GgaINT0083121 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011537 | PDE10A
Description
phosphodiesterase 10A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8772]
Coordinates
chr3:42578526-42588810:+
Coord C1 exon
chr3:42578526-42578575
Coord A exon
chr3:42578576-42588669
Coord C2 exon
chr3:42588670-42588810
Length
10094 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
TTCTTTTTCCTTCTAACTAGAGT
3' ss Score
8.64
Exon sequences
Seq C1 exon
CTACGAAAGCTGATGGATTTGCACTATATTTCCTGGGAGAATGCAATAAT
Seq A exon
GTAAGTATTCTGGATTTAGATGCTGCTTTTCTGTACAGTTACAAGTGCATTTTCCAGTTTTACAATGATACTTTGGTTTTATATTTACCTCATTTAGCAGGACACATTGACTAAATGCTGAATGTTAGCTCTTCATTAGGTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTTCCTGCAAAATGGAAGTTTATTTAACATGGTGGCGAGGTTTCCCAGTTTCCCACATTTAGTGTCTTGGCCTTTTTTTTCTTCCTTTTCTTTCCCTTTTTTCCCCCTAAGATTTGTCAGTAGAATGCTGTGTTAGTAGAAAGCTAATGTTATTACTCTGTCTGTAGCAACTTAGCTTGTGATTTGGCTCCATTATTATCTTTAACAAACATAGAACATAATATGAATTTGCTCTCAGCATACACTGTTCTTTTCATCCAAGTATCTTTCTGGTTTTTTTTTGAAATGGTATCAGTTCTTCTAATAACTGCCAGAAGCAATTTGATCGTGAGATGATGTAAATCTTAGGTATAGATGTTGGTGTTAGTATGATGTAAATTGTACTTCTAAAATTCATAAGGGGGATGAATATCTGACATCAAAATTTGAATACCATTGTGTCCAATACTGTTTCATACTCCTTTTCTTTAGTATCCTGATCAATTTGTACAGTAAGCACTGTACAATATTTTTGGTTTCTTTGAATGGCTACAGAGATGGAAACACAGTTTATACTTCGTTGAGTCCCATCAACATAAAAATCACAATTTGTCAGAAATGTTTTATCTTTCATTGGTTCGAGAAACAAATTATGCTCTTCTAAGTGAAAATTATTAGAGAGGAAAACATTTTTCTTGTTGTTTTTGTTTCCTTACATTACACAGCCAGTTTATTTTTGTATAGTTCATTAGCCAATTTTCTTCGCTCGTTGTGAAATAAATGCATTAAGAAAAAGGGAAATAGTGCCATTTTTGAAATACTAAAAAACCGTGAAGATGTAGAAACCTGCAGGTGATTTGAGCCTTGCCTGAGAATATTTTTTAACTTGTTCAAAACAACCATCTGATTTGAAGGAGGTGAAGGAAGGCCCATACATGAATTTAAGCAAAAAGAAAAATGGAAATGGATTTTGTGTATTTTTCTTCTAATGTTTATTTAATGTGATAAAGGTAACCAATTCTATTATTTTGAATTTGATTTTTCTCTGAATTCACTAAGTATGTAAATAACACACTCTTTTAATCAGTTTTTCATTAAGGGACATAGTTTAAGTAATGTGTTCATCTTTTGTGAATGCAATGTTTCGTTCTCATTTGTCGGTGCCAGTGTTCACTTTCATGAGTGGGAGATGATGCAAACTATCACCGAATACATTCTGCCTATTCCAAAAAGCAGAAACTTGCAAGAATTGTAGTCATCAGTTCTGAATGCGCTGATCTGACCGGCTTCAGAGGTAGTAGTTGCATGCCAGCTGGGCAAGAGGTTCATTTCCCTAAGCACTTTGTAAAATGTAGTAGTAAATTGCCTTTATAGCTTGAGACCTATTACAGTGAGGTTTTTTTGGATTAGGTTTGTGTGGCATAGCAGAGGTTTCTTCCCAGTCTTCTCATACTTTGAGGACCTGGGTGCTGTCAGACTTTTATTCGCCTCCATCTGCCCCCCAGCCCCCTTTTTTTTCTTTAATAGCCTATCAAGCAGTTGAATGTATCTGCCTCCCAGTATAAGTCTTTTCTGCAAAAAGTTAAGAAGTTCCAACTTCTGAAAAAATACATTGAATATATTAACCACTGCTATGTAACTACATCTCCCAAAATGGAATGTTCCTCATGTAGTTATTATGGGGACCGATTCCAAGTTCTTTGATGTTAGTGTGAGATTTTCCATTCACATTAGTGGGCTTAGTGCCAGACCCATGCTTGTAGTCTGTAACTGAACGGTTATGCATTAGGCTACTTTGTGTAAGAAGTTGTCATTTGCTTGTCTTTGTCTCTTGAATACTTAATTTAAAGGATATGACAAAGAGATTAACCATCAGTCAGCAAGTACTGGCAAGGTTAATTTAAAAGTCTTTGCTAAATGAGTCCAAAAGGACTCTGCATAGTGTAAATGGCAGAAAAGGGCTAATTCTTAAAGATGAAATTAATTATTTTGTTTAGAAAGTTATAAAACCTGTAATTAGTGTAGACAAAGTAAAGCTACTTGTGGACACTAATGGACACATGGTGGAAAATTACTTCTTTCTTTTGATTGCTTAACTTTTTGGTGCTTGATTTGAGGTTTAAAAATCCCAATTTTTTTATTATTATTATTTTTTAGCTTGGAAAATATACATATATCTACTTGTATTTATCCAGCAGCCTCCTGTTTCAGAACTAGACCTGATCTAACAGTTATTTTCACCATGCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAGGATTTCTGGGAATTAGGTATTGGGAGAAGGTTGTATCAGAATGGAGGAGCCTTGATAATAAGTAGATACCAACATTCACACTAGTGGTTTGTAAAGTTTACTGATATTTGTTCTAACTGTTTGGTAGGGAACCTTTGGATCAAAAATGAAGCTAAAGCATTAAATCTACATAATTTCAGCTCTCACTGTAAATACGTTTGGCTACACTGGCACCTGTTTAAGGAAATCCAGCCTCAATAATTTTGACATTTTAATCTCAGCTAAGGAACATTCTTGCAATACGAGTTTTGCGTAACTACATTTAATGTCGATCAAATAGTGAGTTTCATTAGGATGAAAGATAGCTTCCTTTCACAGAAATTCTAGGCTTTTACAGAATGAAAACAAACTGATAATTACTGCATAGTGTGTGCTGTTATTTCTTCATGGTGAGAGAAGAAGAGAATTGCCCTATCATTGCAACTCTTTCATTCTTACTTATTTATTTATTTTGTGGTTTAGTAAGAATTCATTGTAAACCTTTCCTGGTGCAATTTTTGTTGTGGACAGCACTTCCCTAACAGTATATTAGAGCTGAAAGCACTCGTTCACTGTGAGGATAAGTTTTTGTTTTTTTTTTTAGCAAAGCATTTGTGATACATTTGCCTTTAAAGAAGTTTTAGAAAGTGTTCCTTTACCGTTTAGCAGGACAGGGTGCCTTGTTGCAGGTGTTAAAAGCACCCTGCAGAATTCAACAGGACTTTTGAGGAGTTTGTTAAAATAGCTGACCACATACAAAGTTTCAGTATAGCTTTGTTTTCTTTCTCACTGTTGGAGTCCATGGAAAAGTACCATGAGTCAAATAACAACAAACGTGGAAATTTCGGGATGATGATTTTGCCTTTGGGGTCTTTAGATAGGTGAATTTACTTGAAATGGAAGGTGCTGCACCAATTACTCATTAGAGTGCATTTAGTTATGCAGGTATTACTTAGAGTTGGTCACCAGAATGAGCGTTTCAGTAGTATCAGTGACTTTCTTTTAGTTCAAATTACTTACTCATTCTAAGGGATAGTATGATTCTGCTGATGGTGCAGATGATGGCTGATTATATGACTCTTCTTTTTAAATGATTGCCCTCAAGGAGGTTGATACCATTCACATGTCCAACTCCTTGCTCACCCATACAGTCACCTTGTATTTCAAAATCTGTTCTCTTACATAATATACATCTGGCTGAATGCAGTGGAAAATTCACAGGTTCTAGAAGCAGTATAGCTTCATCATTGTAGGAAAGGGATCTGAACAGAACTATGCTCACTAGTGACTGCTGATTCTTGAACTTTCTCTGTATTACATTTTGCAGTGTTGATGTACTCTTAAGAAATAATATTTGTCCATGACTTAGTGCAGTTATGCAAATAAAGCAGTCTTAAAGTAGGCAACATTCATTTTGCAAATATGATATAATTGGAGACTGGAAACACTTCCACATCAAGCAGGAATGTTTCACAACTCTTAGAGAAAGGACATTAATTAGTTACAGTTTTTTGTTTTGTTTCTTACGGGGTTGAAAATACAGTTCATAATTCTCATGTTATGACCTTAATTAAATATCATCTTTAAACACGCCTTAAAGGATTTGTTGAAATTTTTAGTATTTAATGGTGTGTCTATGAAAATTGATGTGTCTAAGTACCGTACAAATTGTGCATGGATTGAAGTCCATAAACTAACATCCATCTATTTCTTAAATACTTAACAAAGAGTTTCTAATGTATTTTTATCTCATTCTTCAGATGTTTCTTGTTTATAGTCCTTATTTGTATGAGTAGTTCACCTCACGATCCCATTGATTCATATGTAAAGCTGATCAAATTTAAAAGGAGTACACTCAAATTAGCTTTCACTAAATCTTTGGAGTGCTGCTTAGCTCCTGAAACTGAAAACTGTGCTGACAAGCAGATCATCCTTGCTTCAGATAGGAGTTTCTGGTAGCTTTGTTGTAAGAAATTATGTGAGGCCACAAATATGTGCGCAAACACTTCTGTGCTTCAGGGTGTATAATATTAAACTATTCTACAACCTCTGTTGATTCAGAAAATTGCTGCTGCTTGATGCGCAGTGCCACCTAGTGAATTTATGAGGTGATTTGAATTACTAAGAACCAAGCGTAAAGCGTCTACTCATTCATTGCTGTCTCAAGTTTTGTGCCAACCTGATGTACATTATTTTAAATGTGTAGACATCTCTGAAATTTGAGTCTTTTAAATATATTTCTAAGTGAAACTCTTCTAGTTGCCAGGCAATTCAGAAAACTATAATCTCTGTCATTGAGTTACTTCTGTCATCATGTAATCTACGTGCTAGAGATTAGTGATACTCAGCAGAGAGGAAAATCTGTTGATGAATTACAGTTTTACAGTTTAAATTTGAGTCGATAAATTATCCAACTGAAGCAAAATAAGGTAAGTAACTATCAAGATATATCTGAATGAAAGTTTTGTCCTATTTCATTTACTATTCAGGTGGACAGATTGGTAAAATGGTCATTATGAAAATGTGGATCTATACAAAGACTAGTTATTTGTGATTCCGTATCGGAGTGCA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TACGTGTGTGTCCGTATACGTATAGACACTCAGTAAATGTAACCAGACTCTCTAATTGCATTTCTTTTCTTTTTTTCTTTTTCCTTCTAACTAG
Seq C2 exon
AGTCTGTGTGTATTTACGCCACCAGGAGCTAAAGAAGGACAACCACGGCTCATTCCTGCAGGGCCCATTGCACATGGCACTACGGTGTCAGCCTATGTAGCCAGATCCAGAAAAACATTGCTAGTAGAAGATATTCTAGGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011537:ENSGALT00000018810:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.064
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0159021=GAF=FE(11.1=100)
A:
NA
C2:
PF0159021=GAF=FE(31.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]