DreINT0173576 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000075962 | vav3b
Description
vav 3 guanine nucleotide exchange factor b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-251]
Coordinates
chr2:16324799-16332210:-
Coord C1 exon
chr2:16332062-16332210
Coord A exon
chr2:16325460-16332061
Coord C2 exon
chr2:16324799-16325459
Length
6602 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTGAGA
5' ss Score
7.62
3' ss Seq
AGATATGTTTTATATTACAGGTT
3' ss Score
7.93
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTTGACCCCAAGAGTGCTTGGTATTGCGCTGGCGCGATATGACTTCAGCTCGAGGGACACCCGTGAACTCTCACTGCAGGTGGGCGACCTGGTGAAGATCTATATCAAGTGTACCAATGGATGGTGGAAGGGTGAAGTCAATGGCCGG
Seq A exon
GTGAGAAAAAAAAAAACATTCTTACACATTTTAAAACTAAAAATACTTGCTTTTTCTGTGAACTGGCAGATCATTGAAGCAAACTCATAAACTTCAATGGTTGCACTAAAGGCAACTGCTAGGCACACCGTAACAGCAGTAACAGTTTAAAAGATTGATGTTGGTAAGATTAAATTATCATTAAAATGTAATCCATGTATTAAATTTTAGTTCAGTTTCAATTTATGTGATGAATCAAAAGTGACAAAGGCGTTTACAATGTTTAATAATAAAATATAATATAATATGAGATATAATATATGTCACAGTGGGTAGCACGATTGCCTCACTGCAAGAATGTCACTGGTTCAAGCCTTGTCTTGGTCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAAGGCATCGGCTGTTTAAAACACATGCTGGATAAGTTGGCAGCTCATTCCACTGTGGCGACCTCAGATTAATAAAGGGACTAAGCCGAAAAGAAAATGAATGAATGATAATATATTCATTCATTTTCAACGGCTTTTCCGGGGCTGGGTCACAGAGGCAGCCAACTTAGGAGAAAACTCCAGACTTCCCTCTCCCCAAACACTTCCTCCAGCTCCTCTGAGGGGATCCCGAGGCATTCCCAGGCCAGCCGAGAGGCATACTGTAGTCGCTACAACGTATCCTGGCTTCTCTCAATGTGGAGGACCTGCGGCTCTACTCCAAGCTCCTCCCGGGTGACCGAGCTCCTCACCCTATCTATAAGGGTGCACCCTGCCACCCTGCGAAGGAAACAAATTTTTTCTGTTAAATCCAAGATCTTGTCCTTTGTCATAGGTGAGACTAGGAACATAGATTGACCAGTAAATCGATCCACCTGTCAATCTCACGCTCCATACCTCCCTCACTCGTGAATATAATAAGGGATAAGAACCTGGAGATGGCAAACCTTTTTCCGGTGGAGCACAATGGCCTCAGACTGCTGATTCTCATCCCAGCCACGTCACACTCAGCAGCAAACCACCCAGTGCATGCTGAACGTCCATGTTTGATGAAGCCAACAGAACAACATCAGCTGCAAATAACAGAGATGAGATACTGTGGTCCCCGAACCGGACCCCCTTCAGCCCAAGGCTGCGCTTTGAAATTCTTTCGGAATTAGTGAAAAAGGACAGCCCTGCTGGAATTCAACATGCACTGAAAACTGTCTGCTCATACAGGGATGAGACAGCCCTTAACAGATCGCTGCTGACCCCATACTCCCAGAGCACCCTCCACATTATGCAATAAGTGACTTGTATCCTTCAAGTCCATAAAACACATGTGGACTGGTAGGAAATACTCCAATGAGCCCTAAAGCACCCTGGTGAGGGTAAAGAGCTGGTCCAGTGGACCACGGCCTGGACAAAAATCGCATTGTTTCTCCTGAATCTTAGGTTCAAACATAGGCTGGATCTTTCTCTTCAGTACCCTGACACACACTTTCCCAGGGACGCTGAGGAGTGTGATACCCCCTCTAGTTGGAGCACACCATCCAGCCCCCCTTCTTAAAAATAAGAACCACCACCCCAGTTGCCCAGTCTAGAGGTACTGTCCTAGACCTCCATGCCATATTGTAGAGACATGTCGGACAAGGCAGCCCCACAATATCCAGAGACCTAAGATACACATGGTAAATCTCATCCACCCCCGCTGCTTTGCCACTGTGGAGCTTGTAAACTACCTCAGTCTTAAATTTCAAAAACTAAATTTTAGGCCATAAAAAGTCTTAAATTCACTGAAATATTGTGCTTTTGGTCTTTAATCATTTTAAACATGTCTTAATTTTGCTTTGTCCAAGCTATACTCAATTAGACCACCCACCATTTAATCGCCAATAAAACTTTATTTTTTTAATATACTTTTTTTTATTGCAAAGCAATACTATTTACAACAGCTGTTAAACATGTTTACAGCAAATTGAACAAATTAAAGTTCTCAATTGTGAAAACTAAAAACAACTAAAAACGTGATTTCTAATGATAATACCAGGCCATTAGAAAAAAGTTTTAACCGTGTATAAGTCTAAAATTTAATTCTTTATGGTCTTAAAAGGGTCTTAAAAAGTCTTAAATTTGACTTGATGAAACCTGCAGAAACCCTGATTACATTATGATAAAAATGTATCCCTGCTCAGAAAATACTTTATTCTTGGTTTGGATTCAAGCAAATGACTTAGCATTATAGATATATGACAGTGTGATTGACATTTAAGATTAAAATTAGAGCTTAGGTCAGAATATTTCATCAATATATCTAATCCTGAGTCACATATCTTTCCTCCAGCCTTATTAGAGTCACTTTTCTTCATTTCATATGCTCAACTTTGTTTAAAAAGAGAGATGATTAACTGGAGGTGATGACAGAAGATGACAGAATGACTCTTAATGATTCTTCTGCATGTCAGTTTCAGATCTGAATCTCAAGAGATTTCAAACTAATCATAATGAAAAAGAGATATGCTCGCTTAAGCCCAAAGTACACAAGTTTATAACATGCATGTAAGCATGTGCAAGTCAAAGTCTGCAAGAACCAGTGGCGTTGCGAGGGGGGGGGGCTTTGGGGGCTTAAGCCCCTGATGTATTGTCAAAAGCCCCTGATCTTTAGCAATATGTTGCACTTAAATAAAAATATGGTGTATAACTTTTATTTTGTTATCTAAGTACTGAAAATTACTGTGTATATCACGCACATTTTACCTAACGCAGTGTTTGCATCGGGTCAGCTGTTCAGCAGTACCTGTATCTACCGGCAGGTGGAAGTGGCACTGTTGTCACATGATGTTTAAAAAAATTCCGCCACTGCACTACATTTATTCATTATTTTGAAGAGCTGAAGCTGATGAGGTAATAATGCAACTCTTTCGCAAAACTGAATAGTTCTAACTACTGATGAAGCTTAACATTTGTTTCCACAGTATAAAATGTGTGTAGTTTTGGTGAAATAAAATAACTGTAATCGATAAAATGTGCATCATATCAATGCACACATGCAAATTAGTCAGAAAAACGTAAATTGTTCTAGCTTTCTGGATATGATATAGATATCTAGGCATATTTATCTAGATATGATATAGCCAGTCACATCTGTCAGTTAGCAGGGGATTATAAATCGACTTTCTTATGAAAATACCTGAGATTGCTGGAAGAAGACAGTTGAATTATTAGCCCCCCTGTTTATTTTTTCCCCTAATTTCTGTTTAATGCAGAGCAGATTTTTCTCAACACATTTTTTAAATATAATAGTTTTAATAGCTCATCTCTAATTACTGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTGACTAGACATTTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTTAAAGGCAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTATTGTATAGCGATAGTTTGTTCTGTAGACTATCAGAAAAAATTTAGCTTAAAGGGGCTAATAATTTTGATCCTAAAAGGGTTTTTTAAAAATGTAAAATTGCTTTTATTCTAGCTGAAATAAAACAATTAAGAATTTCTTTAAAAGAAAAAAATATTATCAGACATACAGTGGAAATTTCCTTGCTCTGTTAAACATCATTTGGGAAATATTTAAAAAAGAAAATAAAATTCAAAGGGGAATAATAATTCTGACTTCAACTGTATAAACACTTATTATCGCAGTCGTGTAAATGATCAGTTAAAGCCTTTTTATGTTTATTCAGATCTTATTTTCATTCAACTACAGCAATAGCTGGATTCCTGCATCCATATTAAGGATTTCCTGGAATGTTCTAATTTTGTGAGGCATATATGGAATTTCTGCTCAATGAATGAATGAAACAAGCATTACATGCATTTAAAGTGATACAATGCTCACATCACCTTATTTTCAGGAAAACTGAAAAAAATCTCCCTCTAAAGAGATTTGAAGTAAACACATTTCTAGCATATAAATCTTTATTTTTATTTTTGTACTATTTTTGATAAAATTGTTATTATGTCAAAAACAGTAGCCTATTGAATACCAATATTTTGCAAGGTATTGAATTTAGAAATTCCAGTATCTTGACAACACTACACCTCGGTTAATGACTCTGTCCAACTGAACATGTTTGTAGCTTTGTATCACATTTAATAACAACTCACACTATACTCTTCGGGGCTAAGCCCCTTATCCCTTTCGACCCTAGCAACGCCCCTGGCAAGAACATAATCGCCCGATGTCTCAAAAACGTACGCATGACAATTTTTTTTTTGTACGCTAAAAACTTGTTAGAGCAAAGTCAAATAATATATAGTAAAAAAAAAAAAGATTTTTCAAAAAAGTTATTTTAATAAGTTAATCAGGTTTCAATTTTTTTTTTTAAGTTCTGAAAAGTTTAACTATATTTTTGTAAGTTTGATTGAAATAAGCTGAGATAACTAAAAGAGTTAAAGGTGCAGTAGGTGATCTTCCACAATGCTAACAGCTAAGCATAAATCTCTGAATCACAGTCCCTCCCCTGCCGTCCAGAGCCATGCCTCCTGAAACAGGAGCATGCGCACCTTAAAAGTGACAGCAAAAGTATCCTCTCTCATGTGTTAAAAGCAACTAGTGCTTGTCCTGCGGTGTGCAGGAATTACACTCATTACTAAGCCAAACTGGCATGCTATTTTAGATCGAATATTCAGAGTAGCATGGTAAACAATATAGGGAGGGACTAGGCGGAATAGCTGTATTTACTTGTGTTTTGTTGTTAAACTAATTAAAATCTACAATATCGATGCTGTGAAAGGTCCCTTATGAAACTGTAAATAGTTTTAAAACAGAACATTACCTGTCTCAGAGAAATCCTTCTGCCATAGTGTCATTCTTTCTCCAGCGTGCAAAGGTAACTCCAATATTGATTCAGGTTTTTGATTCAGCATGTTTTGGCCAATCGCGCCTATGCACAAACAGCGGTCGTCTGAGCAGCGTACAAATGGCTGCGCAGTTGTTCAAAT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Seq C2 exon
GTTGGCTGGTTTCCTTCAACATATGTGGAAGAGGAGGAGTGAACGGCGCAGGAATTCATCCTCTAAACTGTGACCACAATGAACCAGAAGTCGGCTTTGGACAAGAATGGTATTAGCGACCATTGAACTCTTATATGAGCGAAGCCCCACAAACACCACAATTATCAGGCTCCTCTAATGGGATGTGATGGACTGCGGTTGATACCTGCAGCGTGACGCATCTGAGGTCTGTTTAATTAGTTATGAATGTCCCTCGCTGCTCCACATTCGCTCCAGACGTCTCTTTCTCTCACTCTCTCTCACCCTGTCACCTCCTGAAATCTTCACACAGGGCCCGGGGCCTCCCTCTCTCCACCTGTTTAAAATTTAAACTCCATTTCTGTGCGAAGCCGGACCTCCCACAAACTCAGCAGTGGCATGCAGAGAGAAAAGCCCTGAGCTGGCCGTTTTTTTCTCCCCCTTCACTAGGCGACCTTTACACGGTGCTTTCAGCTCACCTTGTGCTATAATTGATGATTTCATTGGACCGTCTGACTCGACAGAGTTTGGCTGGGGTGAGATGGAGTGCTGTGCTGTCACGAAACCTTCCTCCTCTTCACAAATTCTTAGTACTAATTTTGAATTACATGAGACATATTTTTAATAAAACAAGCAAAAAGTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000075962:ENSDART00000110059:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0765312=SH3_2=PU(74.5=76.0)
A:
NA
C2:
PF0765312=SH3_2=PD(21.6=78.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]