DreINT0179304 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000071233 | zgc:158254
Description
zgc:158254 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070112-2222]
Coordinates
chr23:6818856-6822975:+
Coord C1 exon
chr23:6818856-6819631
Coord A exon
chr23:6819632-6822893
Coord C2 exon
chr23:6822894-6822975
Length
3262 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTACAC
5' ss Score
3
3' ss Seq
GTTTTATTTTCTTTGCTCAGGTT
3' ss Score
8.64
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTTGCTTCGCGGTGTTTTCAGGCCGAATGACAGCTGACTGTAAACCCTGTTGATGTTTTTATTCTCCGCCTCTGCAAGAATTGCGCGTTTTTACTCTTTATTGCTGTGAATCTTTTATTATGAGTAAAACTGGTCAGATTTAATCTCCGGGTGGGTTTAAATAGTGCTTTAAAAGAGCTGACATCGTCCTAAATCTCTCCTCTAACGTTACGTTAGTTCAGCCTGAAGACATTCCTGCACAGATCGCTTATCAAAATCTAAACACTAGATGGACCTCTCTCGGTCAAAATCTGCAACATCTGTATCGCCATGAAGTCGTAATATCTGAAATAATAATAATAATAAATAACAATAACAAATCTAGAGGCAGAGCTGTTAATCAGCCTCTACTGAAATGAGGGTTTAGATTTGTCCAGTGATTTTGGAGATGGGTGAGTATAAGGACAGTCTGCACGAGTTCGAAGGGGACTCGGATTTTTTCCCCCCGCCACCACGACACCGGGTGGGCCGGGAGCGCATCCACATACAGAAGAGCAGCGTGTGCTCCAGGGCTTATTTCGTGGTGGTCATGGCCTTCTTCCACCTCTACATCATTAACATCATCGCTTTGCTCCTGTACGTGCACTATAACACGGGCTCCGGGGAGCAGGACGTCCCACTGGAAAAGAGTCCTGGTTCTCCGCGAGCCGTGCCTGCCGAGCACCAGACCCCCTCATCAGCAGCACACCTGAGCCCGGAGATGTCCTTCCAGCTGCCCCGCCTGGAGGGCATTCGG
Seq A exon
GTACACGCGTTATTATTATTCACCGGCCCTTATTATACAACGTGCTTATCATACTCTGTACTGAGAGATTGTGCAGTGTGTTGTGTGTGTTTCAAACTAGGATTTAATCCGATTTATTTGTTTGCTACAAATTAAAGTGTTTTTGAAATATGTATTTAAAATGTTTAAATACAACTAATGGTCGTTCAGGACCACAAAACCAATCCTAAGGGTACAGTTTTTGAAACTGAGGCACATCAGCTGAAAGCAGAATCAATACACTGTAGAAAGCGATAAGTTAAAAAAGAGAGTAAACTCGGTGTCTTATAATAAACAAGCTATGTGCATAATTAGAAAACTTGAGTCAATTGCTTTATTGACTTTTTAAAAGTAAAATCAACGGTTTGCTTTTAAGGCAATGGGTTTACTTTAACAGCAAAGTAACTAATTGCTTTTTACAGTGTCACACAAGTGGGAATTTCACATCTGTCACATCCATAACAGAGAAGTCACATCCATAATGACACTTTTTTTGTCCTAAATACAAAAATATTAAATAAAATAAAGTCAATCATGTTTGTTCTATAGTGAGCCAACTCTTATCCTGTTGATTAGCATTATTTATTTTGGATTGTGCCGTTTAATTCACAAAATATCTACAAATTAAACGCATGTTTATTTCCCTCATTTAAAGTACAAAACATGTTTACAGATTGATATTTCTCTGGTGCCTTAACTCTGTGGTCAGCTGTTCTGGACAATATAAACAGATGTTTCAACATAATGTTAACGTGTGCTTTCTTTGTGAATTTATGTGTTGAGTTTTTATTGCAGATGTCACATCCGTAACGTTGGAATTGCTCTAGAGCAACTTGCTGCATAGATTTTGTTTAAGTTGTTGAACACTTTTTACCCAAGTACTGCACTTGGCTTAAGTTAAATCACCTTATTTTTTTACAGTGTAGCAATGCATATTACCTATCAAAACACGGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAATGCCAGCTGACCTAGCCGAGACTTGAACCAGTGACCTTTTCGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGTGCCACAGCATCGCTCATTTTGATCCATACGTGTTTTAGAATGTTGCCAAAAACATACAACTGTTCACTTTTTAAAGTGTAATGTGTTGCTAATAGAATTTAAAACATGAATAATTAAAATTTAATCAAAACTGCTTCAGAATTTTGTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTAAAGAGGGATAAGTGGTTGAAGACATTTAGACAAATGCATAGTAATATATTGTTTCAGCATGGGTAATAATTATATATATTTTGTAGTATGTAAAAAAACATCTTTCATTTTTTCAGTTGTCATTAAACTTAAAGTTTTATAAATTTATTATTTGATTATTTTTTTTAATTTTTGTCATTTTAGTACTACAATGTAAACTTTATATTTCAGTTAGTTGCCAACATTTCTAGTTTTCATTGTTTTTTTTAGGTTTATTTTTTTATTTACCTTCACTGGATTTGTTTTTTTTTCCTAAAGATGAAGCAAATTTTTTAAAAGTTTGAATACAGACAACAATTATGCTGTAATGGTCCACATTGGCATACATCCATTAAAAAAAATCACTAAAACTCTAATCGTCATGGCATGCCAATAATTGGTGATATTTGTGTTGAAAATTTGAAGTTTTGAATCACTGTTTTACTTTTCAAGGGCTCATACAGTTGAAGGATATTAACCCCCCCCCCCCCCATTTCTGTTTAACGGAGAGAAGTAGTAATAATTTTAATAAATAATTTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGTAGGCGAGGCAGTGGCGCAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGGTCGCTAATTCGAGCCTCAGCTCAGTTGGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGCCTTCGTGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCAGTACAGGTGAATTGGGTAGGCTAAATTGTCCGTAGTGTATGAGTGTGTGTGTGAATGTGTGTGTGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCGGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAAACTTACTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCTGGATTAATAAAGAAACTAAGCCGACAAGAAAATGAATGAATGAACGATGACAGTAAATAATATTTCGCTAGATATTCTTTAGGACACTTCTGTACAGCATGACATTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAACTGGCTCAATTAGATTAACTAGGCAGGTTAGCGTAATTAGGGAAGTTATTGTATAATGATGGTTTGTTCTGTAGACTGTTGAAAAAAACAATAGCTTGAGGGGCTATTAATTTTGACCTTAAAATGGTTTATAAAAAAATTAAAACTGCTTTTATTCTAGCCAAAATGAAACAAATAAGACTTTCTCCAAAAGGAAAATATTATCTGACATATTGTGAAATTTTCCTTGCTCTGTTAAACATTATTTGGGAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAAAAATTCAAAGACGATTTAATAATTCTGGTTTCATCTAAAGACCACATACCTAAAACATGTTGTTTTAAAAACGTGAACTCTGAAGCTCATTTGCAAAAGTTAGCATTTTCATGCCCCCCAAAAACAATAATAAAAAGTAATAAAGTTAACTTTTAGTTGAAAATTGTGTTATGTTAATGGCCCTTCTGTTTTAGTGTTAGTTAACAATATATGTCATTTAAACCTTCATTGAAAAGCAGTTTATTGCTATCTAGAATTCAAATAATCAACGTTATAATTTATTTTAGCGATGAGATGCACGTTACGGGGTAGCACTTTACAATAAGGTTGATTGTTAGTTCATGTTAACTGCAGTAACTAATGTTAACAAGCATGAATTTAGATGTTTATAATGCATTAGTAAGTGTTGATTAATAAACGCTGTTCGAGCTTTGTTCAAAATTAGTCCATGCTAGTAAATAAATAAACGAATGAAACCTTATTTTAAAGCTAATGTTTATATCAGCTCTTTAAAACGTTCCTTCGTTTATTAGTGAGTCTGTCAGTTTTATTCATGTGTGTGTAATCAAATTGAAGTAATGCAATTTGTGTGTTTTATTTTCTTTGCTCAG
Seq C2 exon
GTTGGGCATGTGCAAAGAGTTTCCATTGTTCCTGACCGGACACATAACATGCGCACCCTCAGCCTGAAACCACTGCTGTTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000071233:ENSDART00000105179:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.310 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]