DreINT0171847 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000099034 | unc5a
Description
unc-5 homolog A (C. elegans) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080219-19]
Coordinates
KN150681.1:105939-165320:+
Coord C1 exon
KN150681.1:105939-106119
Coord A exon
KN150681.1:106120-165155
Coord C2 exon
KN150681.1:165156-165320
Length
59036 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGT
5' ss Score
11.45
3' ss Seq
GTGTTTCTGTGTGTGTTCAGTGG
3' ss Score
9.02
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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ENSDARG00000099034:ENSDART00000170949:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.131 A=NA C2=0.089
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0767911=I-set=PD(63.7=95.1),PF150281=PTCRA=PU(7.2=11.5)
A:
NA
C2:
PF150281=PTCRA=FE(56.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]