GgaINT0049819 @ galGal4
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:F6U7Z0]
Coordinates
chr7:34680459-34691283:-
Coord C1 exon
chr7:34691191-34691283
Coord A exon
chr7:34680552-34691190
Coord C2 exon
chr7:34680459-34680551
Length
10639 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTAGTG
5' ss Score
1.01
3' ss Seq
TCCTTTCTTATGTCTCATAGGTG
3' ss Score
9.75
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTAAATACAAGGAGAGCATTGGAAAAGGAACTCCAATTCCTGATCTCCCAGAAGTGAAACGTGTCAAGGAGACGCAGAAGCACATCAGCTCG
Seq A exon
GTAGTGGCCAATATTTTCTACTTACCTCTATATAACCTCTCAGAGCTCAGCCTTCAGCCTCTGGTAGTATTTATGGGTATTTTTTGTTGTTGAAAGGAGAACAGATCCCTTAAATCCATATCTTCTGCAGCAGAAAGTTGGATTTTGCAGCAATCATTACAGTTCAGTCGCTTCCCTGCATTATTTCTGTGACCACAGAAATAAAATAAATATACAGAGGTCTTATTGTTCTGAAAAAATGGAGCAGCTAGAGAGAAAAAAGTAAATTAGAGCCTCTTTTTGTAGTTAGAAAACCTAGCAACAGTTACACATGGAAAAAAAAGTATCTGCTCTTCCCACATCTACTTAATTGTAGATTCTAATAATGAAACCCAGTTCTCCTGACTTTGAGCCATCATTTCCTACAGCCTTACTTTGATCTCTAAGTACAGTATTGAGGGAAAGTATGGTCTTGTGATTGTTGGTACCTTGGACGTTTGCTATACAGTGTTGAGGAGGTGCCACAGGATGAATGTCTTATGATTTACTACTCCTAATGTTAAGTAGTGTTTCTCTCTTATGCTTTTTATGATAGTATTGATTTTTACAGCTCAGTGCATAGCAGTTGGTTTTTCAAACTGTGCTTCATTTTTCTAACCTTTAAGGTATATCATTTGTTCTCCCTTTCTGTGTATCCTTTATTTTTGTATTTTGTTTCCTTGTTTCAATGACATCAAGTAGTGAAATGCAGTTTGCAATTATTTTATGAATTTTCAAGTACTGCTAAGTGCATTTGTAATGTATTCCTGCATAACTAGGTTTTAGACCAAGCATCTTCTATATGTCTTCTGTCATAGAAAATGCAATTTTCTAGTCAAACACTTGTAGGTTAAATAAATTTTACACAGAGGGTGGTGACACACTGAACAGGTTGCCCAAGGAGGCTGTGGATGCCCCATCCCTGCAGGCATTCAAGGCCAGGCTGGATGTGGCTCTGGGCAGCCTGGGCTGCTGGTTGGCGACCCTGCACATAGCAGCGGGTTGGAACTGGATGAGCACTGTAGGCCTTTTCAACCCAGGCCATTCCTTGATTCTGTGAAATAGGGAAACACGAGAACTAAAATTCTCACTTGAAACAAAAGAAAATGTTGATTTTCTGGATGTAGAGATTGAAATGAAGTGGATTACACAACTAGGTGCAGCTGTTTGCCAACAAACAAAGATTAGATATGTTCACTGGCTGAGAAGTAGTACTGTTACTATTCCTAAACTAAGATGAAAAGCAAAAACTACCTATATTTTATGCCAGATTAGCAGAGTAATCAAATGTGTGTCCTATGATAGTGTAGTAATCCCCTGACTTCAGTGTGTTGAAGCTCCTGAATGTGGACATGAGTTACTTTGCTTAAATCCACACTCAGTGAAAGAAATGTTGTGCATGTTTATGTTCCAGATTGTATTTATCTGTTAACCAGGTAAAGTGCCTGTCCAGGTGTTCTGTCAGTACTGGGGAAGGGACACGTCTCATCTTTCTGGGTGCTTGTATTCTGCAGGTCTTGTACAAAGAGGACCTGGGGACAGGTATCCCAACACCTGTTACTCCAGAAATAGAGAGAGTCAAACGCAATCAAGAACACATTAGCTCGGTATTTAAGAAAAAGATGATAACAATTCATTTTTGCATAACATCCTAACATGTACTCCTTTTTTCTTTAGTGATTTAAAATCTCACCTCACCCCACTCCTTTCTTCCCTCTGTCAGTACTTTTAACTTAATTCTTCCACCTTTTTGTGCTTTAACTTTTTGGAGTGATTTACAACTTTACATGCATTTCTTTTTAAGAACCGAAACCTTTATAAGCTGTGAAAACATTCTGGTGTTCCTCCCTGTGTTGGTTTTATCTTAACGCTTTATCTCCTGGGATATGTAGCCATATTTACAGAATAATCAGCCCCTTCCTTAATATTCACCTCTAGAACAAGTGTGCAATTAATGAAAAAGTGACCCTAACGCTAAACATAACTCACAGAATAGTGAGACGTAATTATTTTGCCTGTGTTGAATGCTGGGTTTTTGTATGTTCTTTGTTTGGTCAGGCTTTTTGTATGGAAATTCTCTTGTACCTCATAGGTGGCATACAAAGAGGGCTTAGGGACGGGCATCCCAACCCCGGTCACTCCGGAGATGGAGAGGGTCAAACGCAACCAAGAGAACATTAGCTCGGTATAGCCCAATAAAGCAAGCCCCACCCTGAGAGTACAAATCCCATCCCTTTAACTGCTCCATATTAATTTTTTCTTTCAGTTTGTTTATGAATTTGAACAACCTTTCCTTAATCAAGTCACTAAAACTTGCCATATTCCTATACTGTATTTTTTTTCCCCTCAATCTAGCATAACTGCCATTAAATTATCTCAGCTGTGAGATTCAACCCCTCATTTACTTAAATCAGTTAAGCAGTGCCTTATTCCTTCTTCCCACTCACACAGTGACAGTGTGGGTGACTCCTCTGTAGCAAAGCTGATCCTTCTAACGCTCTTCAGACTCACCGTGCTGGTGCAGTGCTAAAGCAAAATGAACTCTTAACACTTCCTGAATCCTAAGTTCCTCCAGCCTAATGAAGCCGGAGTGTGTCTGCCTCTGCGTGTTTTTGCTTGTTGGATGCTTTCTTGTATCCTACAGGTCTGTGTAAGAAAACCTGGTGGCATCCCTGTATCACTGTAACGTGAATAATGGAGAAAATTGCACAACTAAGGGGCAATGGCTGCAGTAATGCATTTCTATCCAGGACTGCTTCTGGTTCTGGCATGTTCCAGTCAAGTCGCTATGCACAATTTGAAGTGCCCTACTTTGTAACTTCGTTGTTTATTTCTGTTTTAATTGCAGTGACATAGGGCTGATTTTGACTCCAACATGACAGATGTGAAGTTCAGACCTGAACTGATGACTTCTGTAGTAAAGTTCTGAGAAGCCCCTGTAGTCACACTGTGTGCTACATTTAATTGTCTCTGTGATCATCACTTCTCTCTTTTATACTTGTGAGGGGCAGTCCTAGAGGGAAAGCTGACCATTAACATCTGTTGTTAAGTAAGGAGACTGAATTCCTGACAGAGGAACTGACAGCATTCTCCTGTCAGCAGACTGACAGGAGGGGGAATGGCTGTTTATGAGGGTGGATAGTGGTAGGACGAGGGGGAATGGTTTTAAACTGAGACAGGGGAGGGTTAGGTTGGATATGAGGAGGAAGTTTTTCCCCCAGAGGGTGGTGAGGCACTGAACAGGTTGCCCAAGGAGGCTGTGGATGCCCCATCCCTGCAGGCATTCAAGGCCAGGCTGGATGTGGCTCTGGGCAGCCTGGGCTGCTGGTTGGCGACCCTGCACACAGCAGGGGGTTGGAACTGATGAGCACTGGGGCCCTTTTCAACCCAGGATGTTCTGTGATTCTATGATTCCTTGTGGAAGGAGGCAGAACTGCAAAGACGTTAGCTGTTAGCTGATTATTTTATTGACTTTTTTCTGCTAACTTTTGAACAAGGCTGACAAAATTGTTTTTCATACTTGGAGGTTTCAGTGTATTAAATTTGTTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTTGCCCCATCCTCCTCCTTTCCTTTTCTTTCCTTACAAACACCCCACAAACCAAACCAAACAAACCCTACCTCCCTGTTGCCACACAGGTGTTGTACAGAGAGGGGCTGGGAATTGGAACCCCAGTGCCTGTGACCCCTGAGATGGAGAGGGTCAAACGCAACCAGGAAATCTTTAGCTCGGTACTCTTCCCCTAAATCCAGAAAAATGTTCCCTTAGCTTCATTTTAGAAGAACTTTATAACACCTGTAAATTAACTTAGAGTGACGCTCCCTTCCTGCTGTTAAAATTCAGTCTGTCTTATATTTTATCCCAAAATTTTAAAAGACATTTCTAATAATCATAACACTTAATGCTTCCTGTCCTTTCATTTTTAAGACTTTTATTTTTCTGATTCTTATTTCCTTAAAAATTCCTGCTTCGCCTGTTTGCTCAATTCCATTCTTCTGATGCTTTATTGCTGTGTCGAAGCATCCCTCAGACCTCTCAGGAGCTCGGAAGCTTTCCCTTGGATTGATCACAATTGTTACCTGATTTACAACTCCTAATTTTTCCCTCTTTGTAGTGGATGGAGTGGGCACACAAATTAACCACGCTCAAATTCAATCTGTCTTTTATACTTTTTTACACTGCTGTGTTACCATACAGGTGTTGTACAAAGAGGACGTGGGGATGGGAACCCCCACCCCTGTCACTCCCGAGATTGAGAGAGTCAAACGCAATCAAGAACACGTTAGCTCGGTATCTTCAATGTGAAAAGAAGGAAATTCCCTCTTGACTTATTTAAAAATACTTTTAACACCCAGAGTTACCCTTGTTCCCCTGTAATCAACTGACACCAAAAGCAGTGTCCCATTCCCCTTGTTTTGGTGCTGTTTCCTACATAATGATTGCTTACCACATTTTTATCCCTTGGTTTTGATTAATTCTCTCAATTATGGTAACTTTTAGATTCTGTGTTCCAATCTGTTTTTATTTTTTTTCTTTACTCTGAACTTTGGTTGTCATTACTTTCTGCTTTTCCTTTCATTAATGGCTTCAATCCTTGGTTCTTGGTTTGATTGTACTGTGTGTTAAAACAGAACTGTCTCTGCTCTGATGCAGACTGTGGGATGAGCTCGGTGCCCTCATACTTCTTGGTGACATTCATGTGTGGGGGTGAAGGAAGCAAAGATCGTTCCTTTGTTCCTTTTGTTGTCCTTCCCACCTTGTTGTTTGAGGAAGCCTTTACCATGGCTGCCCAATGGCAGCTCCCAGGCCTGCAGCCATGCTGGAACCAGTTGGGCAGGGCACAAAACCACAGCACTGGGCTGTTCTGTAGGGAGAGGAAGGTTACAAGCAAGGCAGGGGAGCACTGCTTTTTGATTTGTATGGGCTTTCTTAATCTGTTTTGCAGCCCAGAAAAACACCTC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Seq C2 exon
GTGTTATATAAGGAGAACATAGGGAAAGCCACTCCAACCCCTGTGACTCCTGAGATGGAGAGAGTCAAACGCAATCAAGAGATCATTAGCTCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012495:ENSGALT00000020417:58
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.631 A=NA C2=0.719
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0088013=Nebulin=PD(33.3=29.0),PF0088013=Nebulin=PU(57.1=51.6)
A:
NA
C2:
PF0088013=Nebulin=PD(35.7=32.3),PF0088013=Nebulin=PU(59.3=51.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]