAACCACGCGAGATCTGCAGTTAGCAGAATCTGAGCAGTCTTTGCGGGAGCTGCAGTTTTGTACATATGATGGGGTTTTCATTTGGAAAATTGCAGAATTCTCTCGACGCAGGCAAGACGCAGTGGCAGGCCGAGCACCTGCCATGTTCTCACCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101036:ENSDART00000169531:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.225 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0217613=zf-TRAF=PD(13.8=7.0),PF115593=ADIP=PU(69.5=57.9)
A:
NA
C2:
PF115593=ADIP=PD(28.4=45.0),PF0091721=MATH=PU(15.6=36.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]