DreINT0173601 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000103515 | vcana
Description
versican a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-011023-1]
Coordinates
chr5:45881884-45885772:+
Coord C1 exon
chr5:45881884-45882066
Coord A exon
chr5:45882067-45885629
Coord C2 exon
chr5:45885630-45885772
Length
3563 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCCGTAAGT
5' ss Score
10.11
3' ss Seq
ATTTTATATTTCCATTCCAGCAT
3' ss Score
7.78
Exon sequences
Seq C1 exon
TATCCTGCAGTCAGCCTCCTATTGTTCATAATGCCCGCACGTTTGGCCAGCCACGTCCACGCTATGAGATAAACTCCCTGATCAGGTACCAATGTATGGACGGCTTCATCCAGAGACACGTTCCCACCATTCGCTGCAGAGGCGACGGCTTATGGGACTCTCCCAGGATTTCCTGCATGAGCC
Seq A exon
GTAAGTATTCTGTGAATATCTAACACAAGAGTTTAGTGATGAAATCACACCAACAGAACTTGATTGGTCATTCTGTATAATTATATAAAGCGGCAGGGACACACTTTACAATAAGGTTTCATTAGTGTTAATTTATTTACTAACATGAACTAATAATGAACACATTTACAGCATTTATTTATTTTTTTTTATTATTACAATTTTTTTATTATTATTGTTAACAAGGTGACACAGTGGCGTTGTAGGTAGTGTTGTCACCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGTTCGAGGCTCGGCTGGGTCAGTTGAAGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCTCACGTTCACGTGGGTTTCCTCCGGTTGCTCCGGTTTCCCCCACAATCCAAAAACATGCGATACAGGTGAATTGGGTATAGGCTAAATTGTGCGTAGTGCATGAGTGTGAATGAGTGTATATGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCAGCTGGAAGGACATCCGCTGCGTAAAACATGTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCCAGATTAATAAAGGGACTAAGCCGAAAAGAAAATGAATGAATGAATTATTGTTAACAAATCATGCAAGCTGAAAAAACAATATAATGAAATATATGAATTCAACTACCCCAACCCTCGTCCTCCTGTGGTCTCTTTAGACGGATGTATCCAGTGAATAGAAGTTAACAGAAAAACAAAAACAAAGTACAGTCTTAAGTATCAATTATACAAAACATCCTGATTATTGTTTTGTGCAGCTGAAGTCCAGATCTTTAATGTACTCAATTGTACCAAGTTCACTCGAGCTGTGGATAATTCCAACATTATAATGTCTTGAAGTTGTACCAACCACTTGTACATGTCAAAAGTATGTGGAGGCAGCCAGTGTTGGGCTAGTATTTTTATTTTTATTTTTTATTTTTTATGCAGAAGTCATATCAGCCAGCCAAACAGCTTTTTGTAGCTTGGAAAAATTCAATGTAAAAGCATTGCTCAGTAATAGAATGGAAGGATTCACCGGTACAGGATATTCAATAATTTTAGATAAGATAACACACACCTCAATCCAAAGTTTTTGTACTTTCCCACATGATATGAAAAAAGACCCAAGTTCCTGGTCCGAGTTTACAGCATTTATTAATCATAATTCAGCATTTACTAATGCATTATTAAAATCCAAATTCATGCTTGTTACATTAGTTAATGCACTGTTAAATGAACTAGCAATGAACAACTGTTTTCCATTACCTAACAATAACAAATATGATTATATAATGTAATAAATGTTTTGTGTCTTGATTGTTCATGTTAGCAAATACATTAACTAATACAAACTTATTGTACAGTGTTACCAACTTTTGTAAATGATTATGATTTACAGTATAAATCTATTAAACCACATGTGTTTATTAAACCACATTTACATGAATTACTTTAGCAGATACTTTTATCCAAAGCAATCTACAAATAACTGTTACTCACAAAACACGCATAAAACCACAGCGATACATTCAAATCTGCATTTGAGAGAGCCAGATTATTCATCATTTACATTTGTTTTTATTTTTAACTAGTGTTATTATTTCTGTGTTAACATTCAAATTGTCACATAAGTACTGGAGCAATTTATTGTTGAGACAAACAACTATATAAATGATCAAAATCACCTTTTTTTAAAGCAACTTGATGCTTTTAATGAAGATTGTTGCAATTGCATTATTACACCAATAGTTGATGAGAGCGACCATTGAAAATGTATAATGTAAGTATTTATAACTCTTCATCAAACATGTAAAATGATGTGCCTTTTGTGCACAAAAGACAAAAAAAAAACATCTGATACTGAAATAGCTGGCTAATATAAAGGGCTGGTTTCATGCTGCATGCCAAACTTGCATTTTGTTTTAAAGTTTAGTTTTATCACTAATGTATCAATAAATGCAGGGGAAACTGGACAACAGTGTTTTTTTTTTCTGTTATATAAATATTTTACAGATTGTAAATACTCAATGTAACAACTGCATACAATGTAAAAACTAAACATCATGTAATAAGTACTAAATTATAATTGTATGTAATAATTTTCTCATAATTCTAACAAAATCTTGAGCTCAAAATGTGAAAATATATGTTTAATGTTTAATGTAATAACATTTTTTCCCATAATTTAATGTTAATGGTAAAAAAAAACAAAAAACTAAGTGCACAAATCTAAATAACTATTAATAAAAGAGGACAAAATCTTGAGAACTATTAAATTAAATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTGACAGAGGCTTATTTGAATTTAAATAAGATGAATTACCTTTCTGTTACTAAAGATGTTAGTGACTTATTTTAATGAATATAAATCGTCACCTTGGAATTATAAGGTTTTATCTGCATTCTGAATGATTTTGAGATATTGAGCATCAAAGTTTTTGCATTTTATAGCAAACAGTAGGTGCGTAACATTTTTTTTTTTTTTAAATAAAAAGTCTTAAAGTGGAAACCACTTATAGAAAAACATCCCATTGTGTAAATAAGTTGTCATTTAATAAGAATATGTCAATAACTAAACAAAATAAAATTTTGACAAAAATGTCAGATAGAACATTTAAATTGTAATGTGACGAACTGTTTAAACTTTACAATTTAAGTGGCTTTGTATAAATGCATATATTTTGAATTCTTTATTCTTTTTTAATATTTCCCAAATTATGTTTAACAGAGCAAGGGAATTTGCACAGTATGTCTGATAATTCTGATAATAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCAGCTAGAAATAAATCAGTTTTTTATTTTTATTAAAGCTATATATTTTTTCAGCGTTTACAGAACAAACCATCATAGTAAAGCACCCTATCCTGCCTAGTTAACCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAACTGCATAAGTGTTTTGAAAAATATCTAGTAAAATATTATTTACTGTCATTATGATAATGTTAAAATAAACCAGTTAATAGAAATGAGTAATTGAAACTGTTATGTTTAGAAATGTGTTATAAAAATCAGGTGGGCTAATAATTCATGGAGGCTAATAATTCTGACTTTAACTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACATACATACAGCACACACATACACCACACACACACAGTATAATAACACCAGGAAATGCAAACACAGTTCTTTACCAAGTTCTTTACAGTGCTTACCAAAATTGCATTTTAATCAAAAATACAGAGAAAAATTCAGTTTAAAATAATAATTTTGCATTTTCGTGGATTTTTTTGTCATACAAATAGCACAAGTTGCTGGTTCTATACATATACGTATAGCTATGTATGCATGTATATGATTATATAATGCATTTTAACAGATTTAAAAAGGCATCATTCTAATTGAATTATTTTATATTTCCATTCCAG
Seq C2 exon
CATCCAACTACCAAAGGTCGTATACAAGAAGACTTCAGAGATACAGCGTTTACCGCAATAATCGAAAGAGATCAGCAGAACATTCAGTGGATGTACACAGACGAAGACACCACCACCACCACCACCACCATGGTGGTAAACAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000103515:ENSDART00000144973:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.081 A=NA C2=0.695
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008415=Sushi=WD(100=91.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]