DreINT0178595 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000100294 | zgc:113209
Description
zgc:113209 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050410-8]
Coordinates
chr4:74835264-74842847:+
Coord C1 exon
chr4:74835264-74835820
Coord A exon
chr4:74835821-74839675
Coord C2 exon
chr4:74839676-74842847
Length
3855 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTGGC
5' ss Score
5.52
3' ss Seq
ATTTGTTTTCTCCACCTTAGATC
3' ss Score
9.93
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000100294:ENSDART00000163589:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.674 A=NA C2=0.149
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF122303=PRP21_like_P=PU(22.9=92.6)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]