DreINT0173002 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000022187 | usp6nl
Description
USP6 N-terminal like [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041210-192]
Coordinates
chr4:24060261-24063483:-
Coord C1 exon
chr4:24063389-24063483
Coord A exon
chr4:24060327-24063388
Coord C2 exon
chr4:24060261-24060326
Length
3062 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTAGTAAGA
5' ss Score
5.2
3' ss Seq
TTCTTTGCTGCCCTCTGCAGGAT
3' ss Score
11.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTCTTTGTACCAGGGTTCCCTAAACTTATGCGCTTCCAGGAGCATCATGATCGTATTCTGCAGAAGATGATGCCTAAACTTAAACAACATCTA
Seq A exon
GTAAGACGCATTAACATCTCCAGAACATCACATCACACATGATACTACACATTAACTCAATTCTAGGCCACTTTACTCTTTAAACCTGTACCTTGCATGGTCCAGTCATGTTCCCGAAACACATACTTGCATTTAAACTGTTAATTTTATCCTGATTATCTAAAATCAACTTATTCCAAAGTTAATCATTTCATCAAGTGTTCACAATATTGATTTTTTTTTTAAATGCATCTGAGCATCTGGCCTAGTCTGAGCACTTATGTTGTAGAGAATTCACAAAGAAATGCCATCCTGGTATTCATTAAAGGGCAGAGTAATTAATAAAAGCCGACATTAATAAATAAAGAGATTGATGAATGAATGAATTATTTGTGCGTGAGGGAGAGCCAGCCTTTGATCATAAAAGAGGGATAAGCTTTACTCATTGGTGGGTGTTTGTGAACATATGGCTTTGTTCCATAGAACATACAATCATAACTCTTGCTCTTTTTATTATTATTTTTTTTACAGTTTATACAGTGTGAAAAAGATGTCATTTATGTTTATGAATTATGTTATTCAGTTCAATTTCAATTTAAAAGTTAACTTGTAAAGTTGTTTCACAGTAAGTTTTTTTCAAAAAATGTGCAAAAGTTACAAAATACTTGATGACTTAAACATACTTTATAAGTATATATAATTGTTTGGTAAGTCAACAACATTTATTTTCATTCCCTTGTTTTATTTTTAAAGCACATTTTGACATATTCCAAACTCGGTATGAAAATGCCAAGATGCAGATAAAATCTTGTGCACATGAAAAAAAATAAACACTATAGTCATTTATAGTAAATACTATAACTTAACAGTAAATATCAACTTTTTAACATTTTTAACATTAACGTTTTAAACATGTAGCTGAGCGGCTCAGTGCTGGTTTTTGTTTGTAATTTGAGATCAAACTAAACACCGCCTTCTCTCTGCTGATGCTCATTCATAAACAGCATTATGAGACAGATTTACACTTTATTAGGGCTTTCACGATATCTATTTTTTGTTGTATGATATATTGCACCACAATATATTGCGATAAATGATATTATTGTCATTTTTAAGACCATTTTATGCCACTCATTATAAAATGCCACAATGACAATATAATAGCATCATAATGCAAGTACACTCTTCCAAAGAACACATAATGTTTTATTCTTAAGAATATTGACTTTAATTATAGTAATTTTTAAAGTTGAATAATTAGGCGTTGAAATCAGAATGTGCAAACATACAAATTTTCTAAAGAAATAAATAATAAATGTTTACAAAAAAATTCTAGGTAAAAGACAGAGGCTGGGATATCTGCTACCAGATCTATTTTCAGTTGTCAGACACACACATGAAAATGTACTCTAGCAATTTATAGTAAATACTATAGTGTTTTCAACCATACTGACACTGACATCTCCAATAGATAAAGATGTTGCACAATCAGCTAAAGTGTTGCTAGAATAGTTTTTTTATGGATGTAGTTTTATGGAATGGATGATATTTATTGCATCACCAAAAATGATTGAGACCATGTCCATGTATTGTGCAATAAGTTGATATATTGAGAATTGTGACAGGCCTACACTGATATTTTTCAGTTTTGCATTGTAGTCGAAATAAAAATGATAAAGTAGAATGTTCTCTTATCAGTCCCAATATGTTTAATCTTTTGGGAAAAAAAGAAATATGCATTTGACTGCAAATGAGATTTTTTAACAGCAGCTTTCGCAGCACCCATCAACTGGTGTTTTTCATGAGACACAGCTTTGTGAATGTTTTATTTCATGCATTTAGGTTTTAAAGTGCTTTTATTATATTTTTTTATTCAAAGCAACTTTCACAGATGTGGATTTAGCCTTGAATATATTGAATGATGCCGTTGCAATTGTTTCTCCACAATCGATTCCTGATCCTTTGTCTTCAATCAAAGACACATTATTTAATTACCTTCAAAGTGCCAAAATAGTTGTTAAACACATTTGTTAAAAACAAAAGCATATATACATGTTAAAACTGTACAACAGAATTTAGTGTGTCTGCCTAATAGTTTATTAGTTTTTAAACATATAAATGCATAATACATACCACATAAAAGTACATAACATGCTATAGTAAAGTACTTGAGTTTATTTGTTGTGGTAATTCTATAGTTGCCTTGGTAATACAACATTTTGTTTTAACATAAACTTGCACAAAGTATGCATTTAAAACAGAATTTTCAAACAAACAATATTTATACAAATCGACAGTGTTGATTATATAACATGATTTATTCTGTAAACTACTGATGTCATTTTTTAAATACAAATGGGCTCATCTATTTATTTATTTTGTTTAGTATTATTTAGACAATATTCAGGCATGTTTATGTGAACTTTAAGAATGCAATACTGCTACGTTTCAACTTTAGAAGAGTTAAGAAATGTATATTTGGTGGAATAACAATGATTTGCGGGCACATCAATTGAAAACATTAGTAATGTTCTGCAATCAATCAATCAGTAAAAGAAATAATCATTTTTATTAATAAATTTGGTAATATTGTTATTAATAATAATATATTTTTTATTTGTTTAGCACTTTTTTTCTACATACAACTTAAAGTGCTTCACAAACAAATATTAAGAAACAACATTAATATCAGGTAAAACACACAAAAAAACCCACAAATGTAAAAACAAATAGAGCAAAAAAAAAAAAAAACGACAAATATATACACAGAGAAATGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGTAGCATATGCATAGCATATGCAATATACATATCGTTTTTGTAGTTTTGAAGCCAACTCCAAATAGGATAGAGCGTGCATCCACACCTCTATAGGCTTTTGGAATATTTTTTTTACATTTGACACCCTTACAGCCTTACTAACACCCTTTATGTAAGCTCAGGTTTTATTTATGGTGATAAATATGGTTATAGTCTGTTATTTAGAAACAATGCTTTGTTTGATTTTTGCCTTGCCCGTACAGTAACTGTTCTTTGCTGCCCTCTGCAG
Seq C2 exon
GATAACCAGGAGGTCTACACCAGCTTATACACTATGAAGTGGTTCTTTCAGTGTTTCTTGGACCGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000022187:ENSDART00000143571:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0056613=RabGAP-TBC=FE(14.8=100)
A:
NA
C2:
PF0056613=RabGAP-TBC=FE(10.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]