GgaINT0050398 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012579 | BAZ2B
Description
bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_990008]
Coordinates
chr7:36108360-36131112:-
Coord C1 exon
chr7:36131070-36131112
Coord A exon
chr7:36108516-36131069
Coord C2 exon
chr7:36108360-36108515
Length
22554 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
ACCTTTGTCTCTTTTTTTAGATA
3' ss Score
12.55
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.673
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]