GgaINT0050852 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011149 | PLA2R1
Description
NA
Coordinates
chr7:23429201-23434182:+
Coord C1 exon
chr7:23429201-23429308
Coord A exon
chr7:23429309-23434069
Coord C2 exon
chr7:23434070-23434182
Length
4761 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
AAATGTTCATTTCTTTTAAGGGA
3' ss Score
6.72
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGGGACTTTGGAAAGTTAAAAAATGTGAAGACAAATCTTTCTACATTTGTAAAAAGGCAGGAGAATTTAACAGTGTTTCTTCTGATGCAGAATCGAGTTGTCCAGAG
Seq A exon
GTAAGAGATTTTGTGGGGTTTTTTTTGTTTGTTTTGGAACCATACTGATAAGATAGTATTATATGGGAATCCTTTAAATGTAGATGGAGAATGTATGGGTGTAAATAGGTAGGTAGATAATTTTAGGTTTTTGTACTGAAGATGTGCCTGTTTTGCTAGGAAAATCTAATTGCCTTGAAAATATGTAAACTAAAATTTAAGGTAAGATTAAAAGCTTTCCCAAGATGCCTCTCATGTCTTGTTGTGTTGTCAGCAGTTGTGACCCATGTTCCTATTTTTTCTAGATCAAAAGTGAAAACCCTTTTGTACGCCATCTGTGCAAATAATGGCTGTTATATGATGCCTCAACCCACACATGGTTTTCATACATTTAAAAGGAATGTCAGGGTGAAAAACAATCAGTTTCATTGATGCAGAGAATTAACTCCTCCACTTGTACATTAGCATTCCTTTTACTTTCAAACAGAAATGAGAAGGAGTACAGCCAACTAAATTAAGGCACTAAAATAGGCTTTCGGGCTTCTAGGCTTTGCATTTTGCTGGAAATAGTTAAGATACTAAAGTATGATTTTATTTATCCTGATTCCTTTCCACTGTGTATAAACAACAATTTTGTGTTCTTAGATTTTATTCAAAACTCTGGACAAGTTTCATTTTTTTCGATCAACAGAAATATATCCCATTTGGCTTCTTTATCCTTCTTTACCCTTTAGGTCCTTTTTCTCAGTTCAGTTGAATTGTAAGAAGGTGGAAGCTGTCCTGTTTGAAGCAGTTTTTCCCCAGAAATACAGTGATCAGTTCCAACATTACCGCTTTTATCCAGGTTAAAATTTCCAAGAATTTAGGAGGATTGATTCATTTGGACCAATATGTTCTATTGCTTGAGAATTCTATGTGTTAAGAATGTGAAGAAAAATCTGTAGTCCTGACTATGTGAAAAATGTGCAGAGTGTCAGGATTTCCAGCTGTAGTTAGGAGCTGACAGCTCTTGAACTTTTAGTATCTTGCAGGAGTGAGACTCGAGAGCCATTGGTCTTAAGTAGCCTGGTGTGCTCTCACAAGCTTCCTATTCAGGATAAAAACATATGCTGAACCCTCTTAATAGTCCCTTAATTTCTGTAAATTTCTTTCTAATGTGAAAAGAGTCATGTTCATTTAATCAGAAGAGGTCAGTTCTAACCTTACTGACAGTTGCGTTGTATTTCAAATGTTTTGTCTTGACAACTCTCTTTTAACATTCCATTTGTATGTTGTTGCAAGTTATTGGCCTAGTTTTCCAGATCAGCTCCAGCTCTTTATTTCATGCAGTTATCCATTTTTTTCTTCTTTTCTTTTTTTTTTCTTGTTTCTCACATTTGATCTTTTGCTTTGTTAGCCTCTTGCTGTCATTCATATTTAAGGGCTGGTAGACTCTTAATGAGGTTTGACCTCAGGCACAGTTGTTTATTTTTACAAAGCTTTATAGTCTTATCTTTAATCACTGAGCTTTTGTCTCACATTGATTTTATAACTTGTGCATCACATGAACTAACTCTTAAAATTTTCTGTGGTTCTGCTGAGTGGAGATTTTGCAGTATATCCATATCAAGTTACAACAAAAACCTACACTTCTGTCTTTCAAAGACAAAAAAAAGTGCTAAGCACTTTCTTCCCTTAGCAAGGCAACTATTCTTTTTCCTTAGCTGGCAGGGTATTACCGCCAATAAATATTCCATTGCAAAGGTCAGATTCTCTGGGCACTTGTAGACATTTTGTTTAAACCAGCTTTTGAAACAGACTGCGGAGCTGTCAGCTGCTTGACAATCAAGTTAGGAGCTTCTATGTATAGAGCTGAAAGCATTGGTGCTGGTGACTTTCTTCGATCTTCTGTACTTTAATTGGTGTATCAAAAAATAACTGTTTAGAACTAAATTGTACATTGGTCTTTATAGCTGTGGTAGACAAATCGAACTGAACTTTTATGAATAGCATTGCTAATAAAGCTCTAAAACCTTGTACAGAGCAGGACAGCTGCTTAGAATAAGGGCCCATCAGCCTCATGTTCTGCCTTCCACCAGTGGAAGTCTGGGGAAGAGCAGAACAGGGTGAATGTGAATAACGTTTCTCTCAGTTTCCCTTGACCTCCAGCCTTTTGGGGGATTTCCTGAGCCTTTTATGATCCGTGTATCTTACAGCATATGCTGGATTTCCCTTCTGCAAACATTTGTCCAATTTTTCCTTGAACTTATGGGAATTCTTTGCATTCACATTTGTGAAGAGGTCTGTAAATTTGCTACCCTTTATGTGGAAAGTTGTCATCTTCTATGTTCAATCTATCTCCTCCTTACTTAGGTTCTTTTATTGTCCCCAGAACCTCGCTCTGGAGTAGTAATCTGCCTTCACAGCACTCAGGATTTTTTACATGTCCGTAAAGCACCTCTTTTCTCCAGGCTGAAGGGTCAAAGCCTGCTCAGTTATTATATGAAAACAACTCCTTACATTTGATCATCCTTGTTGCCCTTCTTTTCTAATACACTTTTTAGTAACTGAGGGCTGCAACTCCAAAAAGGACATAATTACATTCTCTGTTCTCTCTGTACTTGTAATTCTTCATGTTTGATATTACTTATTGTCTAATCTGGTGCTTTCATGGAACATTACCCCCAAATCTCATTCCTGCAGTGTAGGAGCGAGTTAGTTTGTCCCTCAAGCCACATGTGAAACAGTTCAGTGGGGCAGGAGAGGTCTCCATAGGCATCACTTCCTGTTTATCTGCACTGAATGCAATTTTATTGACAGATTACTGAGCCTTTAAAGTTTGGAATTTCTCAACTTGTGCTTGTCCTTAATGCAAGCTTACCATCTTCCAGTCACTCCCCAATTATTGTTATTATTTTTAATAAAGATTAGTGTCAAATTGCTTTTCTCCAGACTTGAGGCACCAAAAAAGCTTTTAGAGGAAGGTCATGCACTGCCATTCATTTCCAATTAAAATTTCCAAGAGGTTAGGATGACTATGTTTGCTTCATTTGGTGCAATACACTTGTTCACCGGAGAACTCCAGCCAGAGGGAACAAAAGCTAGGCCGTTTCTTACCTGCTCTCCTGCAGAGCACTCGGGTGGTTGCAGACCAGATGAGGTGGTTTTTCGTTCTGACTGTTTGTACCACAATCTCTCCCACAGTTAATTCAATTTCTGACCTTTCTACCCCACCAAAAAGGGCAGGACACAGGTTAATGAGAAGGGGAAATTTGTTGAATGACTAAGAATGTCGAGAGAGTTGAACGAGGAAGTGCACTCAGGCCATGAGTAGGCTGTGTGCGGGAGGAGCTTTTTTGTCAATACTTGAACCTCCCCTTCCCAAGTACTCACTACCTTTACATCCCCATCAAAACACGACCTGCCATACTCTGTCTTGTCACCCGTTGTAGAATCCACTGCATGGAAGAGCCCTTCTCACCCTCAGGTGCCTCTCTTGTCAGGGAAACCCCAGCTTGTTGGTGCACAGACAGAGAAGATTTCCAACACAGGTTTGCTTATTTCTGTTGGCAAAGCATGCATCTGAGCATGTATATGTGGTGTTCTCAAGTGAAGCCGCAGGAGCTGGTATTACAGTGCCTGGTCATCTGCCAGGCACTGAAGGAAGATGACAGTAAAGGGCAGCAGAGCTCTGTTCAGGCTCCCCAGCATGCTCTTGACAGCAATTAAACACATTCCTAAGCAAAAGCTGTTGTTTTCTGGTGCTGGTTCCCAGTTATGCCTCTTCGCAAGCTCCCTCATGGAAGAGGCAAAGCAAGGCGGGCTGGTTGTCTTTTCTGTGTGGTTTCAAGATGGGCTGTACAGGAGGTGGTTTGTTATCCCCGTAGTCTGCTGGTTATTTAAAACGTGCAGGTAGGAGCATCAGACAGGTACGTCACGGGCACTGGTGCAGGCAGAGCTCCTATTAGGCCTGGTGTGGTCTTCTGGACAACCAGAGGTGGATGATGAGAAGAGATTAATAACGAGGAGCGATGCAAACTGCACTCTGTCACTGTGCTCTGGCTCATTGGATAAATCACAAGCATGTGTAATTTTAATTCTGTGTTATCAGAACACGATGGTTGCTGCTATTCTGTTAAACTATTGAAAAGGAAGAAGATTGTTGAAGAAAAGTGAATAACTGGGGGAAACTTCTGCATGAAAGGGTAGCATATTTCTGGAGTAAATATTTCCATTTTCATGTGAAGACAATTAGCAGCTGTAACTTTTTTTTTTTATTATTAGCAATTTAACTGAATGTGACAGGGCAGTGTTTGCCTTGTACTTGAGGTGTTCGATATCAGCAGTGAGTTAACACAGCTATAAATCACTGAGTGCTACTACATGCTTTGTGCCAAACAGATGGCCGGGAGGTTTGGCATACACCAATAACTAAGTCAGCAAAGCAATGTTCAAAGTATAACATGAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAAGTGGAGGAAGTGCCTTAAAATTGTCCACGTCTTTGTTATACCCATTAAAGATGCTGTTATGTGTATATGTATATATTAAACTGTTTGGGTTTTTTTTCTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGTATATTTTAAGGATTTAAACTTCCTTTTGTTAAATTCACCCACCTCTTAGGGACCTTGAGGGGAACTGCTCTGGAGCAATGGAAGAGGGCTGTAAGGTCATGAGCCATGAGCAGACAGAAACAACAAATGCGGATCAAATTTTTAACATCTACATACTATATAATAATCTATAAAAAAATGTTCATTTCTTTTAAG
Seq C2 exon
GGATGGGAAAGACATGGTGGATATTGTTACAAAATCGACAGTACCCCTCGAAGTTTTGAACATGCTTCCAGTGGTTATTTCTGCCCATCGGCACTTGTATCAGTAACAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011149:ENSGALT00000033111:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005916=Lectin_C=PD(16.5=50.0)
A:
NA
C2:
PF0005916=Lectin_C=PU(15.0=42.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]