DreINT0179736 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000088051 | zgc:171418
Description
zgc:171418 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080219-20]
Coordinates
chr3:10796178-10802110:-
Coord C1 exon
chr3:10801900-10802110
Coord A exon
chr3:10796480-10801899
Coord C2 exon
chr3:10796178-10796479
Length
5420 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTGGT
5' ss Score
8.08
3' ss Seq
TTTTTTAACTTTCATTTCAGAAT
3' ss Score
9.74
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTGCTCCTCCAATGTAGTGAAGCTCCTCCCCTTTCTGTGAAGCTCCTCCCCATCAGTCCTGCTATAAACACTGCAATATTCCCATCAGTCTACAAGACGAGCAGCAGACCATCAGGTAGGCGTGAAATCTGCAAAGATGAAGGACGTTGAGAACATGAGTGATCCAAAACCCTGCACAACTGAAGATAAAGAGACTGAAAAAGAAACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AATTTATTGAAGACGGTAAGAGTGAGGATGACAAACCTGTAAACGCTGACAAAATGCCCCATTTACTGACCGAAGGTACTTTTTTAATTAAAAGAAAAGACAAGAATTGTTTCACCTGCAGTCAGTGTGGAAAGAGTTTGGGGTGTAAAAGTTCTCTTAAAATTCACATGAGGATCCACACTGGAGAGAAACCATACACATGTACTCAGTGTGGGAAGAGTTTTAGACAATCATCTTCCCTTACTCTACACATGACTATTCACACTGGAGAGAGACCGTACACATGTACTCAGTGTGGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000088051:ENSDART00000153911:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.225
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0041217=LIM=WD(100=37.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=25.7),PF0013017=C1_1=WD(100=45.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=21.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]