GgaINT0000933 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006348 | RAPGEF3
Description
NA
Coordinates
chrE22C19W28_E50C23:449281-451062:+
Coord C1 exon
chrE22C19W28_E50C23:449281-449390
Coord A exon
chrE22C19W28_E50C23:449391-450818
Coord C2 exon
chrE22C19W28_E50C23:450819-451062
Length
1428 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGACA
5' ss Score
5.49
3' ss Seq
NNNNNNNNNNNNNNNNGGTGGAT
3' ss Score
0
Exon sequences
Seq C1 exon
GACGTGGAAGCCAACACCATGCGCCTGAAGGAGCACGGGAAGGTGGTGTTGGTGCTGCAGAAGAACCTGCAGGGAGGCAGCAGCCAGCCGGCCGCCACGCGGAGCAGCAG
Seq A exon
GTGACAGCACCAGCTGCCCGTCCCCATCCCTCCAGCTGCAGGCACACTGCTGGCCTTTCCCCGAGCCTTCTCTTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTG
Seq C2 exon
GATTCGGGTGTCCCGCGGGGTCCCATGTCACCGCTGTGTCACACCCATAGGTGTACCCCCCCCCGTATCCTCCCATAGAGCCTCGCCCATCTGGCGAGCCAGGACCCTCGGCTGGGGGCCATGGTGCAGGAGCAGGAGCGGCGGCGGCCCCGAGCGTGAGTCCCATGGGCATCTCCATCCCATAATGACCCGGCGCCACCTCCGTCCGTTGGGTCCTTGTGCCCTCGGGGTGACCGCGGACGTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000006348:ENSGALT00000010260:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.297 A=NA C2=0.293
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002724=cNMP_binding=PD(2.3=5.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GACGTGGAAGCCAACACCATG
R:
GGGCACAAGGACCCAACG
Band lengths:
334-1762
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]